Токовая отсечка и мтз в чем разница: Токовая отсечка и максимальная токовая защита

Содержание

Токовая отсечка и максимальная токовая защита

Не все понимают отличия между токовой отсечкой и максимальной токовой защитой, которые в большинстве источников для краткости обозначаются аббревиатурами ТО (не путать с техническим обслуживанием) и МТЗ. И это объяснимо, так как и отсечка, и максимальная защита выполняют одну и ту же функцию – предохранение эл/цепи, ее элементов и присоединенных устройств от разрушения (выхода из строя).

Так в чем их смысл и есть ли какая-то разница между ними? С этим мы и разберемся.

При написании данной статьи автор изучил различные источники и пришел к выводу, что по этому вопросу очень много путаницы. Именно поэтому он рекомендует  в первую очередь обратиться к основополагающему документу – ПУЭ (3.2.) . А весь остальной материал, встречающийся в интернете, следует рассматривать лишь как пояснения (разъяснения) к положениям правил. Причем нужно относиться к этой информации критически, сопоставляя ее с тем, что прописано (хотя и несколько «скуповато»), в ПУЭ.

По принципу действия максимальная токовая защита и отсечка идентичны. Элементы, их обеспечивающие, реагируют на один и тот же параметр электрической цепи – ток, точнее, на его величину. При превышении им определенного, заданного значения (уставки) защитное устройство срабатывает. Разница в том, как именно?

Ток, протекающий по проводникам (а они характеризуются своим удельным сопротивлением, в зависимости от материала – алюминий или медь) приводит к их нагреву. И чем выше его значение, тем сильнее. При повреждениях изоляции и коротких замыканиях данный параметр может вырасти резко и достигать большой величины. Результат вполне прогнозируем. Кстати, это одна из основных причин, если верить статистике, всех воспламенений в электрифицированных зданиях и сооружениях.

Именно поэтому для каждой электрической цепи предусматривается свой номинал тока, при превышении которого цепь должна разрываться. В этом – смысл любой защиты данного типа.  Многое зависит от того, где именно произошло повреждение.

В силу удельного сопротивления металлов быстрее среагирует то устройство, которое расположено ближе к «аварийной зоне». Многое зависит и от электрической схемы. Если она сложная, то в ней предусматривается несколько защитных автоматов – общий и на каждой «нитке» (также прописано в ПУЭ).

С учетом множественности вариантов проектирования электрических цепей однозначно сказать, в чем принципиальная разница между токовой отсечкой и МТЗ, нельзя. Все зависит от характеристик схемы и места расположения в ней того или иного защитного изделия. Если суммировать всю информацию по ТО и МТЗ, то можно сделать следующие выводы.

  • Селективности (синоним слова избирательность) обеспечиваются: МТЗ – задержкой срабатывания (выдержкой времени), ТО – отстройкой по номиналу тока. Яркий пример – УЗО. Но это не обязательное условие, так как если на линии лишь 1 автомат, причем одноступенчатый, то задержки времени быть не должно.
  • Максимальная токовая защита является основной. При включении в цепь дифференциального устройства она переходит в категорию резервной. ТО используется лишь как дополнительная функция предохранения линии и оборудования. Более подробно об этом можно узнать в ПУЭ 3.2.16 (26).
  • Токовая отсечка – разновидность МТЗ, только с ограниченным «радиусом действия».

Все остальные суждения по данному вопросу (например, что ТО является основным видом защиты) – не более чем выдумки, вызванные малой осведомленностью тех, кто делает подобные заявления.

Автор будет рад, если статья поможет читателю понять, в чем разница между токовой отсечкой и максимальной защитой.

принцип действия, виды, примеры схем

В силу разных причин аварии в электросетях случаются довольно часто. При коротком замыкании губительно действует на все электроприборы сверхток. Если не предпринять защитных мер, то последствием от неуправляемого увеличения тока может стать не только повреждение электроустановок на участке от места аварии до источника питания, но и выведение из строя всей энергосистемы. Во избежание негативных последствий, вызванных авариями, применяются разные схемы электрозащиты:

  • отсечка;
  • дифференциально-фазная;
  • высокоэффективная максимальная токовая защита электрических цепей (МТЗ).

Из перечисленных видов защиты самой распространённой является МТЗ. Этот простой и надёжный способ предотвращения опасных перегрузок линий нашёл широкое повсеместное применение благодаря обеспечению селективности, то есть, обладанию способностью избирательно реагировать на различные ситуации.

Устройство и принцип действия

Конструктивно МТЗ состоят из двух важных узлов: автоматического выключателя и реле времени. Они могут быть объединены в одной конструкции либо размещаться отдельными блоками.

Отличия от токовой отсечки

Из всех видов защиты по надёжности лидирует токовая отсечка. Примером может служить защита бытовой электросети устройствами с применением плавких предохранителей или пакетных автоматов. Метод токовых отсечек гарантирует обесточивания защищаемой цепи в аварийных ситуациях. Но для возобновления подачи электроэнергии необходимо устранить причину отсечения и заменить предохранитель, либо включить автомат.

Недостатком такой системы является то, что отключение может происходить не только вследствие КЗ, но и в результате даже кратковременного превышения параметров по току нагрузки. Кроме того, требуется участие человека для восстановления защиты. Эти недостатки не критичны в бытовой сети, но они неприемлемы при защите разветвлённых линий электропередач.

Благодаря тому, что в конструкциях МТЗ предусмотрены реле времени, задерживающие срабатывание механизмов отсечения, они кратковременно игнорируют перепады напряжений. Кроме того, токовые реле сконструированы таким образом, что они возвращаются в исходное положение после ликвидации причины, вызвавшей размыкание контактов.

Именно эти два фактора кардинально отличают МТЗ от простых токовых отсечек, со всеми их недостатками.

Принцип действия МТЗ

Между узлом задержки и токовым реле существует зависимая связь, благодаря которой отключение происходит не на начальной стадии возрастания тока, а спустя некоторое время после возникновения нештатной ситуации.

Данный промежуток времени слишком короткий для того, чтобы величина тока достигла критического уровня, способного навредить защищаемой цепи. Но этого хватает для предотвращения возможных ложных срабатываний защитных устройств.

Принцип действия систем МТЗ напоминает защиту токовой отсечки. Но разница в том, что токовая отсечка мгновенно разрывает цепь, а МТЗ делает это спустя некоторое, наперёд заданное время. Этот промежуток, от момента аварийного возрастания тока до его отсечения, называется выдержкой времени. В зависимости от целей и характера защиты каждая отдельная ступень времени задаётся на основании расчётов.

Наименьшая выдержка времени задаётся на самых удалённых участках линий. По мере приближения МТЗ к источнику тока, временные задержки увеличиваются. Эти величины определяются временем, необходимым для срабатывания защиты и именуются ступенями селективности. Сети, построенные по указанному принципу, образуют зоны действия ступеней селективности.

Такой подход обеспечивает защиту поврежденного участка, но не отключает линию полностью, так как ступени селективности увеличиваются по мере удаления МТЗ от места аварии. Разница величин ступеней позволяет защитным устройствам, находящимся на смежных участках, оставаться в состоянии ожидания до момента восстановления параметров тока. Так как напряжение приходит в норму практически сразу после отсечения зоны с коротким замыканием, то авария не влияет на работу смежных участков.

Примеры использования защиты

МТЗ используют:

  • с целью локализации и обезвреживания междуфазных КЗ;
  • для защиты сетей от кратковременных перегрузок;
  • для обесточивания трансформаторов тока в аварийных ситуациях;
  • в качестве протектора при запуске мощного, энергозависимого оборудования.

Задержка времени очень полезна при пуске двигателей. Дело в том, что на старте в цепях обмоток наблюдается значительное увеличение пусковых токов, которое системы защиты могут воспринимать как аварийную ситуацию.

Благодаря небольшой задержке времени МТЗ игнорирует изменение параметров сети, возникающие при пуске или самозапуске электродвигателей. За короткое время показатели тока приближаются к норме и причина для аварийного отключения устраняется. Таким образом, предотвращается ложное срабатывание.

Пример подключения МТЗ электродвигателя иллюстрирует схема на рисунке 1. На этой схеме реле времени обеспечивает уверенный пуск электромотора до момента реагирования токового реле.

Рисунок 1. МТЗ с выдержкой времени

Аналогично работает задержка времени при кратковременных перегрузках в защищаемой сети, которые не связаны с аварийными КЗ. Отсечка действует лишь в тех случаях, когда на защищаемой линии возникает значительное превышение номинальных значений, которое по времени превосходит величину выдержки.

Для надёжности защиты на практике часто используют схемы двухступенчатой и даже трёхступенчатой защиты участков цепей. Стандартная трёхступенчатая защитная характеристика выглядит следующим образом (Рис. 2):

Рис. 2. Карта селективности стандартной трёхступенчатой защиты

На абсциссе отмечено значения тока, а на оси ординат время задержки в секундах. Кривая в виде гиперболы отображает снижение времени защиты от возрастания перегрузок. При достижении тока отметки 170 А включается отсчёт времени МТЗ. Задержка времени составляет 0,2 с, после чего на отметке 200 А происходит отключение. То есть, разрыв цепи происходит в случае отказа защиты остальных устройств.

Расчет тока срабатывания МТЗ

Стабильность работы и надёжность функционирования максимально-токовой защиты зависит от настройки параметров по току срабатывания. Расчёты должны обеспечивать гарантированное срабатывание реле при авариях, однако на её работу не должны влиять параметры тока нагрузки, а также кратковременные всплески, возникающие в режиме запуска двигателей.

Следует помнить, что слишком чувствительные реле могут вызывать ложные срабатывания. С другой стороны, заниженные параметры срабатывания не могут гарантировать безопасности стабильной работы электроприборов. Поэтому при расчетах уставок необходимо выбирать золотую середину.

Существует формула для расчёта среднего значения тока, на который реагирует электромагнитное реле [ 1 ]:

Iс.з. > Iн. макс.,

где Iс.з. – минимальный первичный ток, на который должна реагировать защита, а Iн. макс. – предельное значение тока нагрузки.

Ток возврата реле подбирается таким образом, чтобы его хватило повторного замыкания контактов в отработавшем устройстве. Для его определения используем формулу:

Iвз = kн.×kз.×Iраб. макс.

Здесь Iвз– ток возврата, kн. – коэффициент надёжности,  kз – коэффициент самозапуска, Iраб. макс. величина максимального рабочего тока.

Для того чтобы токи возврата и срабатывания максимально приблизить, вводится коэффициент возврата, рассчитываемый по формуле:

kвIвз Iс.з с учётом которого Iс.з. = kн.×kз.×Iраб. макс / kв

В идеальном случае kв = 1, но на практике этот коэффициент всегда меньший за единицу. Чувствительность защиты тем выше, чем выше значение kв.. Отсюда вывод: для повышения чувствительности необходимо подобрать kв в диапазоне, стремящимся к 1.

Виды максимально-токовых защит

В электрических сетях используют 4 разновидности МТЗ. Их применение диктуется условиями, которые требуется создать для уверенной работы электрооборудования.

МТЗ с независимой от тока выдержкой времени

В таких устройствах выдержка времени не меняется. Для задания уставок периода, достаточного для активации реле с независимыми характеристиками, учитывают ступени селективности. Каждая последующая выдержка (в сторону источника тока) увеличивается от предыдущей на промежуток времени, соответствующий ступени селективности. То есть, при расчётах необходимо соблюдать условия селективности.

МТЗ с зависимой от тока выдержкой времени

В данной защите процесс задания уставок МТЗ требует более сложных расчётов. Зависимые характеристики, в случаях с индукционными реле, выбирают по стандарту МЭК: tсз = A / (k— 1), где A, n – коэффициенты чувствительности, k = Iраб  / Iср — кратность тока.

Из формулы следует, что выдержка времени уже не является константой. Она зависит от нескольких параметров, в т. ч. и от силы тока, попадающего на обмотки реле, причём эта зависимость обратная. Однако выдержка не линейная, её характеристика приближается к гиперболе (рис. 3). Такие МТЗ используют для защиты от опасных перегрузок.

Рисунок 3. Характеристика МТЗ с зависимой выдержкой

МТЗ с ограниченно-зависимой от тока выдержкой времени

В устройствах данного вида релейных защит совмещено две ступени защиты: зависимая часть с гиперболической характеристикой и независимая. Примечательно, что времятоковая характеристика независимой части является прямой, плавно сопряжённой с гиперболой. При малых кратностях критичных токов характеристика зависимого периода более крутая, а при больших – пологая кривая (применяется для защиты электромоторов большой мощности).

МТЗ с пуском (блокировкой) от реле минимального напряжения

В данном виде дифференциальной защиты применена комбинация МТЗ с использованием влияния минимального напряжения. В электромеханическом реле произойдёт размыкание контактов только тогда, когда возрастание тока в сети приведёт к падению разницы потенциалов. Если падение превысит нижнюю границу напряжения уставки – это вызовет отработку защиты. Поскольку уставка задана на падение напряжения, то реле не среагирует на резкие скачки тока в сети.

Примеры и описание схем МТЗ

С целью защиты обмоток трансформаторов, а также других элементов сетей с односторонним питанием используются различные схемы.

МТЗ на постоянном оперативном токе.

Особенность данной схемы в том, что управление элементами защиты осуществляется выпрямленным током, который меняет полярность, реагируя на аварийные ситуации. Мониторинг изменения напряжения выполняют интегральные микроэлементы.

Для защиты линий от последствий междуфазных замыканий используют двухфазные схемы на двух, либо на одном токовом реле.

Однорелейная на оперативном токе

В данной защите используется токовое пусковое реле, которое реагирует на изменение разности потенциалов двух фаз. Однорелейная МТЗ реагирует на все межфазные КЗ.

Схема на 1 реле

Преимущества: одно токовое реле и всего два провода для подсоединения.

Недостатки:

  • сравнительно низкая чувствительность;
  • недостаточная надёжность – при отказе одного элемента защиты участок цепи остаётся незащищённым.

Однорелейка применяется в распределительных сетях, где напряжение не превышает 10 тыс. В, а также для безопасного запуска электромоторов.

Двухрелейная на оперативном токе

В данной схеме токовые цепи образуют неполную звезду. Двухрелейная МТЗ реагирует на аварийные междуфазные короткие замыкания.

Схема на 2 реле

К недостаткам этой схемы можно отнести ограниченную чувствительность. МТЗ выполненные по двухфазным схемам нашли широкое применение, особенно в сетях, где используется изолированная нейтраль. Но при добавлении промежуточных реле могут работать в сетях с глухозаземлённой нейтралью.

Трехрелейная

Схема очень надёжная. Она предотвращает последствия всех КЗ, реагируя также и на однофазные замыкания. Трехфазные схемы можно применять в случаях с глухозаземлённой нейтралью, вопреки тому, что там возможны ситуации с междуфазными так и однофазными замыканиями.

Из рисунка 4 можно понять схему работы трёхфазной, трёхлинейной МТЗ.

Рисунок 4. Схема трёхфазной трёхрелейной защиты

Схема двухфазного трёхрелейного подключения МТЗ изображена на рисунке 5.

Рис. 5. Схема двухфазного трёхрелейного подключения МТЗ

На схема обозначены:

  • KA — реле тока;
  • KT — реле времени;
  • KL — промежуточное реле;
  • KH — указательное реле;
  • YAT — катушка отключения;
  • SQ — блок контакт, размыкающий цепь;
  • TA — трансформатор тока.

Видео в дополнение темы

Токовая отсечка — Расчет и принцип действия

    Главная
  1. Релейная защита
  2. Токовая отсечка

Токовая отсечка – это разновидность максимальной токовой защиты с ограниченной зоной действия, предназначенная для быстрого отключения короткого замыкания. Отсечки бывают мгновенные и с малой выдержкой времени до 0,6 секунд. Отличие отсечки от мтз в отсутствии у токовой отсечки реле времени.

Селективность действия токовой отсечки достигается ограничением ее зоны действия. Эта защита отстраивается от тока КЗ в конце защищаемой линии или места, до которого она должна действовать. Ниже рассмотрим принцип действия различных токовых отсечек и их расчет.

Мгновенная токовая отсечка на линии с односторонним питанием

Зона действия токовой отсечки определяется графически. На рисунке наша защищаемая линия между точками АВ. Сначала строится кривая зависимость значения тока короткого замыкания от расстояния до точки КЗ. Точка КЗ в нашем примере – это конец линии, точка А.

Затем строится прямая параллельная оси расстояния равная току срабатывания отсечки. Область пересечения прямой и кривой представляет собой зону действия защиты. В нашем примере зона действия защиты – это отрезок ВБ.

Также зону действия токовой отсечки можно определить по выражению:

где:

  • xЛ – сопротивление линии, для которой выбираем защиту
  • EC – эквивалентная ЭДС генераторов системы
  • xC – сопротивление системы

Ток срабатывания защиты определяется по выражению ниже:

где:

  • kН – коэффициент надежности
  • IK.MAX – максимальный ток короткого замыкания в конце линии

Коэффициент надежности учитывает погрешности при расчете тока кз и погрешность срабатывания реле.

Коэффициент чувствительности отсечки рассчитывается по выражению:

где в числителе максимальный ток КЗ в начале защищаемой линии, в примере это точка В, а в знаменателе ток срабатывания защиты.

Мгновенная токовая отсечка на линии с двусторонним питанием

Рассмотрим схему линии с двусторонним питанием. По обоим концам расположены генераторы. Вначале необходимо определить максимальные токи короткого замыкания в конце линии с обеих сторон. Тот из токов, величина которого будет больше, и будет принят за максимальный ток короткого замыкания.

На линиях с двусторонним питанием ставится два комплекта отсечек с обеих сторон линии. Зоны действия определяются аналогично, как и для линии с односторонним питанием.

На рисунке у нас одна отсечка защищает при кз в точке А, вторая при кз в точке В. Зона действия первой – ВБ, второй – АГ. Максимальный ток кз в нашем случае больше Ik(A). Его и принимаем за расчетный для обеих отсечек.

Ток срабатывания защиты выбирается по большему из двух выражений:

Второе выражение используют при расчетах на линиях с двусторонним питанием. При наличии двух источников питания (генераторов), между ними проходят токи качания.

Максимальный ток качания определяется как сумма ЭДС генераторов деленная на сопротивление цепи между двумя генераторами, включая сопротивления генераторов (сверхпереходные x”d).

Мгновенные токовые отсечки являются самыми простыми защитами. К их плюсам можно отнести быстродействие и простоту схемы. К недостаткам относится область действия, так как она не распространяется на всю линию. Кроме линий, токовые отсечки применяются на трансформаторах. Стоит упомянуть и токовые отсечки, с выдержкой времени. А если соединить отсечку с выдержкой времени, мгновенную и максимальную токовую защиту, то получится трехступенчатая защита, которая может заменить более сложные защиты.

Токовая отсечка трансформатора

Токовая отсечка трансформатора является самой простой защитой трансформатора, которая защищает его от однофазных и междуфазных коротких замыканий. Принцип действия аналогичен принципу действия токовой отсечки линии.

Отсечка не будет срабатывать при повреждениях, сопровождаемых малыми токами, например, витковые замыкания, замыкания на землю в обмотке. Устанавливается токовая отсечка на трансформаторах мощностью менее 6300кВА. Если на трансформаторе установлена дифференциальная защита, то токовая отсечка не требуется.

Перейдем к расчету параметров защиты. Начнем с тока срабатывания защиты.

Ток срабатывания токовой отсечки отстраивается от броска тока намагничивания и от максимального тока короткого замыкания за трансформатором. Бросок тока намагничивания, который появляется при пуске трансформатора, составляет 3-5 от номинального.

где

  • kН – коэффициент надежности, зависит от типа реле
  • IK.MAX – максимальный ток короткого замыкания за трансформатором
  • IНАМ – ток намагничивания трансформатора, равный 3-5 от номинального тока трансформатора

Ток срабатывания реле (уставка) определяется по выражению ниже:

где

  • kСХ – коэффициент схемы
  • IС.З. – ток срабатывания защиты
  • nТТ – коэффициент трансформации ТТ

Коэффициент чувствительности токовой отсечки трансформатора

К преимуществам отсечки относится её быстродействие. Мгновенное отключение позволяет уменьшить возможные повреждения трансформатора и оборудования, запитанного от трансформатора.

К недостаткам можно отнести то, что зона действия отсечки ограничена. Поэтому отсечка вместе с газовой защитой трансформатора и максимальной токовой защитой составляют защиту трансформаторов малой мощности.

МТЗ и ТО — особенности терминологии (Страница 8) — Студенческий Раздел — Советы бывалого релейщика

А я в Чернобровове вычитал такой догмат — что токовая отсечка отличается от максимальной токовой защиты по условию селективности. У первой селективность по току, а у второй по времени.
Таким образом, получается, что когда короткое замыкание заставляет работать защиту без выдержки времени, то это токовая отсечка, а вот когда уже проходит выставленное время, то это МТЗ.
Но где-то ещё было написано, что у токовой отсечки несколько ступеней. Что вот есть без выдержки времени и с выдержкой.
Но ведь когда проходит время, то это уже как бы МТЗ.
С другой стороны, если у нас есть, например, цех с двигателями, то при пуске у двигателей пусковой ток, которым двигатели дербанят сеть. А это значит, что защиту нужно отстроить от пускового тока, иначе она будет каждый раз срабатывать. Можно дать выдержку времени, чтобы ток, смахивающий размерами на кз, был как бы неустойчивым во времени и не вызывал срабатывания защит, а вот если кто-нибудь уронит лом на шины и лом останется — то всё отключится. Можно дать отстройку по току, но тогда отсечка будет фригидной.
Если давать выдержку времени ТО, то будет ли она МТЗ? Будет ли это ТО, отстроенная по времени, чтобы не потерять чувствительности по току? Или таки МТЗ? Но ведь за время отстройки ток успеет повыситься до предела, при котором сработала бы ТО, где уставка на, положим, 12 ном, а при пуске от одного двигателя на 5 ном. Значит не такая уж и фригидная эта ТО. Но вообще, желательно чтобы она работала и при 5ном, чтобы оборудование не портилось, значит нужно что-то сделать с двигателями, чтобы они не дербанили сеть. Например, подключать их к сети только после подтверждения нормального режима работы, а запускать конденсаторной батареей; или использовать резисторы. Тогда можно и отсечку сделать нормальной, а не дурашливой.
Вот что такое ТО с выдержкой времени — это ТО с отстройкой от других защит или отстройкой от параметров «нормального режима работы» сети (или как назвать включение двигателей) или вообще с временным подтверждением устойчивости аварийного режима в сети? Просто если последнее, то это МТЗ. Тот же перегруз — это может быть нагрузка на не так уж и много процентов от номинальной, но длительно, а значит нехорошо и надо это дело отключить. И перегруз это точно не ТО. А ещё с подтверждением устойчивости замыкания справляется АПВ.
Но если есть с выдержкой времени, то разве должна быть без выдержки? Значит должна быть железно: либо ТО без выдержки, МТЗ 1, МТЗ 2 и т.д. Либо МТЗ 1, МТЗ 2 и т.д. То есть характеристика либо вида гладкой линии, либо линии с одним обрубом. Но ведь есть характеристика с двумя обрубами, причём первая пологая линия у нуля, вторая у значения, а третья линия не пологая, а увеличивающаяся, как независимая характеристика. Первую ступень можно блокировать многими защитами, вторую блокировать поменьше. Тогда это обретает смысл.

Токовая защита релейной защиты промышленных и гражданских зданий | Росподільні мережі

Для защиты от междуфазных коротких замыканий широко применяют максимальные токовые защиты и токовые отсечки. Их используют также для защиты от однофазных замыканий на землю.
Максимальной токовой защитой называют защиту, действующую в случаях, когда ток в защищаемой цепи превышает значение, равное максимальному рабочему току этой цепи. Такая защита является наиболее надежной, дешевой и простой по выполнению. Ее применяют для защиты кабельных и воздушных линий при одностороннем их питании, генераторов, трансформаторов, высоковольтных электродвигателей.
Максимальная токовая защита относится к защитам с выдержкой времени. Ее обычно выполняют с помощью электромагнитных реле максимального тока и реле времени.
На рис. 1, а показана принципиальная однолинейная схема максимальной защиты, выполненной с помощью электромагнитного реле максимального тока КА и реле времени КГ. В нормальном режиме работы защищаемого звена контакты реле КА и КГ разомкнуты. При увеличении тока в обмотке реле КА до определенного значения /с 3 (ток срабатывания защиты) оно срабатывает и замыкает своими контактами цепь обмотки реле времени КТ. Последнее приходит в действие и через заданную выдержку времени замыкает контактами цепь постоянного тока отключающей катушки YAТ привода выключателя QF. В результате выключатель отключается. В оперативной цепи постоянного тока находятся блок- контакты SQ привода выключателя QF. Если бы этих блок-контактов не было, контакты реле КТ размыкались бы при наличии тока в цепи отключающей катушки привода, вследствие чего могли бы быть повреждены из- за недостаточной мощности на размыкание.

а                       б
Рис. 1. Принципиальная однолинейная схема (а) и характеристика (б) максимальной токовой защиты с независимой выдержкой времени

Время действия защиты /3 (рис. 1, б) зависит от времени срабатывания реле КТ и не зависит от тока в обмотке токового реле КА, поэтому такую защиту называют защитой с независимой выдержкой времени.
Указательное реле КИ является вспомогательным и служит для сигнализации срабатывания реле.
В радиальных сетях с односторонним питанием максимальную токовую защиту выполняют с питающей стороны каждой линии. При этом для обеспечения селективности отключения выдержку времени защиты подбирают по ступенчатому принципу, согласно которому у каждой последующей защиты, считая по направлению к источнику питания, выдержку времени принимают на ступень времени больше, чем у предыдущей.
Рассмотрим пример выполнения защиты от однофазного короткого замыкания на землю кабельной сети напряжением 6(10) кВ с заземленной нейтралью (рис. 2). Действие защиты основано на том, что в нормальном режиме суммарный поток, создаваемый трехфазной системой токов в жилах кабеля, равен нулю. При замыкании на землю одной из фаз / кабеля симметрия токов нарушается и возникает магнитный поток в магнитопроводе 4, который наводит ЭДС в обмотке 3 трансформатора тока ТА. В результате в цепи реле КА появляется ток и реле срабатывает.
Токовая отсечка может быть быстродействующей или с выдержкой времени (0,5… 1 с). В отличие от максимальной токовой защиты отсечка заранее ограничивается зоной действия. Это делается для обеспечения селективности (избирательности действия), которая достигается путем выбора тока срабатывания отсечки, а не выдержки времени, как при максимальной токовой защите.
Известно, что ток короткого замыкания в линии (рис. 3, а) определяется значением сопротивления от источника питания до места повреждения и уменьшается с удалением последнего, о чем свидетельствует кривая на рис. 3, б. Наименьший ток короткого замыкания возникает при повреждении в конце линии (в точке К1), а наибольший — в ее начале (в точке КЗ). Токовое реле КА отсечки отстраивают от тока короткого замыкания /  которой численно равен току короткого замыкания при повреждении в точке К2.


Рис. 2. Выполнение защиты от замыкания на землю в кабельной сети:
а — общий вид кабельной сети с трансформатором тока: б — схема действия защиты; 1 — фазы кабеля; 2 — кронштейн крепления трансформатора тока; 3 обмотка; 4 — магнитопровол

При токе срабатывания /сотс токовая отсечка действует только при коротком замыкании на отрезке JI1, а и не действует на отрезке Л1, б участка Л1 линии, а также вне этого участка, например на сборных шинах или на участке Л2 линии. Следовательно, токовая отсечка защищает не всю, а только часть линии. Токовую отсечку выполняют по схеме максимальной токовой защиты, но делают быстродействующей, т. е. без выдержки времени (рис. 4).


Рис. 3. Принципиальная схема линии (а) и характеристики (б), поясняющие принцип действия токовой отсечки с односторонним питанием

Рис. 4. Принципиальная схема защиты линии от междуфазных коротких замыканий (токовая отсечка без выдержки времени)

Для защиты участка Л2 (см. рис. 3, б) на линии со стороны питания устанавливают дополнительную защиту, в качестве которой может быть выбрана, например, максимальная токовая защита с выдержкой времени или с пуском от реле минимального напряжения.

Избирательность максимальной токовой защиты обеспечивается только в радиальных сетях с односторонним питанием, в то время как токовая отсечка может применяться в сети любой конфигурации с любым источником питания. Существенным недостатком токовой отсечки без выдержки времени является то, что она защищает только часть линии, а поэтому не может служить основной защитой линии.

Токовая отсечка — Энциклопедия по машиностроению XXL

Максимальная токовая отсечка служит для защиты трансформатора от повреждений при междуфазных напряжениях. Она снабжена реле типа ЭТ-521/tOO и трансформатором тока типа ТПЛ-10, установленными со стороны 6 кв.  [c.83]

Максимальная токовая защита осуществлена с помощью токовых реле типа ЭТ-521/20 с применением трансформаторов тока, используемых для максимальной токовой отсечки. Выдержка времени защиты 1 сек.  [c.83]


Максимальная токовая отсечка выполнена с помощью реле типа ЭТ-521/100, с трансформаторами тока типа ТПЛ-10, установленными на стороне 6 кв.  [c.84]

Защита и контрольно-измерительные приборы. Защита трансформатора Т нагревательной установки выполняется при помощи токового реле с ограниченно-зависимой характеристикой и токовой отсечкой. Это обеспечивает защиту от перегрузки трансформатора и от коротких замыканий на стороне низкого напряжения или в самом трансформаторе. Защита выполнена на реле типа Х9Т-85/1, которое подключено к зажимам вторичной обмотки трансформатора тока ТТ, включенного в первичную цепь трансформатора Т. Уставки  [c.159]

ООО (токовая отсечка не удовлетворяет требованиям чувствительности) Дифференциальная на токовых реле с насыщающимися трансформаторами (РНТ и т. д.) Отстраивается от тока периодической составляющей намагничивания тока небаланса 1с. Р = — н X т.т К = 1.4..,2.  [c.24]

Защита от токов, обусловленных внешними КЗ, и специальная защита нулевой последовательности С токовыми отсечками на двигателях /с.р- н.т —  [c.25]

Тока КЗ в конце линий или другой определенной точки Токовая отсечка / г. г =1,г.- реле типа = 1,4…1,5 типа ИТ ,1,3 для ЭТ = ДЛЯ реле  [c.116]

Ступенчатая токовая направленная защита или ступенчатая токовая с делением кольца токовой отсечкой на радиальные линии одностороннего питания  [c.118]

Многофазные КЗ в двигателе и на его выводах Токовая отсечка с одним реле, включенным на разность фазных токов До 2000 0  [c.156]

Токовая отсечка с двумя реле, включенными на фазные токи Свыше 2000 с тремя выводами 0  [c.156]

Продольная дифференциальная защита с двумя или одним реле До 5000 с шестью выводами, если токовая отсечка не удовлетворяет требованиям чувствительности 0  [c.156]

Принцип действия, характеристика и назначение максимальной токовой защиты, токовой отсечки, дифференциальной защиты линий.  [c.330]

Функциональная электрическая схема представлена на рис. 5.6. Блок 1 управления агрегатом суммирует, формирует сигналы управления и защищает агрегат. В блок / входят источник питания 2, система импульсно-фазового управления 5, управляющий орган 9, регулятор напряжения 13, узел токовой защиты 16, датчик напряжения 1 , узел токовой отсечки 10, задающее устройство 15. Система 5 преобразует постоянное управляющее напряжение, вырабатываемое системой автоматического регулирования агрегата, в последовательность прямоугольных управляющих импульсов соответствующей фазы, подаваемых на управляющие переходы тиристоров, расположенных в блоке 6 тиристоров. Диапазон регулирования фазы импульсов управления от О до 175°. Параметры управляющих импульсов длительность (10 3)°, ток управления при напряжении управления 6 В составляет 0,5 А.  [c.84]


Автоматические воздушные выключатели защищают выпрямители от токов КЗ на выходе и токов внутренних КЗ. На входе выпрямителей ВАК-2-28,5М1, ВАК-6-28,5М1, ВАК-2-115, ВАК-6-115 стоит автоматический выключатель (АВ) с токовой отсечкой 5/ DOM У ВАК-i 2-28,5, 7/ном У ВАК-12-115. Для защиты каналов выпрямителей ВАК-6-115, ВАК-12-115 в схеме зарядной секции предусмотрен выключатель с токовой отсечкой 5/ном-  [c.113]

Практически все электродвигатели имеют защиты на отключение при повреждениях или перегрузках, сохраняющие их от разрушения и загорания. На крупных электродвигателях установлены токовая отсечка, которая действует на отключение масляного выключателя (МВ) мгновенно без выдержки времени при коротких замыканиях в двигателе или кабеле максимальная защита на отключение МВ с выдержкой времени в несколько секунд при перегрузках двигателя земляная защита на отключение МВ без выдержки времени при однофазных коротких замыканиях на землю в двигателе (при повреждении изоляции двигателя) защита минимального напряжения, обычно устанавливаемая на секциях и действующая при понижении напряжения ниже минимального уровня с выдержкой в несколько секунд.  [c.227]

Kd — передаточные коэффициенты первого и второго каскадов ЭМУ Гд — активное сопротивление поперечной цепи Киг — коэффициенты усиления по напряжению г-й обмотки управления для двух каскадов с учетом знака обратной связи (Kui=Kui — коэффициент усиления цепи задающей обмотки /Си2=—/Сиг, /Си2, — коэффициент усиления цепи токовой отсечки Киз=—Киз. Хиз — коэффициент усиления цепи стабилизирующей обмотки) 6d — ЭДС продольной цепи. Остальные обозначения — те же, что и для рассмотренных выше САР.  [c.276]

Важной задачей системы защиты является предотвращение у всех типов электроприводов крановых механизмов недопустимых перегрузок, связанных с неисправностью схем управления, заклиниванием механизмов, обрывом цепи тормоза и т. п. В этом отличие требований к защите от перегрузок крановых электроприводов от защиты от перегрузок для электроприводов продолжительных режимов. В связи с неопределенностью нагрузки крановых механизмов, меняющимися темпами нагрева двигателей, их работой в условиях частых пусков и торможений не представляется возможным даже ставить задачу защиты электроприводов от тепловых перегрузок. Единственным условием предотвращения тепловых перегрузок кранового электрооборудования является его правильный выбор с учетом заранее рассчитанных любых возможных в эксплуатации режимов работы. Таким образом, защита от перегрузок сводится к контролю пускового тока при ступенчатом пуске и защите от заклинивания короткозамкнутых двигателей или электроприводов с токовой отсечкой. При правильно организованном пуске электропривода со ступенчатым разгоном пусковой ток не должен превышать 220— 240% тока, соответствующего расчетному значению.  [c.122]

Такую ступень регулирования можно иметь, введя отсечку по напряжению. На крупных экскаваторах, характеризующихся большим моментом инерции и наличием значительных люфтов в зубчатой передаче механизма, необходимо вводить специальное устройство с узлом токовой отсечки. Этот узел имеет регулируемый запирающий потенциометр в функции тока главной цепи.  [c.157]

Токовая отсечка осуществляет обратную связь по току главной цепи и начинает действовать для ограничения момента и тока при определенных допустимых значениях (рис. 136).  [c.209]

Если обмотки узла токовой отсечки подключить непосредственно на падение напряжения на дополнительных полюсах, то  [c.210]

Рис. 136. Узел токовой отсечки
Наиболее полное постоянство механических характеристик обеспечивает схема ограничения момента двигателя электропривода с непосредственным измерением тока главной цепи при помощи специального тороидального магнитного усилителя Принцип действия такого усилителя узла токовой отсечки аналогичен принципу действия трансформатора постоянного тока. Измерение тока главной цепи производится с помощью трехфазного магнитного усилителя без обратной связи, работающего в режиме трансформатора тока.  [c.216]
Рис. 153. Согласование полярности узла токовой отсечки
Принцип действия тороидального магнитного усилителя узла токовой отсечки аналогичен принципу действия трансформатора постоянного тока.  [c.268]

При расчете необходимо учитывать, что после достижения током якоря величины тока отсечки темп нарастания напряжения генератора снижается под действием токовой обмотки ЭМУ. На структурных схемах (рис. 59 и 60) действие токовой отсечки изображается включением обратной связи с передаточной функ-цией ог. /(р).  [c.97]

Одиночная воздушная линия одностороннего питания с реактором Максимальная токовая за-ш,ита со ступенчатой настройкой выдержек времени в сочетании с токовой отсечкой Макси Максимального тока линии мальная токовая защ1, р.м в т.т та 1,2  [c.116]

Одиночная без реактора ка-бе,льная линия, отходящая от шин подстанции Токовая отсечка без выдержки времени Тока КЗ на линии не менее 0,5…0,6 ) Ориентировочно 3 0,4…0,5 Р »  [c.116]

То же, с выключателем, рассчитанным на отключение КЗ до реактора Максимальная токовая защита со ступенчатой настройкой [выдержек времени в сочетании с токовой отсечкой Аналогично защите одиночной нереактированной воздушной линии одностороннего питания  [c.117]

Две параллельные линии при двухступенчатом одностороннем питании Максимальная токовая защита со ступенчатой настройкой выдержки времени в сочетании с токовой отсечкой без выдеряжи времени на секционном выключателе и защитой от минимального напряжения с выдержкой времени Рабочего тока при работе одной из линий. Бросков тока при само-запуске двигателей на цеховой подстанции . р. м о х.т t/,p (0,3…0,4) y = 1,1…1,2 для реле типа ЭТ /С = 1,4…1,5 для р -ле типа ИТ  [c.117]

Максимальная токовая защита со ступенчатой настройкой выдержек време-мени с делением токовой отсечкой на подстанции на две радиальные линии одностороннего питания или поперечная дифференциальная защита с приемной стороны, а для коротких линий допускается продольная дифференциальная защита  [c.118]

Рис. п. 1.30. Функциональная схема преобразователя АТРК TV — трансформатор AAI — блок токовой отсечки AU — система импульсно-фазового управления AWt, AW2 — суммирующие магнитные усилители регулирования в логики DD — блок логического переключающего устройства ТА — трансформатор тока UA — трансформатор постоянного тока им — блок силовой QFI, QF2 — автоматические выключатели S — пере- ключающее устройство  [c.278]

Задающее напряжение Оз подается на обмотки управления магнитных усилителей в зависимости от положения командоаппарата и состояния логического переключающего устройства ЛПУ (только на СМУР). Для получения требуемых механических характеристик и необходимого характера изменения переходных процессов на входы усилителей СМУР могут быть поданы сигналы обратных связей по напряжению, току, скорости и другим параметрам. В частности, в рассматриваемой схеме предусмотрены обратная связь по напряжению ТП для получения необходимой жесткости механических характеристик и обратная связь по току (БТО — блок токовой отсечки) для ограничения моментов при пусках и торможениях. Предусмотрена также обратная связь по току якоря двигателя, воздействующая на вход СМУРВ, чем обеспечивается необходимый характер изменения потока возбуждения машины.  [c.103]

ОВД — параллельная обмотка возбуждения двигателя Гр/,—трансформаторы БТО —блок токовой отсечки ТПТ— трансформатор постоянного тока /Г — трансформатор тока СФУ. СФУВ — системы фазового управления ЛЯУ — логическое переключающее устройство РР — релейный элемент для переключения контакторов направления ЛВ и КН,  [c.220]

Для получения плавного разгона (при переходе на положения ЗП и 4П) и торможейия при переходе с большой скорости на малую в схеме предусмотрено ограничение моментов в динамических режимах, выполняемое с помощью блока токовой отсечки ТО, сигнал с которого поступает на систему фазовогО управления СФУ.  [c.224]

Наклон круто падающей части характеристики БЕ определяется величиной добавочного сопротивления 1 а, включенного последовательно в цепи токовой обл1отки, т. е. р = / (Яд)-Поэтому для уменьшения крутизны характеристики после действия токовой отсечки необходимо увеличить, а для увеличения крутизны — уменьшить добавочное сопротивление в цепи токовой обмотки. Чем больше величина этого сопротивления, тем больше разница между величиной тока в начале действия токовой отсечки и величиной стопорного тока Отношение к тс =  [c.212]

Во время эксплуатации электрооборудования необходимо следить за сохранением величины запирающего потенциала узла токовой отсечки ДIУэart Для этого плечи узла должны быть равными независимо от направления вращения элекгродвигателей.  [c.213]

При наладке привода в стопорном режиме проверяют токи главной цепи для каждого положения командоконтроллера и регулируют параметры отрицательной гибкой обратной связи по току главной цепи. Полярность обмотки узла токовой отсечки может быть проверена при замкнутой главной цепи нижеописанным способом.  [c.242]

Подключают обмотку возбудителя к зажимам Ш1 и Ш2 блока и после включения переменного напряжения питания блока проверяют полярность на зажимах Ш1 и ZZ/2. Полящюсть должна быть такой, как указано на рисунке, т. е. Ш2 — плюс и Я// — минус. Чтобы избежать выхода из строя диодов в цепи токовой отсечки при проверке полярности напряжения возбудителя, необходимо отключить на станции концы 3 м 4, идущие от якоря возбудителя.  [c.267]



19.Схемы токовых защит. Схема токовой защиты с независимой выдержкой времени на постоянном оперативном токе. Совмещенное исполнение. Разнесенное исполнение.

 

Схемы токовых защит

 

Выбор схемы определяется назначе­нием защиты и предъявляемыми к ней требованиями. Измеритель­ная часть у всех ступеней одинакова, поэтому если защита содер­жит несколько ступеней, то их измерительные органы соединяются между собой последовательно. При наличии отдельного органа вы­держки времени логическая часть второй ступени и логическая часть третьей ступени защиты тоже одинаковы. В этом случае одна и та же схема защиты может быть использована как для выполне­ния токовой отсечки с выдержкой времени, так и для выполнения максимальной токовой защиты. Нет различия и между схемами максимальной токовой защиты и токовой отсечки без выдержки времени, выполненных на основе вторичных реле прямого действия типа РТВ и РТМ. В системах электроснабжения часто используют комбинированное реле РТ-80 или аналогичные полупроводниковые реле. Они позволяют выполнить токовую защиту двухступенчатой, содержащей первую и третью ступени.

Для изображения схем РЗиА применяются  структурные и принципиальные схемы.

Принципиальные схемы – это наиболее полные схемы, которые показывают взаимосвязь и принцип работы всех элементов схемы.

Принципиальные схемы делают в двух видах:

1.     В совмещенном.

2.     В разнесенном. 

В совмещеннй схеме контакты реле на схеме совмещены с катушками реле. По мере усложнения схем РЗ совмещенные схемы усложняются и теряют наглядность.

Поэтому применяется разнесенный способ изображения схем.

При применении этого способа отдельно изображаю измерительные цепи РЗ и цепи управления, цепи создания выдержки времени и т.д.   

В структурных схемах устройства защиты и автоматики разби­ваются на отдельные блоки. Их изображают в виде прямоуголь­ников. Схема не показывает принцип работы отдельных элементов, а лишь структуру устройства и взаимосвязь между отдельными частями.

Функциональные схемы являются развитием структурных схем. Они более детализированы.  Показывают взаимосвязь и работу отдельных частей устройства.

Для токовых защит используются следующие схемы соединения трансформаторов тока:

1.     Полной звезды.

2.     Неполной звезды.

3.     на разность токов двух фаз.

Выбор типа реле и схемы их соединения определяется:

1.     Назначением защиты.

2.     Предъявляемыми к ней требованиями.

 

Схема токовой защиты с независимой выдержкой времени на постоянном оперативном токе.

 

Принципиальная схема, выполненная в совмещенном исполнении.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Защита выполнена по схеме неполной звезды. Два трансформатора то­ка ТА1 и ТА2 установлены в фазах А и С за выключателем Q. Вторичные обмотки трансформаторов должны быть заземлены. К ним подключаются обмотки реле тока КА1, КА2 типа РТ-40. По их обмоткам протекает переменный ток, а в логической цепи – постоянный., Выдержка времени создается реле времени КТ типа ЭВ-134. В схему защиты включены промежуточное реле КL типа РП-23 и указательное реле КН типа РУ-1. При КЗ срабатывают реле тока КА1,КА2 и своими контактами КА1, КА2  замы­кают цепь обмотки реле времени КТ. Реле времени начинает работать и с заданной выдержкой реле замыкает контакт КТ.  Цепь обмотки промежуточного реле замыкается, оно срабатывает и замыкает контакт КL. Подается импульс на указательное реле KH и привод выключателя. Выключатель отклю­чается.

При этом указательное реле КН фиксирует действие защи­ты на отключение. Контакт промежуточного реле КL не рассчитан на отклю­чение тока электромагнита отключения УАТ. Поэтому в его цепь последовательно с контактом реле КL включен вспомогательный контакт выключателя Q, который размыкает цепь УАТ при отключении выключателя.

Схему можно использовать для вы­полнения максимальной токовой защиты и для выполнения токовой отсечки с выдержкой времени.

 

Принципиальная схема в разнесенном исполнении.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Функциональная схема  защиты.

 

Часто задаваемые вопросы о молекулярном замещении

Как мне узнать, решил ли Phaser мою структуру?

Ответ на этот вопрос подробно в разделе «Решил ли Phaser?» в основном руководстве Phaser, но его можно резюмировать следующим образом: окончательный Z-оценка функции перевода (TFZ) должна быть выше 8, а логарифм правдоподобия усиление (LLG) должно быть положительным и максимально высоким. Конечно, как и в случае с фазировка эксперимента, возможность автоматического построения большей части модели — единственный лучший критерий правильного решение; в качестве альтернативы, выполнение одного раунда уточнения должно привести к тому, что R-free будет ниже 0.50. Обратите внимание, что если после уточнения R-free выше 0,5, это часто указывает на то, что указывает на то, что решение действительно неверно — особенно в сочетании с нестандартными значениями TFZ и / или LLG. Просто потому, что Phaser находит решение, не означает, что он правильно решил структуру!

Почему Phaser не сообщает R-фактор?

R-фактор намного меньше чувствительны, чем оценки TFZ и LLG, особенно при поиске удаленные гомологи или небольшая часть общей рассеивающей массы.Phaser записывает R-факторы для шага уточнения твердого тела в направлении конец прогона, который можно найти в файле журнала. Однако, если эти значения относительно низкие (<40%), они не являются надежными индикаторами качество решения, поэтому в графический интерфейс.

Что делать, если я не найду подходящего решения?

Это также подробно описано в основном руководстве Phaser, в разделе «Что делать в сложных случаях ».

Какое разрешение следует использовать?

Короче говоря, в большинстве случаев вы должны позволить Phaser выбирать пороги разрешения.Phaser использует предполагаемую точность модели (выраженную непосредственно как RMSD или косвенно как идентичность последовательности), размер модели и оба разрешение и количество дифракционных наблюдений для определения сигнала, который будет получен для каждой модели в зависимости от разрешения. Это используется как чтобы определить порог разрешения, которого должно хватить для успешного MR поиск и оптимальный порядок поиска моделей. Эффекты навалом растворитель при низком разрешении учитывается внутренне, поэтому вам не нужно также можно указать отсечку с низким разрешением.

Следует ли использовать выходной файл MTZ из Phaser для уточнения?

Нет, для уточнения всегда лучше использовать исходный файл данных. МТЗ файл из Phaser содержит коэффициенты карты, но в большинстве случаев вы найдете что лучшие карты можно получить, немедленно запустив раунд доработки или автоматическая перестройка.

Как связаны содержимое ASU и поисковые ансамбли?

Технически они не связаны. Ансамбли используются в собственно MR. поиск; содержимое ASU только сообщает Phaser, чего ожидать от общего рассеивающая масса асимметричного блока (важный фактор в максимальном оценка вероятности).Хотя вы можете указать только одну последовательность для каждого компонента, вместо этого вы можете указать молекулярную массу для набора цепей. Вы можете также разбить модель на более мелкие ансамбли (например, разные домены) сохраняя содержимое ASU одинаковым, или используйте модель поиска с несколькими цепочками, пока указание файла последовательности для каждой цепочки.

Как заставить Phaser работать быстрее?

Phaser находится в постоянном развитии, при этом большое внимание уделяется скорость, поэтому все, что мы могли бы здесь посоветовать, вероятно, уже делается автоматически! Поскольку Phaser теперь автоматически выбирает самое низкое разрешение ожидается, что даст четкое решение, изменение пределов разрешения не является рекомендуется и может даже увеличить время работы.Хорошая идея — создать Phaser запускает поиск всех копий всех компонентов за одно задание, потому что это позволяет Phaser для выбора оптимального порядка поиска и объединения решений для несколько копий найдено за один поиск.

Может ФЕНИКС делать MRSAD?

Да, PHENIX может запускать MRSAD (молекулярное замещение в сочетании с фазами SAD) с помощью использование информации о молекулярном замещении в процессе определения аномальная субструктура рассеивателя. Однако для этого требуются отдельные шаги выполнение MR и поиск подструктуры.Есть два простых способа сделай это; оба описаны в документации AutoSol.

Я использую димер в качестве модели поиска. Почему я получаю предупреждение, что элементарная ячейка переполнена?

Помните, что содержимое асимметричного блока определяется независимо модели. Если вы предоставили одну последовательность для определения Содержимое ASU, убедитесь, что вы указали, что содержимое ассиметричного агрегата включают в себя два экземпляра.

Я хочу создать ансамбль моделей.Должен ли я сначала запустить Sculptor, а затем Ансамблер или наоборот?

К сожалению, ни то, ни другое не является оптимальным. Когда Sculptor запускается первым, он удаляет остатки от модели, и это может повлиять на способность Ensembler выполнять оптимальная суперпозиция. Если используется сопоставление SSM по умолчанию, фрагментация элементов вторичной структуры (заметных, когда модели расположены далеко), может привести к в неправильном сопоставлении, хотя это бывает редко. Когда Ensembler запускается первым, и обрезка включена, результирующая трасса основной цепи может содержать много коротких фрагменты, которые Скульптор выбросит, так как они не могут быть надежно совпадает с последовательностью выравнивания и полнотой полученной модели далее уменьшается.Лучшим компромиссом, вероятно, будет сначала запустить Sculptor, поэтому что выравнивание последовательности с цепью может быть выполнено оптимальным образом. В общем случаев, это не сильно ухудшает суперпозицию, так как все еще много сайтов для использования. В случае сбоя выравнивания SSM другие алгоритмы сопоставления (например, порядковые номера остатков).

Что мне следует запустить после того, как Phaser найдет хорошее решение?

Обычно мы рекомендуем один (или оба) из этих двух вариантов (и см. Следующий вопрос для совета по более сложным случаям):

  • Если модель поиска — это тот же белок (или достаточно близкий), а не ожидаются большие конформационные изменения, запустите phenix.уточнить, используя стратегия по умолчанию не менее 8-10 макроциклов, но с параметрами, соответствующими разрешение данных: например, добавление ограничений NCS на низком уровне разрешение, если присутствует несколько копий цепи, или добавление растворителя обновлять в разрешении от среднего до высокого.
  • Запустить AutoBuild; если поисковая модель относится к существенно другому белку, выключите режим восстановления на месте, чтобы построить совершенно новую модель.

Я запустил Phaser, он нашел решение, затем я запустил феникс.доработать, а R-свободный застревает выше 0,4 (но ниже 0,5). Как это исправить?

Это открытый вопрос, имеющий множество объяснений и возможные решения. Обычно мы рекомендуем стандартную серию проверок:

  • Запустите Xtriage и проверьте свои данные на наличие патологии, которые могут затруднить уточнение (например, двойникование, неполное data, или трансляционный NCS).
  • Очень важно, чтобы поисковая модель уже соответствовала последовательности целевой белок.Если вы запустите Phaser с гомологичной структурой в качестве входных данных, вы сначала следует запустить Sculptor, чтобы при необходимости отредактировать поисковую модель. (Это не то же, что и моделирование гомологии — оно просто удаляет неподходящие атомы, переименовывает и перенумеровывает остатки и корректирует B-факторы). устраните остаточные проблемы, пропустив этот шаг.
  • Проверьте, действительно ли решение MR является полным — это означает, что у вас есть разместили достаточно копий модели поиска, и эта модель поиска уже покрывает большую часть или всю цель.Разрывы в кристаллической упаковке или необычно большие капли разной плотности могут указывать на отсутствие рассеивателей. На низком разрешение разница в плотности будет слабее, но вы все равно можете проверить решетка. Если вам не хватает важных частей модели, это будет ограничьте, насколько низкими могут быть R-факторы.
  • Убедитесь, что вы выполняете достаточно циклов доработки. Иногда это будет требуется много времени, чтобы сойтись; по умолчанию три цикла — это минимум рекомендуется.

Если и то, и другое указывает на то, что модель и данные достаточно разумны, это вероятно, что есть различия / ошибки модели, которые выходят за рамки допустимого диапазона сходимость уточнения.К счастью, это обычно легко распознать в карты разницы даже при низком разрешении; например, представитель тестовый пример при 4,0 Å (описан в DiMaio et al. 2013):

Здесь очень ясно видно, что модель просто не соответствует требованиям (хотя большая часть белка, в основном за пределами поля зрения, более или менее верный). В этом случае вы можете попробовать несколько инструментов, многие из которых были специально разработаны для решения этого класса задач:

  • Если у вас есть данные с разрешением от среднего до высокого (не менее 3.0Å) можно попробовать построение совершенно новой модели в AutoBuild. Это медленнее, чем уточнение, но имеет очень широкий радиус схождения.
  • Может оказаться полезной процедура преобразования модели; это доступно как вариант в AutoBuild и отдельную программу.
  • Гибридное усовершенствование Rosetta-Phenix также был разработан для таких случаев.
  • Усовершенствование
  • DEN также было разработано для со структурами, которые нуждаются в более агрессивном улучшении и доказали свою полезность во многих подобных случаях.
  • В крайнем случае можно попробовать MR-Rosetta; это способно улучшить очень плохих MR-решений, но значительно вычислительно дороже, чем другие методы.
  • Иногда достаточно добавить имитацию отжига в phenix.refine. (хотя для примера, изображенного выше, этого не было).

Дополнительно, если для использования доступны несколько структур одного и того же белка в качестве поисковых моделей мы рекомендуем проверить, не подходит ли какой-либо из них ближе к цель, чем текущая модель поиска.

Мне действительно нужно включать несколько моделей в мои ансамбли?

Нет, мы используем термин «ансамбль» в этом контексте для обозначения любой модели поиска; во многих случаях для решения конструкции достаточно одной модели (и они могут работать будет намного проще).

В чем разница между «высоким разрешением» и «высоким разрешением для доработка »?

Последний применяется при «доработке и фазировании». только шаг; для поиска с вращением и перемещением первым параметром является использовал.

Как искать несколько уникальных ансамблей?

Вкладка «Процедура поиска» позволяет настроить эту процедуру. Искать несколько независимых ансамблей, представляющих разные объекты в сложный («a AND b AND c»), нажмите кнопку «Добавить поиск» под вкладкой, и для каждого поиска отметьте ансамбль (ы), которые нужно используется на этом этапе. Поиск будет выполняться в том порядке, в котором они появляются. в графическом интерфейсе. Обратите внимание, что это , а не , как проверка нескольких ансамбли для одного поиска, как описано в следующем вопросе.

Как мне сказать Phaser выбрать лучшее решение из нескольких похожих ансамбли?

Попробовать несколько альтернативных ансамблей (соответствующих одной и той же сущность в кристалле) сразу («a OR b OR c»), проверьте поле рядом с каждым набором, который Phaser должен попробовать для одного поиска; Только один из них будет фактически помещен в выходную модель. (Вы, конечно, можете указать любую комбинацию поисков и ансамблей, например, «(a OR b) AND c», это будет два отдельных поиска инструкции.)

Я хочу запустить новый поиск в Phaser, начиная с результатов Предыдущая работа. Как это указать?

Если предыдущее задание выполнялось в графический интерфейс Phenix, вы можете выбрать его из раскрывающегося меню с надписью «Использовать частичное решение из предыдущего задания »на вкладке« Ввод и общие параметры ». Это автоматически загрузит решение. Обратите внимание, что в отличие от CCP4i интерфейс, Phaser-MR в Phenix не использует файлы .sol, поскольку информация передается внутри.Затем вам следует загрузить новые ансамбли. искать; ансамбли, которые использовались в предыдущем прогоне, не нуждаются в быть повторно загруженным, если вы не хотите найти больше копий. Если у вас уже есть правильно предоставил полную информацию о содержимом ASU, это будет не нужно менять.

Как запустить новый поиск, начиная с существующей модели в правильном ориентация и перевод?

Это может применяться, если у вас есть доработанная модель или решение от другого производителя. программа.В этом случае вам следует добавить модель как ансамбль и проверить коробка «Ансамбль — это фиксированное частичное решение». Это проинструктирует Phaser принять входные координаты без изменений и перейти к следующему ансамблю, чтобы ищи. Для этого ансамбля не нужно указывать отдельный поиск, так как он будет включен автоматически.

Как мне указать программе использовать локальное зеркало PDB вместо выборки записи удаленно?

См. Общий список часто задаваемых вопросов.

Почему mr_rosetta бомбит и говорит «ошибка при загрузке разделяемых библиотек:» libdevel.so: невозможно открыть файл общих объектов: нет такого файла или каталога »?

Это может означать, что где-то ваша система определяет разделяемые библиотеки. что нужно Розетте, и это для места, которое не там, где Розетта ожидает, что они будут. Вы можете попробовать игнорировать предыдущие определения так:

Если вы используете оболочки bash или sh:

экспорт PHENIX_TRUST_OTHER_ENV = 1
 

или csh (C-shell):

setenv PHENIX_TRUST_OTHER_ENV 1
 

в скрипте, в котором вы запускаете mr_rosetta, или перед тем, как запустить его из команды линия.

Почему mr_rosetta или mr_model_preparation bomb и говорит «RuntimeError: не удается связаться со службой EBI DbFetch»?

Это может означать именно то, что написано … но также может означать что вы находитесь за брандмауэром и вам нужен прокси-сервер пройти через. Вы можете использовать следующие команда для указания прокси-сервера (заменив его на ВАШ прокси-сервер).

Если вы используете оболочки bash или sh:

экспорт HTTP_PROXY = proxyout.mydomain.edu: 8080
 

или csh (C-shell):

setenv HTTP_PROXY прокси-сервер.mydomain.edu:8080
 

Проблемы при установке Rosetta? Вот несколько предложений:

  • Загрузите rosetta_source и rosetta_database отдельно. Пакет не содержит всех файлов.

  • Компиляция не выполняется на RHEL 6.1 (проблема с gcc 4.5), но не работает на RHEL 5.5.

  • Убедитесь, что среда настроена правильно: $ PHENIX_ROSETTA_PATH должен указывать на каталог установки Rosetta (где находятся rosetta_source и rosetta_database).(Обратите внимание на опечатку в документации с ROSETTTA вместо ROSETTA; исправлено сейчас.)

  • все каталоги в установке Rosetta должны быть доступны для пользователей:

    найти $ PHENIX_ROSETTA_PATH -type d -exec chmod 755 '{}' \;
     

Как указать программе использовать локальное зеркало PDB вместо выборки записи удаленно?

См. Общий список часто задаваемых вопросов.

  • Улучшенное замещение молекул за счет оптимизации структуры белка на основе плотности и энергии. F. DiMaio, T.C. Тервиллигер, Р.Дж. Рид, А. Влодавер, Г. Обердорфер, У. Вагнер, Э. Валков, А. Алон, Д. Фасс, Х.Л. Аксельрод, Д. Дас, С. Воробьев, Х. Ивай, П.Р. Поккулури, Д. Бейкер. Природа 473 , 540-3 (2011).
  • Улучшенное кристаллографическое уточнение низкого разрешения с помощью Phenix и Rosetta. F. DiMaio, N. Echols, J.J. Headd, T.C. Тервиллигер, П. Адамс и Д. Бейкер. Nat Методы 10 , 1102-4 (2013).

Phenix.refine Значения по умолчанию считаются вредными

Phenix.refine Значения по умолчанию считаются вредными

Название представляет собой рифф о программировании на Csh, считающемся вредным и опасным. также явный индикатор того, почему я пишу это. Вас предупредили.

Боковое примечание: жизнь развивается, и программы тоже. Ограничение в более поздней версии Phenix.refine (1.6.2) теперь принудительно ограничивает то есть | F | & geq; 0, а не | F |> 0, что, безусловно, помогает в этом явлении.

Я новичок в использовании феникса.Уточнить для уточнения структуры белка, так как он имеет несколько хороших комбинаций функций. Когда я делал Уточнение структуры протеасомы 20S с низким разрешением. Я использовал модель группы B-фактора и TLS, которая была недоступна в другом исследовании. программа уточнения (CNS не может выполнять TLS, REFMAC не выполняет сгруппированные B-факторы). Хотя REFMAC все еще, возможно, будет править при высоком разрешении, у меня сложилось впечатление, что phenix.refine может быть лучшим в более низких разрешениях. И я работаю в основном с более низкими разрешениями.

Как и в других программах, нужно время, чтобы привыкнуть к особенностям и синтаксису.Синтаксис Phenix.refine более причудлив, чем у большинства — если бы я собирался неуверенно, я бы сказал, что это выглядело так, как будто это было разработано компьютерными учеными, но это выглядит положительно идиллически, если вы когда-либо смотрели на Синтаксис MOLREP. Это работоспособно. Самая большая проблема, с которой я сталкиваюсь, это программа пытается быть умной. В некоторых случаях он действительно может быть умнее меня, но в других случаях он явно глупее. Это один из последних случаев.

Phenix.refine по умолчанию захватывает ваши интенсивности и отбрасывает некоторые из них

Это поведение не задокументировано в документации по программе — ни по умолчанию не собирает данные об интенсивности, ни выбрасывает данные с F = 0 (последнее является жестким ограничением программы).

Мой метод по умолчанию для перехода от SCALEPACK (набор HKL) к MTZ (набор CCP4) — через SCALEPACK2MTZ и TRUNCATE, обе программы в CCP4. SCALEPACK2MTZ — это просто программа переформатирования. TRUNCATE (см. French G.S. and Wilson K.S. Acta. Cryst. (1978), A34, 517) связывает интенсивности с модулями структурных факторов и имеет возможность изменять значения структурного фактора таким образом, чтобы слабые отражения с отрицательной интенсивностью заканчиваются небольшими положительными буквами F. Я часто использую эту опцию.Хотя это, безусловно, вызывает недовольство некоторых кристаллографов — по крайней мере, отчасти из-за допущений в распределении данных об интенсивности — эмпирически это не существенно. увеличить рабочие R-факторы (новые | F | разумны), и большое преимущество для заключается в том, что теперь вы можете использовать все эти слабые данные в уточнение, поскольку эти слабые данные теперь имеют | F | > 0. Для анизотропных данных — которые имеют много слабых отражений при более высоких пределах разрешения — это где-то между полезно и необходимо.Кроме того, поскольку мы обычно увеличиваем разрешающую способность при обработке данных, когда у внешних оболочек / σI составляет около 2 (как в случае с данные, обсуждаемые ниже), почти неизбежно, что приличная часть данных является слабой и может иметь интенсивность <0 только из-за статистических колебаний в измерения. Алгоритм «Массаж», упомянутый ниже в phenix.reflection_file_converter во многом связан с подходом Френча и Уилсона но имеет такую ​​форму:

| Fnew | = sqrt ((Io + sqrt (Io ** 2 + 2sigma ** 2)) / 2.0).
 
и, по крайней мере, в этом конкретном тестовом случае дает лучшие результаты. «Массаж» — это их номенклатура, а не моя, и у меня нет мнения по поводу лучше или хуже, чем у Френча и Уилсона. В этом единственном тестовом примере это выглядит немного лучше.

Проблема в том, что phenix.refine очень сильно пытается обойти то, что вы сделали с TRUNCATE. Когда вы конвертируете .sca с помощью SCALEPACK2MTZ, он создает данные интенсивности IMEAN и SIGIMEAN из файла SCALEPACK. Когда TRUNCATE преобразует интенсивности в модули структурных факторов он оставляет неизмененные данные IMEAN в выходном файле MTZ.Эти данные останутся там, если вы добавите флаги Free R с помощью скрипта uniqueify. Если вы затем используете эти данные в phenix.refine:

phenix.refine mydata_truncate-unique.mtz mydata.pdb
 
Первое, что делает программа, это игнорирует данные структурного фактора и вместо этого использует данные IMEAN. Вдобавок к этому он делает простой тупая процедура преобразования отбрасывания всех данных с IMEAN ≤ 0, что означает, что phenix.refine будет по умолчанию отклонить все эти слабые данные, которые вы пытались сохранить с помощью TRUNCATE.Вы можете проверить это, посмотрев строку вроде:
      label = "IMEAN, SIGIMEAN"
 
в файлах .eff или .def, созданных путем уточнения. Вы можете заставить phenix.refine использовать нужные вам ярлыки, отредактировав файл .def / .eff. файлы или положить
уточнение.input.xray_data.labels = "F, SIGF"
 
в командной строке во время уточнения, то есть:
phenix.refine mydata_truncate-unique.mtz mydata.pdb Refinment.input.xray_data.labels = "F, SIGF"
 
Или вы можете просто запустить программу САПР CCP4 и опустить данные об интенсивности.Это упрощает ваш MTZ-файл для использования в phenix.refine, но Возможно, это не самая плохая идея, чтобы эта недокументированная функция скрытности снова не преследовала вас.

Проявление исчезающих данных

По сравнению с использованием F из TRUNCATE, phenix.refine уничтожает ваши самые слабые данные. Это фрагмент журнала двух запусков phenix.refine, один явно используя TRUNCATE F:
| 13: 2,1079 - 2,0524 0,97 2546135 0,1862 0,2383
| 14: 2,0524 - 2,0023 0,96 2545 128 0.1874 0,2623
| 15: 2,0023 - 1,9568 0,96 2499 149 0,1920 0,2562
| 16: 1,9568 - 1,9152 0,92 2452132 0,2106 0,2385
| 17: 1,9152 - 1,8769 0,95 2500130 0,2169 0,2895
| 18: 1,8769 - 1,8415 0,83 2182 115 0,2403 0,2680
 
которая представляет собой таблицу диапазона разрешения, полноты, количества отражений для работы и свободных отражений и R-факторов для работы и бесплатные наборы. Следующая таблица взята из значений по умолчанию для phenix.refine (IMEAN преобразован в F, IMEAN ≤ 0):
| 12: 2.1292 - 2.0684 0,90 2536 123 0,1851 0,2381
| 13: 2,0684 - 2,0139 0,88 2462 123 0,1813 0,2654
| 14: 2,0139 - 1,9648 0,87 2400136 0,1936 0,2637
| 15: 1,9648 - 1,9201 0,81 2273130 0,2090 0,2789
| 16: 1,9201 - 1,8793 0,83 2303 118 0,2216 0,2761
| 17: 1.8793 - 1.8417 0,72 1998106 0,2388 0,2790
 
В каждом случае это просто самые внешние оболочки данных. Очевидно, что в последнем случае данных меньше. Если вы посмотрите на строки «ЗАМЕЧАНИЕ 3» в файлах PDB, вы обнаружите, что поведение по умолчанию (Imean) имеет 45999 отражений, в уточнении из которых 2339 находятся в свободном наборе по сравнению с данными Truncate, которые имеют 48895 отражений, из которых 2494 находятся в свободном наборе.Таким образом, phenix.refine в целом отбрасывает 5,7% ваших данных, и 11% его во внешней оболочке.

Я должен подчеркнуть, что это довольно приличные данные, собранные с разрешением 1,84 Å. с довольно низкой степенью анизотропии — представьте, что он делает с вашими данными, если это не так хороший ?

Что будут делать REFMAC и CNS?

REFMAC5, похоже, игнорирует данные для с | F | = 0 (это проверено для версии 5.4.0077). По воспоминаниям ЦНС также будет игнорировать данные с | F | = 0, но я формально это не тестировал, но именно так он и вел себя.Что ни ни из этих программ не делают, так это в одностороннем порядке получают данные об интенсивности из ваш файл. Вы явно указываете им, какие данные использовать, чтобы избежать путаницы. Вы можете выбрать жесткое усечение (I <0 становится F = 0) или вы можете использовать French & Wilson, но что бы это ни было, вы указываете программе, что использовать. phenix.refine - это уникальна тем, что по умолчанию он в одностороннем порядке собирает данные в неоднозначных случаях (более одного источника данных I / F в файле MTZ).

Насколько это действительно важно?

Я уже дважды пытался заставить разработчиков Phenix исправить отказ от отражений F = 0.Просто включив их поскольку F = 0 было бы большим шагом вперед, поскольку это накладывает ограничения на то, какой может быть модель F. Удаление их из данных удаляет любое требование, чтобы F-calc был «слабым». Ответы разработчиков Phenix, свидетельствующие об отсутствии срочности в этом вопросе. имеет тенденцию заставлять меня немного скрипеть зубами, потому что тот факт, что эти слабые данные полезны, не внезапное откровение. Это было очевидно в течение многих лет, и на самом деле НЕ удаление ваших слабых данных с помощью сигма-обрезания не имело смысла. неоднократно подчеркивался в современную эпоху с целями максимальной вероятности.(Что-то подсказывает мне, что я должен это задокументировать).

Но давайте сделаем тестовый пример, учитывая текущую структуру, над которой я работаю. Эти данные составляют 1,84 Å, модель относительно final (т.е. я возился с петлями и успокаиваю Molprobity). Я использую свой обычный метод преобразования данных с помощью SCALEPACK2MTZ и TRUNCATE с моделью усечения Френча и Уилсона в действии (truncate = yes). По просьбе Петра Зварта I. также включено сравнение с опцией «массажа» в phenix.reflection_file_converter.Потому что это активный проект имена файлов являются общими.

Если вы хотите пропустить пару страниц тестового примера, суть в том, что включение слабых данных улучшает модель, и сравнение одних и тех же (общих) подмножеств без R между тремя файлами координат, уточненными по данным Imean, Truncate’d и Massage’d указывает на то, что эффект довольно велик — разница до 1% при R-free 24% между наихудшим случаем (по умолчанию phenix.refine) и лучшим случаем (данные «Массаж») с результатами усечения, близкими к результатам массажа.Мы можем поторговаться о значении слова «большой» но большинство из нас были бы очень довольны таким улучшением модели на данном этапе доработки. Я бы предположил, что в более анизотропных случаях, когда доля слабые данные больше, этот эффект может быть больше, но это еще предстоит продемонстрировать. В любом случае трудно отстаивать нынешний поведение по умолчанию (недокументированное) для phenix.refine.

Длинное изложение контрольного примера

Возьмите существующий файл MTZ, который содержит данные интенсивности IMEAN, SIGIMEAN (через SCALEPACK2MTZ) и производные структурные факторы. F, SIGF из TRUNCATE с усечением = да.
Запуск:
phenix.reflection_file_converter mydata_truncate-unique.mtz --label = 'IMEAN, SIGIMEAN' --massage-density --write_mtz_amplitude --mtz_root_label = FM --mtz = massage.mtz
 
для генерации структурных факторов F я в остальном назову «Массаж» с помощью альтернативного метода. Они примерно эквивалентны структуре TRUNCATE. факторов, но использовать другой алгоритм. Используйте программу САПР CCP4 для объединения данных F, SIGF, IMEAN, SIGIMEAN, Free_R_flag из исходного файла и FM, SIGFM из записанных данных.Назовите этот набор данных «расширенный набор» mydata_superset.mtz.

Это фрагмент из MTZDUMP для этих данных:

   1 ASC -38 35 0100,00 -5,1 14,4 84,38 1,84 H H
   2 НЕТ 0 26 0100,00 9,7 9,7 84,38 1,84 H K
   3 НЕТ 0 49 0100,00 18,6 18,6 84,38 1,84 H L
   4 НЕТ -246,1 39869,3 1489 97,05 678,60 682,10 32,94 1,84 J IMEAN
   5 НЕТ 5,0 2335,7 1489 97,05 58,26 58,26 32.94 1.84 Q SIGIMEAN
   6 НЕТ 20,9 1970,5 1489 97,05 194,95 194,95 32,94 1,84 F F
   7 НЕТ 3,4 59,5 1489 97,05 17,29 17,29 32,94 1,84 Q SIGF
   8 НЕТ 0,0 19,0 0100,00 9,50 9,50 84,38 1,84 I FreeR_flag
   9 НЕТ 2,0 199,8 1489 97,05 20,16 20,16 32,94 1,84 F FM
  10 НЕТ 0,3 5,8 1489 97,05 1,71 1,71 32,94 1,84 Q SIGFM
 
Обратите внимание на наличие Imean <0 в третьем столбце, который является нижним пределом значения. диапазон данных.

Теперь я создаю подмножество этих данных Imean> 0, используя SFTOOLS через «select col imean> 0» и «purge». Назовите это mydata_subset.mtz

   1 ASC -38 35 0100,00 -4,9 14,1 32,94 1,84 H H
   2 НЕТ 0 26 0100,00 9,6 9,6 32,94 1,84 H K
   3 НЕТ 0 49 0100,00 18,6 18,6 32,94 1,84 H L
   4 НЕТ 0,0 39869,3 0100,00 723,29 723,29 32,94 1,84 J ИМЕАН
   5 НЕТ 5,0 2335,7 0100.00 58,64 58,64 32,94 1,84 Q SIGIMEAN
   6 НЕТ 28,8 1970,5 0100,00 204,35 204,35 32,94 1,84 F F
   7 НЕТ 3,4 59,5 0100,00 16,98 16,98 32,94 1,84 Q SIGF
   8 НЕТ 0,0 19,0 0100,00 9,50 9,50 32,94 1,84 I FreeR_flag
   9 НЕТ 3.1 199.8 0100.00 21.11 21.11 32.94 1.84 F FM
  10 НЕТ 0,3 5,8 0100,00 1,64 1,64 32,94 1,84 Q SIGFM
 
И больше нет IMEAN <0, как хотелось бы.

Из-за немного разных F в трех приведенных ниже случаях в силу трех процедур преобразования, я уточняю начальную координату файл против файла MTZ с тремя различными вариантами выбора:

  1. По умолчанию (F через Imean, phenix.refine стандартное поведение по умолчанию)
  2. Усечение (F через усечение = да)
  3. Массаж (F через массажные данные)
В каждом случае для уточнения PDB использовался файл SUPERSET mtz. Каждый файл PDB сохранялся отдельно.Я использую:
phenix.refine start.pdb mydata_superset.mtz --overwrite
phenix.refine start.pdb mydata_superset.mtz --overwrite Refinment.input.xray_data.labels = "F, SIGF"
phenix.refine start.pdb mydata_superset.mtz --overwrite Refinment.input.xray_data.labels = "FM, SIGFM"
 
со всеми настройками по умолчанию. Первое воплощение берет IMEAN из файла MTZ и создает из него F.

Результаты суперсета — только примечание 3 из файла PDB

1. (ИМЕАН Ф)
ЗАМЕЧАНИЕ 3 ДАННЫЕ, ИСПОЛЬЗУЕМЫЕ ПРИ ДОБАВЛЕНИИ ДОБАВЛЕНИЯ.ЗАМЕЧАНИЕ 3 ВЫСОКИЙ ДИАПАЗОН РАЗРЕШЕНИЯ (АНГСТРОМЫ): 1,842
ЗАМЕЧАНИЕ 3 НИЗКИЙ ДИАПАЗОН РАЗРЕШЕНИЯ (УГЛОВЫЕ СТРЕМЫ): 32,943
ЗАМЕЧАНИЕ 3 МИН (FOBS / SIGMA_FOBS): 0,02
ЗАМЕЧАНИЕ 3 ПОЛНОСТЬЮ ДЛЯ ДИАПАЗОНА (%): 91,38
ЗАМЕЧАНИЕ 3 КОЛИЧЕСТВО ОТРАЖЕНИЙ: 46001
ЗАМЕЧАНИЕ 3
ЗАМЕЧАНИЕ 3 СООТВЕТСТВИЕ ДАННЫМ, ИСПОЛЬЗУЕМЫМ ПРИ ДОБАВЛЕНИИ ДОБАВЛЕНИЯ.
ЗАМЕЧАНИЕ 3 ЗНАЧЕНИЕ R (РАБОЧИЙ + ТЕСТОВЫЙ НАБОР): 0,1927
ЗАМЕЧАНИЕ 3 ЗНАЧЕНИЕ R (РАБОЧИЙ НАБОР): 0,1898
ЗАМЕЧАНИЕ 3 СВОБОДНОЕ ЗНАЧЕНИЕ R: 0.2485
ЗАМЕЧАНИЕ 3 РАЗМЕР БЕСПЛАТНОГО ТЕСТОВОГО НАБОРА R ЗНАЧЕНИЕ (%): 5.08
ЗАМЕЧАНИЕ 3 БЕСПЛАТНЫЙ ТЕСТОВЫЙ НАБОР R ЗНАЧЕНИЕ КОЛИЧЕСТВО: 2339
 
Это выглядит неплохо, пока вы не сравните его с другими:

2. (TRUNCATE F)

ЗАМЕЧАНИЕ 3 ДАННЫЕ, ИСПОЛЬЗУЕМЫЕ ПРИ ДОБАВЛЕНИИ ДОБАВЛЕНИЯ.
ЗАМЕЧАНИЕ 3 ВЫСОКИЙ ДИАПАЗОН РАЗРЕШЕНИЯ (АНГСТРОМЫ): 1,841
ЗАМЕЧАНИЕ 3 НИЗКИЙ ДИАПАЗОН РАЗРЕШЕНИЯ (УГЛОВЫЕ СТРЕМЫ): 32,943
ЗАМЕЧАНИЕ 3 МИН (FOBS / SIGMA_FOBS): 1.34
ЗАМЕЧАНИЕ 3 ПОЛНОСТЬЮ ДЛЯ ДИАПАЗОНА (%): 97,10
ЗАМЕЧАНИЕ 3 КОЛИЧЕСТВО ОТРАЖЕНИЙ: 48897
ЗАМЕЧАНИЕ 3
ЗАМЕЧАНИЕ 3 СООТВЕТСТВИЕ ДАННЫМ, ИСПОЛЬЗУЕМЫМ ПРИ ДОБАВЛЕНИИ ДОБАВЛЕНИЯ.ЗАМЕЧАНИЕ 3 ЗНАЧЕНИЕ R (РАБОЧИЙ + ТЕСТОВЫЙ НАБОР): 0,1958
ЗАМЕЧАНИЕ 3 ЗНАЧЕНИЕ R (РАБОЧИЙ НАБОР): 0,1930
ЗАМЕЧАНИЕ 3 БЕСПЛАТНОЕ ЗНАЧЕНИЕ R: 0,2475
ЗАМЕЧАНИЕ 3 РАЗМЕР БЕСПЛАТНОГО ТЕСТОВОГО НАБОРА R ЗНАЧЕНИЕ (%): 5.10
ЗАМЕЧАНИЕ 3 БЕСПЛАТНЫЙ ТЕСТОВЫЙ НАБОР R ЗНАЧЕНИЕ КОЛИЧЕСТВО: 2494
 
3. (МАССАЖ F)
ЗАМЕЧАНИЕ 3 ДАННЫЕ, ИСПОЛЬЗУЕМЫЕ ПРИ ДОБАВЛЕНИИ ДОБАВЛЕНИЯ.
ЗАМЕЧАНИЕ 3 ВЫСОКИЙ ДИАПАЗОН РАЗРЕШЕНИЯ (АНГСТРОМЫ): 1,841
ЗАМЕЧАНИЕ 3 НИЗКИЙ ДИАПАЗОН РАЗРЕШЕНИЯ (УГЛОВЫЕ СТРЕМЫ): 32,943
ЗАМЕЧАНИЕ 3 МИН (FOBS / SIGMA_FOBS): 1.45
ЗАМЕЧАНИЕ 3 ПОЛНОСТЬЮ ДЛЯ ДИАПАЗОНА (%): 97,11
ЗАМЕЧАНИЕ 3 КОЛИЧЕСТВО ОТРАЖЕНИЙ: 48904
ЗАМЕЧАНИЕ 3
ЗАМЕЧАНИЕ 3 СООТВЕТСТВИЕ ДАННЫМ, ИСПОЛЬЗУЕМЫМ ПРИ ДОБАВЛЕНИИ ДОБАВЛЕНИЯ.
ЗАМЕЧАНИЕ 3 ЗНАЧЕНИЕ R (РАБОЧИЙ + ТЕСТОВЫЙ НАБОР): 0,1933
ЗАМЕЧАНИЕ 3 ЗНАЧЕНИЕ R (РАБОЧИЙ НАБОР): 0,1905
ЗАМЕЧАНИЕ 3 БЕСПЛАТНОЕ ЗНАЧЕНИЕ R: 0,2447
ЗАМЕЧАНИЕ 3 РАЗМЕР БЕСПЛАТНОГО ТЕСТОВОГО НАБОРА R ЗНАЧЕНИЕ (%): 5.10
ЗАМЕЧАНИЕ 3 БЕСПЛАТНЫЙ ТЕСТОВЫЙ НАБОР R ЗНАЧЕНИЕ КОЛИЧЕСТВО: 2494
 
И на самом деле данные Massage могут быть здесь пока незначительным победителем.Опять же, обратите внимание на расхождения между Imean и Truncate или Массаж данных с точки зрения полноты. Включение более слабого данные в R-work и R-free в этих двух последних случаях означает, что мы ожидаем R-факторы увеличиваются при отсутствии других эффектов. R-работа на самом деле выше, но R-свободный уже показывает признаки снижения. Теперь, чтобы попытаться заставить их использовать те же самые отражения без R для вычислений, я использую данные подмножества. Это важно, так как сделайте чистое сравнение R-free, вы должны использовать тот же набор тестов.Я должен использовать наименьший общий знаменатель, чтобы пройти границу F> 0. внутреннее по отношению к phenix.refine. Я использую файлы PDB, улучшенные для отдельных надмножеств, потому что они соответствуют своим соответствующим | F | ближайший. Проблема в том, что поправка на объемный растворитель не читается из файла PDB, поэтому мне нужно это заново уточнить. Я отключаю уточнения xyz и ADP, поэтому все, что он должен делать, — это общий анизоB и уточнение параметров объемного растворителя. Он не будет изменять значения F-calc, полученные непосредственно из модели, поскольку x, y, z, B здесь не меняются.Вот файл .def, который я использую для управления им (редактируется для каждого PDB и набора меток столбца)
уточнение {
  crystal_symmetry {
    unit_cell = 70.44799805 49.14699936 90.7
37 90 111.6679993 90 space_group = "П 1 21 1" } уточнять { стратегия = индивидуальные_сайты индивидуальные_сайты_реальное_пространство твердое_тело \ Individual_adp group_adp tls занятости group_anomalous } Вход { pdb { file_name = "start_refine_massage.pdb" } xray_data { file_name = "mydata_subset.МТЗ " label = "FM, SIGFM" r_free_flags { file_name = "mydata_subset.mtz" label = "FreeR_flag" test_flag_value = 0 } } } }
Я провел один тест, чтобы убедиться, что получаю одинаковую статистику из приведенного выше уточнения для массажа и той, которая использует выходной PDB и этот протокол, и я получаю при использовании данных надмножества. С данными подмножества я должен вырезать строку hexdigest в каждом файле PDB, который phenix.refine использует в качестве контрольной суммы для содержимого тестового набора.Это степень модификаций в файл координат. Мы ожидаем идентичной статистики для случая Imean F (по умолчанию phenix.refine) и более низких # для Truncate и Massage. Поскольку самые слабые данные были удалены из Truncate и данные массажа: неудивительно, что R-работа уменьшается. Тот факт, что R-free ниже для случаев Truncate и Massage, несмотря на использование того же бесплатного набора , что и для случая Imean, является четким признаком того, что модель лучше при включении большего количества данных в уточнение.

1. (ИМЕАН Ф)

ЗАМЕЧАНИЕ 3 ДАННЫЕ, ИСПОЛЬЗУЕМЫЕ ПРИ ДОБАВЛЕНИИ ДОБАВЛЕНИЯ.
ЗАМЕЧАНИЕ 3 ВЫСОКИЙ ДИАПАЗОН РАЗРЕШЕНИЯ (АНГСТРОМЫ): 1,842
ЗАМЕЧАНИЕ 3 НИЗКИЙ ДИАПАЗОН РАЗРЕШЕНИЯ (УГЛОВЫЕ СТРЕМЫ): 32,943
ЗАМЕЧАНИЕ 3 МИН (FOBS / SIGMA_FOBS): 0,02
ЗАМЕЧАНИЕ 3 ПОЛНОСТЬЮ ДЛЯ ДИАПАЗОНА (%): 91,38
ЗАМЕЧАНИЕ 3 КОЛИЧЕСТВО ОТРАЖЕНИЙ: 46001
ЗАМЕЧАНИЕ 3
ЗАМЕЧАНИЕ 3 СООТВЕТСТВИЕ ДАННЫМ, ИСПОЛЬЗУЕМЫМ ПРИ ДОБАВЛЕНИИ ДОБАВЛЕНИЯ.
ЗАМЕЧАНИЕ 3 ЗНАЧЕНИЕ R (РАБОЧИЙ + ТЕСТОВЫЙ НАБОР): 0,1928
ЗАМЕЧАНИЕ 3 ЗНАЧЕНИЕ R (РАБОЧИЙ НАБОР): 0.1899 г.
ЗАМЕЧАНИЕ 3 БЕСПЛАТНОЕ ЗНАЧЕНИЕ R: 0,2485
ЗАМЕЧАНИЕ 3 РАЗМЕР БЕСПЛАТНОГО ТЕСТОВОГО НАБОРА R ЗНАЧЕНИЕ (%): 5.08
ЗАМЕЧАНИЕ 3 БЕСПЛАТНЫЙ ТЕСТОВЫЙ НАБОР R ЗНАЧЕНИЕ КОЛИЧЕСТВО: 2339
 
2. (ОБРЕЗАТЬ F)
ЗАМЕЧАНИЕ 3 ДАННЫЕ, ИСПОЛЬЗУЕМЫЕ ПРИ ДОБАВЛЕНИИ ДОБАВЛЕНИЯ.
ЗАМЕЧАНИЕ 3 ВЫСОКИЙ ДИАПАЗОН РАЗРЕШЕНИЯ (АНГСТРОМЫ): 1,842
ЗАМЕЧАНИЕ 3 НИЗКИЙ ДИАПАЗОН РАЗРЕШЕНИЯ (УГЛОВЫЕ СТРЕМЫ): 32,943
ЗАМЕЧАНИЕ 3 МИН (FOBS / SIGMA_FOBS): 1,43
ЗАМЕЧАНИЕ 3 ПОЛНОСТЬЮ ДЛЯ ДИАПАЗОНА (%): 91,38
ЗАМЕЧАНИЕ 3 КОЛИЧЕСТВО ОТРАЖЕНИЙ: 45998
ЗАМЕЧАНИЕ 3
ЗАМЕЧАНИЕ 3 СООТВЕТСТВИЕ ДАННЫМ, ИСПОЛЬЗУЕМЫМ ПРИ ДОБАВЛЕНИИ ДОБАВЛЕНИЯ.ЗАМЕЧАНИЕ 3 ЗНАЧЕНИЕ R (РАБОЧИЙ + ТЕСТОВЫЙ НАБОР): 0,1910
ЗАМЕЧАНИЕ 3 ЗНАЧЕНИЕ R (РАБОЧИЙ НАБОР): 0,1884
ЗАМЕЧАНИЕ 3 БЕСПЛАТНОЕ ЗНАЧЕНИЕ R: 0,2408
ЗАМЕЧАНИЕ 3 РАЗМЕР БЕСПЛАТНОГО ТЕСТОВОГО НАБОРА R ЗНАЧЕНИЕ (%): 5.09
ЗАМЕЧАНИЕ 3 БЕСПЛАТНЫЙ ТЕСТОВЫЙ НАБОР R ЗНАЧЕНИЕ КОЛИЧЕСТВО: 2339
 
3. (МАССАЖ F)
ЗАМЕЧАНИЕ 3 ДАННЫЕ, ИСПОЛЬЗУЕМЫЕ ПРИ ДОБАВЛЕНИИ ДОБАВЛЕНИЯ.
ЗАМЕЧАНИЕ 3 ВЫСОКИЙ ДИАПАЗОН РАЗРЕШЕНИЯ (АНГСТРОМЫ): 1,842
ЗАМЕЧАНИЕ 3 НИЗКИЙ ДИАПАЗОН РАЗРЕШЕНИЯ (УГЛОВЫЕ СТРЕМЫ): 32,943
ЗАМЕЧАНИЕ 3 МИН (FOBS / SIGMA_FOBS): 2.00
ЗАМЕЧАНИЕ 3 ПОЛНОСТЬЮ ДЛЯ ДИАПАЗОНА (%): 91,39
ЗАМЕЧАНИЕ 3 КОЛИЧЕСТВО ОТРАЖЕНИЙ: 46003
ЗАМЕЧАНИЕ 3
ЗАМЕЧАНИЕ 3 СООТВЕТСТВИЕ ДАННЫМ, ИСПОЛЬЗУЕМЫМ ПРИ ДОБАВЛЕНИИ ДОБАВЛЕНИЯ.
ЗАМЕЧАНИЕ 3 ЗНАЧЕНИЕ R (РАБОЧИЙ + ТЕСТОВЫЙ НАБОР): 0,1885
ЗАМЕЧАНИЕ 3 ЗНАЧЕНИЕ R (РАБОЧИЙ НАБОР): 0,1859
ЗАМЕЧАНИЕ 3 БЕСПЛАТНОЕ ЗНАЧЕНИЕ R: 0,2385
ЗАМЕЧАНИЕ 3 РАЗМЕР БЕСПЛАТНОГО ТЕСТОВОГО НАБОРА R ЗНАЧЕНИЕ (%): 5.08
ЗАМЕЧАНИЕ 3 БЕСПЛАТНЫЙ ТЕСТОВЫЙ НАБОР R ЗНАЧЕНИЕ КОЛИЧЕСТВО: 2339
 
Статистика данных Massage снова выигрывает с полной разницей в 1% в R-free, но данные Truncate также намного ниже, чем данные, полученные из Imean.Потому что я не думаю, что с | F | происходит что-то экзотическое. значений, я связываю это исключительно с разницей в количестве отражений, которые мы уточнение против. Обратите внимание на количество наборов без R. Это ЖЕ набор R-свободных (индексы Миллера) в каждом из случаев. Единственная разница — это значения F, которые в любом случае очень похожи, и мы сопоставили | F | устанавливает в соответствующие файлы PDB. Imean результаты для данных надмножества и подмножества должны быть одинаковыми, поскольку разница в наборах данных было только явное сокращение Imean> 0, которое имитирует критерии отклонения внутри феникс.уточнять. Внешний разрез через SFTOOLS имитирует внутренний разрез что phenix.refine применяется к данным.

Выводы? Легко — хотя и утомительно — показать, что включение самых слабых данных через Truncate улучшает качество уточнения, даже если числовые значения R-free и R-work оказываются выше при использовании данных Truncate.

Программный пакет CCP4: mlphare

Программный пакет CCP4: mlphare

НАЗВАНИЕ

мл фазы — уточнение тяжелого атома максимального правдоподобия и расчет фазы

ОБЗОР

mlphare hklin foo.mtz hklout foo_out.mtz newparm foo_out.com [ xyzout foo.brk ]
[ввод по ключевому слову]

ОПИСАНИЕ

Эта программа уточнит параметры тяжелых атомов и оценки ошибок, затем используйте эти уточненные параметры для получения информации о фазе. Максимум количество тяжелых атомов, которые могут быть очищены, составляет 130 по максимуму 20 производным. Программа изначально написана для МИР, но также может использоваться для фазирования. из данных MAD, где разные длины волн интерпретируются как разные «деривативы».

Осторожно: эта программа принципиально отличается от старого PHARE, даже хотя часть кода кажется вам знакомой. Включение концепций максимального правдоподобия означает, что уточнение параметров намного больше надежный, и создание фаз и показателей качества более реалистично. См. ПРИМЕЧАНИЯ ПО ИСПОЛЬЗОВАНИЮ.

Примечание: параметры тяжелого атома также могут быть уточнены в векторном пространстве с помощью программа VECREF.

Ссылка: З. Отвиновски: Протоколы выходных дней Daresbury Study, 1991

ВВОД С КЛЮЧЕВЫМ СЛОВОМ

Ключевые слова делятся на два набора.

Набор 1: общие ключевые слова

Эти ключевые слова управляют вычислением. Обязательные ключевые слова:

        ЛАБОРАТОРИЯ 
        ЦИКЛ  или  ФАЗА 
        LABOUT  - необходимо, если вы хотите вывести файл HKLOUT.
        END  - обозначить конец ввода; если более одного
            производная, ключевое слово DERIV
            обозначает конец ввода для предыдущей производной.
 

Необязательные ключевые слова:

УГОЛ , ПРИМЕНИТЬ , CENTRIC , COORDS , ИСКЛЮЧИТЬ , ПРОПУСТИТЬ , FHOUT , HLOUT , PRINT , РАЗРЕШЕНИЕ , МАСШТАБ , СКРИПТ , ПОРОГ , НАЗВАНИЕ

Кроме того, следующие необязательные ключевые слова управляют сбором данных. функциональность:

PNAME , DNAME , ЧАСТНАЯ , USECWD , RSIZE , NOHARVEST
Набор 2: производные ключевые слова, которые ДОЛЖНЫ следовать за приведенным выше списком

Они повторяются один раз для каждой производной.

Обязательные ключевые слова:

ATOM , ATREF , DCYCLE , ПРОИЗВОДНАЯ

Необязательные ключевые слова:

ANOERROR , ИСКЛЮЧАЯ , ISOERROR , РАЗРЕШЕНИЕ , МАСШТАБ , ВОЛНА

Набор 1: общие ключевые слова

ЦИКЛ

[ …..]

устанавливает количество циклов, которые программа будет запускать (по умолчанию 10).Первые ( -1) циклы используются для уточнения параметры тяжелого атома и оценки погрешности. Фазы для ВСЕХ отражений в файле до внешнего предела разрешения рассчитываются на последнем цикле. Статистику можно собирать как для финального цикла доработки, так и для фазовый цикл.

… флаги для вычисляемых извне фазы и должны быть установлены только в том случае, если вы хотите их использовать. В общем доработка процедура определяет вероятное взвешивание всех возможных белковых фаз выборка по фазовому кругу и использует эту информацию для поэтапного уточнение.Любой конкретный вклад в производные финансовые инструменты будет контролироваться параметры в строке ввода DCYCLE.

Если вы хотите ввести фазы, рассчитанные где-то еще, и использовать их для уточнения для некоторых циклов укажите здесь номера этих циклов. Например. :
CYCLE 10 2 3 5 7 9
будет означать, что будет выполнено 10 циклов, 9 — для уточнения и заключительного фазирования. цикл, и что внешние фазы будут использоваться во время уточнения циклов 2, 3, 5, 7 и 9. Если эти флаги установлены, вы должны назначить столбец для PHIC, и либо для WC, либо для FC.См. ПРИМЕЧАНИЯ К PHIC для получения подробной информации о том, как они использовал. Вклад может быть добавлен к фазовому правдоподобию, вычисленному из производные, чтобы отдать предпочтение внешней фазе, или ее можно использовать отдельно.

ФАЗА

Это ключевое слово сигнализирует, что вы хотите рассчитывать ТОЛЬКО фазы, а не делать какие-то доработки. Это эквивалент ЦИКЛА 1. Фазы для ВСЕХ отражений. в файле до предела внешнего разрешения.

LABIN

<метка программы> = <метка файла> …..

Связывает метки столбцов, ожидаемые программой, с метками столбцов. во входном файле.Могут быть назначены следующие <метки программы>:

        FP SIGFP
        FPh2 SIGFPh2 DPh2 SIGDPh2
        ФПх3 СИГФПх3 ДФх3 СИГДПх3
        FPh4 SIGFPh4 DPh4 SIGDPh4
        ФПх5 СИГФПх5 ДПх5 СИГДПх5
        FPH5 SIGFPH5 DPH5 SIGDPH5
        .
        .
        .
        ФПх30 СИГФПх30 ДФх30 СИГДПх30
        FC PHIC WC
        F0 F1 F2 F3 ..F19
 

Где:

H, K, L
FP
Родной F
SIGFP
сигма (FP)

Тогда для каждой производной (i = производное число)

FPHi
Производная F
SIGFPHi
сигма (FPHi)
[DPHi]
Аномальная разница (если используются аномальные данные)
[SIGDPHi]
сигма (DELi)

Для фаз с внешним расчетом

PHIC
Фазы для уточнения.Это необходимо, только если установлены флаги. См. Ключевое слово CYCLE.
[WC]
Вес для этих фаз. По умолчанию 1.0.
[FC]
Значение Fcalc. Используется для оценки веса симулятора для рассчитанных фаз.

F0 F1 .. Назначения для выбранных дополнительных столбцов, которые будут скопированы в выходной файл. NB F0, F1 и т. Д. Не следует назначать, если LABOUT ALLIN также используется.

Назначения необходимы для FP, SIGFP и хотя бы одной производной (ФПх2, СИГФФ2).Количество производных выводится из назначений FPHi.

Если вы хотите скопировать все столбцы из входного файла в выходной файл, укажите ALLIN в строке LABOUT. Если вы хотите скопировать выбранные столбцы из ввода в выходной файл, вы можете назначить до 19 столбцов, используя F0 F1 … F19

ЛАБОРАТОРИЯ [АЛЛИН | [

<метка программы> = <файл label> …]]

Связывает метки столбцов в выходном файле с метками, используемыми программа.

При указании ALLIN все входные столбцы копируются в выходные. NB , если АЛЛИН указано, то LABIN F0 = … F1 = … etc должен не использоваться.

Могут быть назначены следующие дополнительные метки.

 ФИБ ФОМ
        HLA HLB HLC HLD
        Fh2 PHIh2 FHA1 PHIHA1
        Fh3 PHIh3 FHA2 PHIHA2
        .....
        Fh30 PHIh30 FHA20 PHIHA20
 

где

PHIB
Фаза максимального правдоподобия
ФОМ
добротность
HLA, HLB, HLC, HLD
Коэффициенты Хендриксона-Латтмана выводятся, если HLOUT запрашивает
FHi PHIHi FHAi PHIHAi
дают реальные и мнимые структурные факторы тяжелого атома.Вывод, если FHOUT запрашивается для этой производной (FPHi SIGFPHi [DPHi SIGDPHi ] также будет скопирован в выходной файл). Эта информация нужна, если вы хотите сделать двойную разность Фурье, чтобы найти более тяжелые атомные узлы. См. Документацию по БПФ.
FP SIGFP PHIB и FOM
Всегда выводятся
.

Следующие данные копируются из входного файла, если они были назначены.

 FC PHIC WC
        F0 F1 F2 F3..F11
 

Если указан параметр LABOUT, программа выводит файл, назначенный HKLOUT. содержащий как минимум H K L FP SIGFP PHIB FOM и другие дополнительные столбцы НА ВСЕ ОТРАЖЕНИЯ к внешнему разрешению обрезал. ЕСЛИ ЛАБОРАТОРИЯ НЕ указана у вас нет выходного файла.

Для определенных задач удобно назначать FP и FPHi одному и тому же столбец.

Необязательные ключевые слова:

УГОЛ

<угол>

— интервал углов в градусах для расчета кривая фазовой вероятности (по умолчанию 10).

N.B. : Скорость программы пропорциональна 360 / . ZO рекомендует = 20, кроме случаев, когда производная имеет высокую фазовую мощность, тогда = 10. EJD всегда использует = 10 — время не так ценно …

ПРИМЕНИТЬ

Применяются окончательная общая шкала и значения B для каждой производной в FPHi, SIGFPHi, DPHi, SIGDPHi до того, как они будут записаны в HKLOUT. В по умолчанию просто выводятся введенные столбцы.

CENTRIC

Это ограничивает программу использованием только центральных отражений для уточнения.Это разумно, если у вас достаточно центральных данных. В общем есть гораздо больше наблюдений, чем параметры тяжелого атома, требующие уточнения, и координаты и относительная реальная занятость часто могут быть точно уточнены только на основе центральных данных. Однако вам придется использовать ацентрические данные для уточнения аномальная занятость. В этом случае целесообразно уточнить координаты и реальные занятости по сравнению с центрическими данными в первую очередь, и включают в себя ацентрические данные во втором прогоне.

ПРОПУСТИТЬ

Программа использует только каждое отражение «Icycle + nskip-th» для уточнения.Это экономит много времени. Набор отражений меняется с каждым циклом. Финал Цикл фазирования использует все отражения.

ИСКЛЮЧИТЬ [SIGFP

]

Если за SIGFP следует число , отражения исключаются если FP

FHOUT [DERIV]

… укажите производные числа, для которых вы хотите Вывод FHi PHIHi [FHAi PHIHAi] готов для карт двойной разности.

HLOUT

Вызывает вывод коэффициентов Хендриксона-Латтмана.
Метки по умолчанию HLA HLB HLC HLD

ПЕЧАТЬ [СТАТИСТИКА] [AVF] [AVE] …. [NOSTATS] [MON

] [COR]

Дополнительные ключевые слова управляют типом вывода. По умолчанию выводится статистика только для последнего цикла. Статистика уточнения включает только отражения, используемые для прохода УТОЧНЕНИЯ для этой производной. Окончательная статистика будет включать информацию обо всех отражениях. Если вы выполняете только фазирование, например, после смены руки, статистика не выводится.

Возможные ключевые слова:

СТАТИСТИКА
статистических выходных данных и xloggraphs для последнего цикла уточнения и заключительного цикла фазирования.
НОСТАТЫ
нет статистики.
MON
Установите это, если вы хотите отслеживать каждое -ое отражение. По умолчанию — каждое 10-е отражение.
COR
Выходная корреляционная матрица (по умолчанию: нет)

Ключевые слова для управления типом статистического анализа.

     «СТАРЫЙ ВЕС (W1)» определяется как:
     W1 = (Phase Prob всех фаз) / (SIG (Fph) ** 2 + VCALC + IsoError ** 2 (resn))
 где VCALC = SIGFP ** 2 * ((FPSQ + FPA * FHA + FPB * FHB) / (FP * FPH)) ** 2
     FPA = FP * COS (PhiX) FHA = FH * COS (PhiH)
     FPB = FP * SIN (PhiX) FHB = FH * SIN (PhiH)

     «НОВЫЙ ВЕС (W2)» определяется как:
     W1 = Phase Prob / (SIG (Fph) ** 2 + SIG (Fp) ** 2)

 
AVF
дает невзвешенное среднее значение FP FPH FH
AVE
дает невзвешенные средние условия отсутствия замкнутости.
RMSF
дает невзвешенное среднеквадратичное значение FP FPH FH
RMSE
дает невзвешенные среднеквадратичные условия отсутствия защиты.
W1AVE
дает средневзвешенное значение FP FPH FH, суммированное по фазовому кругу
W2AVE
дает средневзвешенное значение Lack_of_closures, суммированное по фазовому кругу
W1RMSE
дает взвешенное среднеквадратичное значение FP FPH FH, суммированное по фазовой окружности
W2RMSE
дает взвешенное среднеквадратичное значение Lack_of_closures, суммированное по фазовому кругу

Есть некоторые споры о том, какой тип статистики наиболее полезен.EJD использует AVE и AVF. Важно использовать только ОДИН вариант, иначе вы завалены информацией и придерживайтесь этого варианта. Оценивать вносят ли новые сайты вклад в EJD, ищет ли Cullis R-факторы по мере добавления новых сайтов. См. ПРИМЕЧАНИЯ ПО ИСПОЛЬЗОВАНИЮ для получения подсказок по использованию эта информация.

РАЗРЕШЕНИЕ [

]

Общий диапазон разрешения для всех уточнений и фазирования в Ангстремах (или как 4sin (theta) ** 2 / lambda ** 2 limit, если оба они <1.0). Если бы только один дан предел, это верхний предел; в противном случае пределы могут быть в любом порядок. По умолчанию используется разрешение из файла MTZ. Данные для деривативы могут быть ограничены дополнительным ключевым словом RESOLUTION после ПРОИЗВОДНЫЕ определения.

SCALE SIGFP

<шкала>

Задает коэффициент масштабирования, на который умножается SIGFP. По умолчанию <масштаб> = 1.

ПОРОГ

Эти параметры позволяют изменять большие сдвиги любого параметра.Если какой-либо параметр_параметра превышает * SD_parameter_shift, то сдвиг подавляется . По умолчанию = 1, не задано.

TITLE

</h4> <p> Указанный заголовок записывается в файл HKLOUT. По умолчанию заголовок из файла МТЗ. </p> <h4><span class="ez-toc-section" id="i-41"> СКРИПТ </span></h4> <p> Это создаст сценарий unix. Затем можно запустить Опять MLPHARE, но с уточненными параметрами тяжелого атома в ATOM, ISOERROR и карты ANOERROR. Остальные карты ввода будут такими же, как в оригинале. сценарий.Однако карты ATREF позволят уточнить все параметры. в каждом цикле. Выходной файл сценария назначается NEWPARM. </p> <h4><span class="ez-toc-section" id="i-42"> КОДЫ </span></h4> <p> Это заставит программу выводить уточненные координаты тяжелого атомы во внешний файл с логическим именем XYZOUT в псевдо-PDB формат, подходящий для ввода в программу просмотра <em>, например </em> РАСМОЛ. </p> <p> Файл содержит карты CRYST1 и SCALE, а также следующие данные для каждой сайт отображается в записи ATOM (слева направо): </p> <table border="0"> <tr> <th align="left"> Позиция в файле псевдо-PDB </th> <th align="left"> Кол-во </th> </tr> <tr> <td> 7-12 (серийный номер Atom) </td> <td> Позиция сайта в списке </td> </tr> <tr> <td valign="top"> 13-14 (Химический символ) </td> <td> Химический символ тяжелого атома (предоставляется по ключевому слову ATOM) </td> </tr> <tr> <td> 23-26 (остаточный номер) </td> <td> Производный номер </td> </tr> <tr> <td> 31-54 (ортогональные координаты ангстрема) </td> <td> Уточненные ортогональные координаты X, Y, Z участка </td> </tr> <tr> <td> 55-60 (занятость) </td> <td> Доработанная заполняемость сайта </td> </tr> <tr> <td> 61-66 (iso b-фактор) </td> <td> Очищенный изотропный B-фактор </td> </tr> </table> <h5><span class="ez-toc-section" id="i-43"> Ключевые слова сбора данных </span></h5> <p> При условии, что указаны имя проекта и имя набора данных (либо явно или из файла MTZ) и предоставил NOHARVEST ключевое слово не задано, программа автоматически произведет сбор данных файл.Этот файл будет записан на </p> <p> $ HARVESTHOME / DepositFiles / <i> <название проекта> </i> / <i> <имя набора данных> .mlphare </i> </p> <p> Переменная среды $ HARVESTHOME по умолчанию устанавливается пользователем. домашний каталог, но может быть изменен, например, на групповой проект каталог. При запуске программы через интерфейс CCP4 переменная $ HARVESTHOME по умолчанию соответствует каталогу PROJECT. </p> <h4><span class="ez-toc-section" id="PNAME"> PNAME </span></h4><имя_проекта> </h4> <p> Название проекта. В большинстве случаев это будет унаследовано от файла MTZ.</p> <h4><span class="ez-toc-section" id="DNAME"> DNAME </span></h4><имя_набора данных> </h4> <p> Имя набора данных. В большинстве случаев это будет унаследовано от файла MTZ. </p> <h4><span class="ez-toc-section" id="i-44"> ЧАСТНАЯ </span></h4> <p> Установите права доступа к каталогу на ‘700’, <em>, т.е. </em> чтение / запись / выполнение для только пользователь (по умолчанию «755»). </p> <h4><span class="ez-toc-section" id="USECWD"> USECWD </span></h4> <p> Записать файл депозита в текущий каталог, а не в подкаталог $ HARVESTHOME. Это может использоваться для отправки депозитных файлов из спекулятивных прогонов в локальный каталог вместо официального каталога проекта, или можно использовать когда программа запускается на машине без доступа к каталогу $ УРОЖАЙ.</p> <h4><span class="ez-toc-section" id="RSIZE"> RSIZE </span></h4><длина_строчки> </h4> <p> Максимальная ширина строки в файле депозита (по умолчанию 80). <row_length> должен быть от 80 до 132 символов. </p> <h4><span class="ez-toc-section" id="NOHARVEST"> NOHARVEST </span></h4> <p> Не выписывать депозитный файл; по умолчанию это делается при условии, что Project и имена наборов данных доступны. </p> <h4><span class="ez-toc-section" id="_2-2"> Набор 2: производные ключевые слова </span></h4> <b> Следующие карты повторяются один раз для каждой производной </b> <h4><span class="ez-toc-section" id="DERIV"> DERIV </span></h4><название> </h4> <p> <title> используется для обозначения вывода.Будьте информативны! (Принудительный для каждой производной, присвоенной в строке LABIN.) </p> <h4><span class="ez-toc-section" id="_i1_i2_REFCYCLE_j1_j2_KBOVERALL_1_2"> ЦИКЛ [ФАЗА] i1 i2 [REFCYCLE] j1 j2 [KBOVERALL] к1 к2 </span></h4> <p> Дополнительные ключевые слова PHASE, REFCYCLE, KBOVERALL контролируют использование этого производная. По умолчанию НЕ используется производная для PHASE, REFC и KBOV. </p> <pre> ФАЗА [ВСЕ] или i1 i2 ... REFCYCLE [ВСЕ] или j1 j2 ... KBOVERALL [ALL] или k1 k2 ... </pre> <p> Затем производная используется для: <br/> фазирования по циклам i1 i2 … уточнения по циклам j1 j2… <br/> Общая шкала и B уточняются на циклах k1 k2 … <br/> (Слово ALL означает действие на всех циклах …) </p> <h4><span class="ez-toc-section" id="_SIGFPH"> ИСКЛЮЧИТЬ [SIGFPH </span></h4> <siglim>] [DISO <isolim>] [ДАНО <анолим1 анолим2>] </h4> <dl> <dt> SIGFPHi <siglim> </dt> <dd> Отражения исключены, если FPHi <siglim * SIGFPHi. По умолчанию <siglim> = 0. </dd> <dt> DISO <isolim> </dt> <dd> Отражения исключаются, если abs (FPHi-FP)> <isolim>. В по умолчанию <isolim> не задан и не используется.</dd> <dt> ДАНО <anolim1> [<anolim2>] </dt> <dd> Отражения исключаются, если abs (FPHi (+) -FPHi (-))> <anolim1>. По умолчанию не задано. Отражения также можно исключить, если abs (FPHi (+) -FPHi (-)) <<anolim2>. EJD считает, что использовать это очень неразумно. </dd> </dl> <h4><span class="ez-toc-section" id="_FPHi"> МАСШТАБ FPHi </span></h4><шкала> <b> </h4> <p> (i = 1,2 …), за которым следуют <scale> и <b> для применения к FPHi и SIGFPHi как exp (- <b> * ss) / <scale>. По умолчанию <scale> = 1, <b> = 0, которого должно быть достаточно, если данные прошли FHSCAL или SCALEIT.<br/> <scale> и <b> могут быть впоследствии уточнены программой, см. ключевое слово DCYCLE. </p> <h4><span class="ez-toc-section" id="SCALE_SIGFPHi"> SCALE SIGFPHi </span></h4><scale2> </h4> <p> <scale2> используется для дальнейшего масштабирования SIGFPHi. Окончательный SIGFPHi = <scale2> * exp (- <b> * ss) / <scale> <br/> По умолчанию <scale2> = 1. </p> <h4><span class="ez-toc-section" id="i-45"> РАЗРЕШЕНИЕ [</span></h4><rmin>] <rmax> </h4> <p> Укажите пределы разрешения для использования для этой производной (как указано выше для общее разрешение). </p> <h4><span class="ez-toc-section" id="i-46"> РАЗРЕШЕНИЕ АНО </span></h4><rmin> <rmax> </h4> <p> Диапазон разрешения для использования аномальных данных для этой производной (по умолчанию ограничениям для изоморфных данных).</p> <h4><span class="ez-toc-section" id="ISOERROR"> ISOERROR </span></h4><ierr1> <ierr2> … <ierr8> </h4> <p> Восемь чисел, дающих оценку изоморфной ошибки отсутствия замыкания как функция разрешения. Для начальных уточнений не приводите их, и позвольте программе оценить их. Если выполняется последний этап фазирования, взять значения, выводимые в конце цикла уточнения. </p> <h4><span class="ez-toc-section" id="ANOERROR"> ANOERROR </span></h4><aerr1> <aerr2> … <aerr8> </h4> <p> Восемь чисел, дающих оценку аномальной ошибки отсутствия закрытия как функция разрешения.Для первоначальной доработки разрешите программе оцените их. Для последнего прохода фазировки возьмите значения, выводимые на конец цикла уточнения. </p> <h4><span class="ez-toc-section" id="ATOM"> ATOM </span></h4> <ID> <Xfrac> <Yfrac> <Zfrac> <occ> [<aocc>] BFAC <b1> [<b2> <b3> <b4> <b5> <b6>] </h4> <p> По одному на каждый сайт (для каждой производной должен быть указан хотя бы один сайт). </p> <dl> <dt> <ID> </dt> <dd> Идентификатор Atom, который должен соответствовать форм-фактору, указанному в назначенном файле. в ATOMSF (по умолчанию $ CLIBD / atomf.lib). Приведены стандартные форм-факторы для длины волны CuKa, поэтому значения f ‘и f’ ‘могут не подходить для других длин волн. Вам нужно будет разумно интерпретировать свои занятия: утонченность настоящего и модели аномальных заселенностей f ‘и f’ ‘отлично подходят и могут быть использованы для фазирования и уточнения данных о тяжелых атомах, собранных на нескольких длинах волн. Выбор <ID> = Ano устанавливает f ‘и f’ ‘равными 1, так что все входит в реальные и аномальные заселения.Фактически, использование MLPHARE для данных с несколькими длинами волн, как правило, было обнаружено. быть лучше и проще, чем геометрический метод фазирования, предложенный Карл и Хендриксон. </dd> <dt> <Xfrac> <Yfrac> <Zfrac> </dt> Координаты атомов <dd> даны в долях элементарной ячейки. </dd> <dt> <occ> </dt> <dd> атомных заселенностей. Помните, что это, вероятно, будет в произвольном масштабе. На этом этапе у вас вряд ли будут амплитуды в абсолютном масштабе. </dd> <dt> <aocc> </dt> <dd> аномальное заселение.Помните, что это, вероятно, будет произвольно масштаб тоже. См. УКАЗАНИЯ ПО ИСПОЛЬЗОВАНИЮ для толкования знака. </dd> <dt> <b1> [<b2> <b3> <b4> <b5> <b6>] </dt> <dd> Если задано только <b1>, <b1> — изотропная температура. коэффициент Если <b1> <b2> <b3> <b4> <b5> <b6> установлены, они определяют коэффициент анизотропии <b>. Температура коэффициент определяется как: <br/> exp (- (h * h * <b1> + h * k * <b2> + h * l * <b3> + k * k * <b4> + k * l * <b5> + l * l * <b6>)) <br/> Для грубого приближения для получения анизотропного B-фактора возьмите <b1> = <b4> = <b6> = <b>, <b2> = <b3> = <b5> = 0.</dd> </dl> <p> Изотропный B-фактор приблизительно равен 1/3 (<b1> + <b4> + <b6>). </p> <p> Следуя соглашениям Уиллиса и Прайора, я думаю, что </p> <pre> b1 = k * beta11, b4 = k * beta22, b6 = k * beta33 b2 = k * beta12, b3 = k * beta31, b5 = k * beta23 где их температурный коэффициент выражается как: exp (-0,25 (h ** 2 * (a *) ** 2 * beta11 + k ** 2 * (b *) ** 2 * beta22 + l ** 2 * (c *) ** 2 * beta33 + 2 * k * l * (b *) * (c *) * beta23 + 2 * l * h * (c *) * (a *) * beta31 + 2 * h * k * (a *) * (b *) * beta12)) </pre> <p> Это означает, что члены анизотропного температурного фактора Uij равны в бетаи * / (8 * пи ** 2).</p> <h4><span class="ez-toc-section" id="ATREF_X_AX"> ATREF [[X | AX] [ВСЕ | </span></h4> <k1> <k2> …]] [Y | AY … Z | AZ …] [OCC [ВСЕ | <i1> <i2> …]] [AOCC [ВСЕ | <j1> <j2> …]] [[B | AB] [ВСЕ | <l1> <l2> …]] </h4> <p> Ключевые слова X или AX, Y или AY, Z или AZ, OCC, AOCC, B или AB указывают параметр следует доработать. X Y Z означает уточнение координаты для соответствия изоморфной различия. AX AY AZ Среднее уточнение координат для соответствия аномальным различиям (можно использовать только один из X или AX). Аналогично для B и AB.Ключевое слово ALL означает уточнение параметра на всех циклах. Числа <i1> <i2> и т. Д. Означают уточнять параметры только на пронумерованных циклах. </p> <h4><span class="ez-toc-section" id="WAVE"> WAVE </span></h4><длина волны> [FPR <f '>] [FDP <f ">] </h4> <p> Ключевое слово <b> WAVE </b> определяет длину волны для этой производной. Это позволяет пользователю изменять значения по умолчанию f ‘и f «для тяжелого атома. Укажите f ‘(<b> FPR </b>) и f «(<b> FDP </b>) на этой длине волны. </p> <pre> Пример: ВОЛНА 0.9000 FPR -1,622 FDP 3,285 ВОЛНА 0,9795 FPR -8,198 FDP 2,058 ВОЛНА 0,9809 FPR -6,203 FDP 3,663 </pre> <h4><span class="ez-toc-section" id="i-47"> КОНЕЦ </span></h4> <p> Каждый ПРОИЗВОДНЫЙ набор заканчивается другой ПРОИЗВОДНОЙ картой или КОНЕЦ. </p> <h3><span class="ez-toc-section" id="i-48"> ФАЙЛЫ ВВОДА И ВЫВОДА </span></h3> <p> Входные файлы: </p> <ol type="a"> <li> Файл контрольных данных </li> <li> Входной файл данных отражения в стандартном формате MTZ. </li> </ol> <p> Выходные файлы: </p> <ol type="a"> <li> Файл журнала, содержащий полное описание расчета. плюс несколько чрезвычайно полезных таблиц XLOGGRAPH (см. документацию xloggraph инструкции о том, как их отображать).Последние строки имеют формат для обновления файла управляющих данных; содержащие рафинированную окалину тяжелых атомов факторы, рассчитанные на отсутствие ошибок закрытия и параметры. Вы можете редактировать их обратно в следующий файл управляющих данных или задайте ключевое слово SCRIPT. Брать постарайтесь сбросить флаги ATREF, чтобы делать то, что вы хотите. </li> <li> Файл данных отражения, который копирует часть или все входное отражение. файл данных со следующими дополнительными столбцами: <blockquote> <dl> <dt> PHIB </dt> <dd> Фаза </dd> <dt> ФОМ </dt> <dd> Добротность </dd> <dt> [HLA, HLB, HLC, HLD] </dt> <dd> Коэффициенты Хендриксона-Латтмана, если требуются </dd> <dt> [FHi PHIHi [FHAi PHIHAi]] </dt> <dd> Два или четыре элемента на производный инструмент, если запрос FHOUT.</dd> </dl> </blockquote> </li> <li> Сценарий / COM-файл, который может снова запустить mlphare, но содержит уточненный параметры тяжелых атомов, указанные в а). </li> </ol> <h3><span class="ez-toc-section" id="i-49"> ПРИМЕЧАНИЯ ПО ИСПОЛЬЗОВАНИЮ — Элеонора Додсон </span></h3> <p> Определения сокращений: </p> <dl> <dt> МИР </dt> <dd> Множественное изоморфное замещение — получение белковых фаз из наблюдаемые различия между FP и несколькими FPHi и векторами FHi рассчитывается из различных наборов положений тяжелых атомов. </dd> <dt> МИРАС </dt> <dd> Множественное изоморфное замещение — получение белковых фаз из наблюдаемые различия между FP и FPHi (+) и FPHi (-) + FHi </dd> <dt> SIR </dt> <dd> Single Isomorphous Replacement — образование белковых фаз из наблюдаемые различия между FP и одним FPH + FHi </dd> <dt> СИРАС </dt> <dd> Single Isomorphous Replacement — образование белковых фаз из наблюдаемые различия между FP и одним FPH (+) и FPH (-) и FHi </dd> <dt> MAD </dt> <dd> Многоволновая дисперсия — генерирование белковых фаз из наблюдаемых различия между несколькими наборами FPH (+) и FPH (-), измеренными при разных длины волн, где f ‘и f рассеивателя тяжелого атома различны, и векторы FH, рассчитанные из этих положений тяжелых атомов.</dd> </dl> <p> См. ПРИМЕРЫ для подробных комментариев по анализу тяжелых атомов. </p> <p> Эта программа очищает тяжелые атомы без значительного отклонения и оценивает показатель заслуг реально. ЭТО ОЗНАЧАЕТ, ЧТО ВЫХОД БУДЕТ ИСПОЛЬЗОВАТЬСЯ. НАМНОГО ЛУЧШЕ ПОСЛЕ РАЗЛАВЛЕНИЯ РАСТВОРИТЕЛЯ ИЛИ ИЗМЕНЕНИЯ ПЛОТНОСТИ, ЧЕМ ДО. Mlphare обычно НЕ используется для генерации фаз для интерпретации карты. — это дает вам НАЧАЛЬНУЮ СТАРТОВУЮ точку для ‘dm’ или какой-либо другой фазы процедура улучшения. Таким образом, надежность Достоинства самая важная информация, которую он дает.</p> <p> Целесообразно сначала уточнить заселенности тяжелых атомов по сравнению с центрическими атомами. данные, если они есть. Это дает очень похожие ответы на 3D-данные в доля времени. Возможна фазировка по некоторым производным и уточнение другие. По моему опыту, это дает ответы, очень близкие к процедуре по умолчанию. включения всех параметров как для фазирования, так и для уточнения. </p> <p> Разумно исключить любые подозрительные данные из уточнения тяжелого атома. Использование сигма-отсечки и значений для DISO и DANO, выбранных с помощью SCALEIT выход уменьшил стандартное отклонение параметров.Фазы рассчитываются для всех отражений до предела внешнего разрешения на последнем цикле. В вариант ввода внешних фаз вроде работает. Но я не уверен в теоретическая правильность этого. Максимальной вероятности быть не может продолжается. См. Примечания к PHIC — я думаю, что относительный вес PHIC вклад наверное не очень разумный. Но это действительно не обязательно — в стандартных расчетах так мало доказательств предвзятости, что я бы никогда не рекомендую использовать его здесь. (Конечно, полученные извне фазы могут быть очень полезным в разнице Фурье, чтобы помочь вам найти сайты в первую очередь…) </p> <p> Для оптимального фазирования вам необходимо найти все значимые сайты в производная. После того, как вы нашли и уточнили первую группу сайтов, вы можно использовать разницу Фурье с этими фазами SIR, чтобы найти другие сайты. Однако эти карты обычно показывают сбивающие с толку ореолы поблизости. существующих сайтов. В качестве альтернативы вы можете использовать процедуру, описанную ниже. использует перекрестную разность Фурье для поиска сайтов в других производных. Если у вас есть несколько независимых производных, одна хорошая процедура — уточнить узлы тяжелых атомов первого, используйте фазы SIR от этого до делаем разницу Фурье для второго; проверьте, что сайты найдены во втором карты производных разностей соответствуют пикам Паттерсона.Повторить процедуру с фазами SIR от второй производной и подтвердите, что эти карты показывают сайты в первой производной и так далее. ОДНАКО многое может пойти неправильный! Наиболее хлопотно попытаться решить, являются ли производные есть общие сайты. Фазы SIR обычно создают фантомные пики и дыры. по соседству с первым сайтом, что может сбивать с толку. А также очень часто узлы тяжелых атомов располагаются в точках симметрии, поэтому фазы SIR по существу центрические, и карты, фазированные с ними, содержат пики на обоих xyz И -x, -y, -z… </p> <p> Преимущество этого подхода Фурье с перекрестными разностями заключается в том, что сайты для второй производной будут определяться относительно того же происхождения как первый. Один только Паттерсонс в P212121 может дать решения либо (x, y, z) + (n1 / 2, n2 / 2, n3 / 2) или (-x, -y, -z) + (n1 / 2, n2 / 2, n3 / 2), где n1, n2 , n3 может быть либо 0, либо 1; <em>, то есть </em>, есть 16 возможностей для рассмотрения. Это не имеет значения для первого сайта, который вы выберете, но для всех остальных в этом производная и все остальные должны следовать тому же соглашению.</p> <p> Предполагая, что теперь у вас есть две производные, согласованные друг с другом, вы может уточнять аномальные заселенности обоих, начиная с AOCC = 0.00 и все они должны стать положительными, и в этом случае вы выбрали правая рука, или отрицательная, поэтому вам нужно использовать энантиоморф, если вы хочу видеть правосторонние альфа-спирали. Обратите внимание, что FOM не сможет различать энантиоморфы. Вы можете представить себе это, оценив эта меняющаяся рука создает фазовые круги, которые отражаются через линия PHI = 0 и поэтому пересечения имеют одинаковое качество.Одна рука дает фазы PHIB и другие фазы -PHIB. </p> <p> Другой подход, которому стоит следовать в случаях, когда у вас аномальные данные (и их не должно быть там, где вы не …) следующие: <br/> Уточните единичную производную реальной заселенности тяжелого атома (используя центрическую данных, если у вас их достаточно), то приступайте к уточнению аномальных заселенностей (используя все данные). Вам нужно будет начать все с некоторого положительного ценить; в противном случае они останутся на уровне 0,0000. Если производная и данные все в порядке, все рабочие места должны оставаться под одним знаком.Затем вам нужно пересчитать фазы с другим энантиоморфом; здесь ФОМ будет то же самое, но фазы не будут просто зеркальным отображением первого установленный. Не забывайте: изменение энантиоморфа требует изменения пространственной группы. а также для некоторых космических групп, <em> например. </em> P41 / P43; P31 / P32, P61 / P65 P62 / P64 и варианты. Есть даже ужасный кубик, в котором нужно переместить начало координат. Для этого необходимо запустить mtzutils или cad для создания нового файла mtz с другая космическая группа, определенная в заголовке.Теперь у вас есть два набора SIRAS фазы, вы выбираете между ними, глядя на карты. Разница Фурье для одного энантиоморфа СЛЕДУЕТ давать более четкие пики, чем для другого. ‘dm’ вывод для одного набора фаз должна быть более точная статистика, чем для другого. НО это различие может быть очень незначительным; если ваши аномальные занятия уточняйте в сторону 0,0 разницы конечно не будет. </p> <p> Вот некоторые конкретные примечания по использованию mlphare для уточнения и фазы от MAD данные. Это просто частный случай фазирования MIR, где теперь реальная заселенность будет пропорциональна f ‘(j) -f’ (P), а аномальная заполненность пропорциональна f (j).Назначение FP должно быть таким же как один из FPHi, и эта ПРОИЗВОДНАЯ будет иметь все реальные занятия == 0.0, и они не могут быть уточнены. Проблема энантиоморфа сейчас особенно остро стоит. серьезный; поскольку все векторы FH параллельны друг другу, возможно для отражения диаграммы фазового круга как относительно AlphaH (эквивалентно изменению координаты с другой стороны) И о направлении AlphaH +90 (эквивалент чтобы поменять знак f ‘(j) -f’ (P).) и в каждом случае получить точно такие же Знаки Заслуги.Поскольку длина волны для каждых данных известно, что можно получить правильные признаки реальной заселенности. Будь осторожен!! Возможно, лучше всего иметь в качестве «родного» собранный набор данных. на самой низкой длине волны f ‘, так что все реальные заселенности должны быть положительными, но если этот набор данных неполный, может быть веская причина выбрать Другая. </p> <p> Краткое изложение нашей процедуры: </p> <pre> Найдите аномальные рассеиватели (Паттерсон? Shelx90 ?? Однако ..) Уточните реальную занятость и XYZ, используя опцию CENTRIC для MLPHARE делает каждую пару длин волн независимо.Это очень быстро - кажется более точным, чем использование всех данных, и дает независимые оценки того, насколько хорошо вы оценки есть. (отношения f '(j) -f' (P) должны быть постоянными для всех сайтов - хотя они НЕ будут в абсолютном масштабе ..) Затем мы берем эти реальные данные о занятости, таблицы ISOE и удерживайте их фиксированными при уточнении аномальной занятости (вы не забудьте использовать ATREF AX ALL AY ALL AZ ALL и т. д., если вы хотите уточнить любой другой параметр, чтобы убедиться, что используются аномальные отличия) Как я уже сказал, подтолкните оккупацию к положительному знаку немного.Очевидно, это плохо, если вы получите положительный и какой-то отрицательный, и снова соотношение разных заполняемость должна отражать ожидаемые значения f '' (я боюсь, они нам никогда не попадутся - мы не можем быть такими хорошими при нахождении в точке перегиба ..) Это уточнение со всеми данными даст сайтам и ANOE, и их можно вырезать и вставить в тест, где знак x y z перевернут. ЗАТЕМ мы делаем две вещи: <b> смотрим на карты </b> - одна карта должна иметь граница растворителя более четкая, чем у других, и <b> запустить DM </b> - и одна рука должна давать немного лучшую статистику, чем другой.Это работает - при условии, что данные достаточно хороши, аномальный рассеиватель расположен правильно, и никто другой катастрофы, которые могут произойти! </pre> <p> Обычным является: Запуск уточнения X Y Z с нулевым значением ВСЕХ заполнений. Это означает, что для x y z нет разумных градиентов, и они могут скользить о. </p> <h3><span class="ez-toc-section" id="i-50"> ЗАМЕТКИ НА ФИКС. </span></h3> <p> Чтобы объединить информацию о внешних фазах с информацией о фазах MIR, вычисляется дополнительный расчетный вклад фазовой вероятности.</p> <pre> PROB (PHASEi) = PROB (PHASEi) + exp (- ((FPAi-WC * FCA) ** 2 + (FPBi-WC * FCB) ** 2)) / ((FC * (1-WC)) ** 2 + сигма (fnat) ** 2) FPAi = FP * cos (PHASEi) FPBi = FP * sin (ФАЗАi) FCA = FC * cos (PHIC) FCB = FC * sin (PHIC) если FC не вводится, то FC равно FP если WC не введен, WC = 1. </pre> <p> См. Примеры. </p> <h3><span class="ez-toc-section" id="i-51"> УКАЗАНИЯ О ЗАНЯТИЯХ </span></h3> <p> Заполнения, используемые программами очистки тяжелых атомов, одинаковы. масштабируется как FP, поэтому, если вы не поместили свои данные в абсолютную шкалу (и вы не можете без использования данных высокого разрешения) быть абсолютным.<em> Например. </em>, если ваши FP в 10 раз абсолютны, ваша занятость должен быть в диапазоне от 0 до 10. Поскольку все ваши производные должны быть в той же шкале, что и FP, использование относительной занятости не повлияет на приводит в любом случае (кроме, конечно, очевидного нефизического смысла заселенностей> 1!). </p> <h3><span class="ez-toc-section" id="i-52"> ВЫХОД ДЛЯ ПРИНТЕРА </span></h3> <p> Вывод на принтер начинается с деталей из файла управляющих данных, за которыми следует по деталям входного файла данных отражения и информации заголовка записывается в выходной файл данных отражения.</p> <p> После каждого цикла текущие оценки погрешности и добротность сведены в таблицу по диапазону разрешения. Новые параметры и их стандарт перечислены отклонения. <em> N.B. </em>: Если занятость становится близкой к 0,0, координата сдвиги, возможно, будут бессмысленными. </p> <p> Тогда для последнего цикла уточнения следующие разделы: вывод, дающий обширный статистический анализ результатов уточнения. Это повторяется для последнего цикла фазирования, который может включать в себя больше размышления.</p> <p> Для каждого соединения выводятся следующие разделы: </p> <ol type="i"> <li> Подробная информация о параметрах для каждого участка тяжелого атома соединения, детали корреляционной матрицы, если требуется. Определитель нормальная матрица. </li> <li> Параметр уточнения для изоморфных и аномальных разностей. При схождении они должны быть ~ 1.0 </li> <li> Анализ различий между тяжелой атомной и белковой фазами: <ol type="a"> <li> как функция добросовестности </li> <li> как функция разрешения </li> </ol> </li> </ol> <p> Примечание: </p> <ol type="i"> <li> Средняя разница должна составлять ~ 90.Если это не так, шкала между FP и FPH, вероятно, ошибочны. </li> <li> Стандартное отклонение распределения должно быть 51,96 для ацентрического отражений, и 90 для центральных отражений, если белковые фазы основаны на несколько независимых производных. В таблице приведены: <pre> <FOM> диапазон или [<4SSQ / LL> диапазон Разрешение (Ангстрем)] Количество отражений (ацентрики) Средняя разница фаз (ацентрики) Стандартное отклонение разности фаз (ацентрики) Количество отражений (центриков) Средняя разница фаз (центрические) Стандартное отклонение разности фаз (центриков) </pre> </li> <li> Анализ среднего или среднеквадратичного значения FPH и FH как функции разрешения.Для ацентрических отражений компоненты FH, полученные из fh-fh ‘и из fh » указаны отдельно. Значения можно взвешивать — см. Ключевое слово ПЕЧАТЬ для подробностей. <br/> В таблице приведены: <pre> <4SSQ / LL> диапазон Разрешение (Ангстрем) Количество отражений (ацентрики) Среднее или среднеквадратичное значение FP (ацентрики) Среднее или среднеквадратичное значение FPH (ацентрические) Рассчитанное среднее или среднеквадратичное значение FH_real (ацентрические) Среднее или вычисленное среднеквадратичное значение FH_imag (ацентрики) Количество отражений (центриков) Среднее или среднеквадратичное значение FP (центрические) Среднее или среднеквадратичное значение FPH (центрические) Среднее или вычисленное среднеквадратичное значение FH_real (центрические данные) </pre> </li> <li> Анализ среднего или среднеквадратичного изоморфного отсутствия замыкания как функции разрешения.Значения могут быть взвешены — подробности см. В ключевом слове PRINT. <br/> Изоморфная разность | FPHi -FP |. <br/> Отсутствие закрытия: | FPHi — | FP + FH || где | FP + FH | является векторной суммой рассчитаны FH, фаза PHIH и FP с белковой фазой. Для невзвешенных средние или среднеквадратичные значения белковой фазы получены с помощью MLPHARE. <br/> Для взвешенных таблиц каждое значение PHIx вокруг фазового круга равно прилагается с соответствующим весом. Поскольку веса для большинства значений PHIx составляет ~ 0,0, эти таблицы должны давать результаты, аналогичные невзвешенным единицы.<br/> Мощность фазирования <FH / Lack_of_closure>. <br/> Коэффициент R Каллиса равен <Отсутствие_замыкания> / <Изоморфное различие>. <em> N.B. </em>: Это таблица для ацентрических и центрических терминов, расширяя прежние определение. <br/> Это наиболее полезный сигнал для используемой производной. Значения <0,6 для центрические данные превосходны; можно использовать значения <0,9. Если новый сайт не уменьшать коэффициент Cullis R, вероятно, это неправильно. <br/> В таблице приведены: <pre> <4SSQ / LL> диапазон Разрешение (Ангстрем) Количество отражений (ацентрики) Средняя или среднеквадратичная изоморфная разница (ацентрики) Среднее или среднеквадратичное значение отсутствия закрытия (ацентрики) Фазирующая мощность (ацентрики) Фактор Каллиса R (ацентрики) Количество отражений (центриков) Средняя или среднеквадратичная изоморфная разница (центрические) Среднее или среднеквадратичное значение отсутствия закрытия (центральные показатели) Мощность фазирования (центрические) Фактор Cullis R (центрики) </pre> </li> <li> Анализ среднего или среднеквадратичного аномального отсутствия закрытия как функции разрешения.Значения могут быть взвешены — подробности см. В ключевом слове PRINT. <br/> Аномальная разница составляет | FPHi (+) -FPHi (-) |. <br/> Расчетная аномальная разница равно 2 * FHi * sin (PHIx), где PHIx — фаза белка. <br/> Отсутствие закрытия есть | Anom.Diff — Calc.Anom.Diff |. <br/> Коэффициент R Cullis равен <Lack_of_closure> / <Аномальная разница>. Это сведено в таблицу для ацентрических терминов. Любой значение <1.0 означает, что есть некоторый вклад в фазу от аномальные данные. <br/> В таблице приведены: <pre> <4SSQ / LL> диапазон Разрешение (Ангстрем) Количество отражений (ацентрики) Средняя или среднеквадратичная аномальная разница (ацентрики) Среднее или вычисленное среднеквадратичное отклонение аномальной разницы (ацентрики) Среднее или среднеквадратичное значение отсутствия закрытия (ацентрики) Фактор Куллиса R (ацентрики) </pre> </li> <li> Таблица расчетных погрешностей изоморфных и аномальных различий.Это значения для ввода с ключевыми словами ISOERROR и ANOERROR. </li> <li> Таблица качества в зависимости от разрешения. В таблице приведены: <pre> <4SSQ / LL> диапазон Разрешение (Ангстрем) Количество отражений (ацентрики) Средний показатель качества (ацентрики) Количество отражений (центриков) Средний показатель качества (центриков) </pre> </li> <li> Параметр уточнения </li> <li> Если для соединения используются аномальные данные, то аномальные приведен параметр уточнения.</li> </ol> <h3><span class="ez-toc-section" id="i-53"> ОШИБКИ ПРИ РАСЧЕТЕ ФАЗЫ </span></h3> <p> Если отсутствие замыкания очень плохое и фаза практически не определена, выводится следующее сообщение об ошибке, и программа продолжается. </p> <blockquote> Отражение HKL: 0 4 1 имеет несовместимую вероятность фазы, log Pmax = 0.13E + 05 </blockquote> <h3><span class="ez-toc-section" id="i-54"> ОШИБКИ ПРИ МАТРИЧНОМ РЕШЕНИИ </span></h3> <p> Если есть проблемы с решением матрицы для уточнения параметры тяжелого атома, то может быть напечатано следующее сообщение и программа остановится.Это часто означает, что занятость стала 0,00. Пытающийся для уточнения координат сайта в особой позиции может также дать это ошибка. </p> <blockquote> **** В ПОДПРОБНЕЕ MATSOL DET МЕНЬШЕ 10E-30 **** </blockquote> <h3><span class="ez-toc-section" id="i-55"> ПЕЩЕРА </span></h3> <p> Обратите внимание на комментарий выше об ошибках во время матричного решения при попытке уточнить координаты сайта в особой позиции. В некоторых случаях это может не вызывать ошибки само по себе, а просто давать неидеальный результат. количество людей и т. д. Убедитесь, что фиксированные параметры для особого положения НЕ дорабатываются! </p> <h3><span class="ez-toc-section" id="i-56"> СМОТРИ ТАКЖЕ </span></h3> <p> VECREF — уточнение узлов тяжелого атома в векторном пространстве </p> <h3><span class="ez-toc-section" id="i-57"> ПРИМЕРЫ </span></h3> <h4><span class="ez-toc-section" id="_1-3"> Пример 1 </span></h4> <h4><span class="ez-toc-section" id="_unix_CEXAM_unix_runnable"> Простой пример скрипта unix, найденный в $ CEXAM / unix / runnable / </span></h4> <li> млфар.экзамен (тяжелый атомная очистка и фазировка). </li> <h4><span class="ez-toc-section" id="_CEXAM_unix_runnable"> Также встречается в сочетании с другими программами в примерах сценариев ($ CEXAM / unix / runnable /) </span></h4> <li> phistats.exam (фазовый анализ) </li> <li> мир_шагов (тяжелый атомное уточнение и фазировка) </li> <table> <h2><span class="ez-toc-section" id="_cctbxmiller_CCTBX"> пакет cctbx.miller — CCTBX Нет документации </span></h2> <tr> <td> accept_set (other [, assert_is_similar_symmetry]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> all_selection () </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> ampitude_normalisations (asu_contents [,…]) </td> <td> Замененная версия set.amplitude_normalisation, которая вычисляет параметры Уилсона из данных массива, если wilson_plot имеет значение None. </td> </tr> <tr> <td>ampitude_quasi_normalisations ([d_star_power]) </td> <td> Miller.array, данные которого N (h) являются нормализацией для преобразования </td> </tr> <tr> <td> амплитуды () </td> <td> Для сложного массива вернуть массив абсолютных значений. </td> </tr> <tr> <td> analysis_intensity_statistics ([d_min, log]) </td> <td> Обнаружение трансляционной псевдосимметрии и двойникования, используя методы Xtriage.</td> </tr> <tr> <td> аномальная_полнота ([use_binning, …]) </td> <td> Возвращает процент ацентрических отражений с наблюдаемыми h, k, l и -h, -k, -l (имеет значение только для массивов амплитуды и интенсивности). </td> </tr> <tr> <td> аномальные_различия ([enforce_positive_sigmas]) </td> <td> Возвращает объект массива с DANO (т. Е. </td> </tr> <tr> <td> anomalous_flag () </td> <td> Укажите, является ли набор или массив аномальным. </td> </tr> <tr> <td> аномальный_сигнал ([use_binning]) </td> <td> Получите аномальный сигнал по этой формуле: </td> </tr> <tr> <td> apply_change_of_basis (change_of_basis [,…]) </td> <td> Инкапсулирует множество операций переиндексации, включая обработку различных угловых случаев. </td> </tr> <tr> <td> apply_debye_waller_factors ([u_iso, b_iso, …]) </td> <td> Учитывая изотропное или анизотропное смещение или B-фактор, примените масштабные коэффициенты, зависящие от разрешения, к данным (и, возможно, сигмам). </td> </tr> <tr> <td> apply_scaling ([target_max, factor]) </td> <td> Примените масштабный коэффициент к данным (и, возможно, сигмам). </td> </tr> <tr> <td> apply_shelxl_extinction_correction (x, длина волны) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> arg ([град]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> массив ([данные, сигма]) </td> <td> Создать объект массива, заданные массивы данных и / или сигма, размеры которых идентичны массиву индексов.</td> </tr> <tr> <td> as_amplitude_array ([алгоритм]) </td> <td> Преобразуйте массив в простые амплитуды, если еще не в этом формате. </td> </tr> <tr> <td> as_anomalous_array () </td> <td> Вернуть копию массива с идентичным содержимым (сохраняя исходные гибкие массивы), но с аномальным флагом, установленным в значение true. </td> </tr> <tr> <td> as_anomalous_set () </td> <td> Вернуть копию набора с теми же индексами, но с аномальным флагом, установленным в значение true. </td> </tr> <tr> <td> as_cif_block (array_type) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> as_cif_simple (array_type [, out, data_name]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> as_double () </td> <td> Создайте копию массива с данными, преобразованными в гибкий.двойной тип. </td> </tr> <tr> <td> as_intensity_array ([алгоритм]) </td> <td> Преобразуйте массив в интенсивности, если еще не в этом формате. </td> </tr> <tr> <td> as_mtz_dataset (column_root_label [, …]) </td> <td> Создайте объект iotbx.mtz.dataset для массива, который можно расширить с помощью дополнительных массивов и в конечном итоге записать в файл MTZ. </td> </tr> <tr> <td> as_non_anomalous_array () </td> <td> Вернуть копию массива с идентичным содержимым (сохраняя исходные гибкие массивы), но с аномальным флагом, установленным в значение false.</td> </tr> <tr> <td> as_non_anomalous_set () </td> <td> Вернуть копию набора с теми же индексами, но с аномальным флагом, установленным в значение false. </td> </tr> <tr> <td> as_phases_phs (out [, scale_amplitude, …]) </td> <td> Записать фазы в файл .phs. </td> </tr> <tr> <td> as_py_code ([отступ]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> as_reference_setting () </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> as_xray_observations ([scale_indices, …]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> asu_mappings (buffer_thickness [,…]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> at_first_index (ary, miller_index) </td> <td> Возвращает элемент <cite> или </cite>, соответствующий <cite> miller_index </cite>, если существует miller_index, в противном случае возвращает None. </td> </tr> <tr> <td> auto_anomalous ([min_n_bijvoet_pairs, …]) </td> <td> Устанавливает аномальный флаг автоматически в зависимости от того, содержат ли данные пары Bijvoet (необязательно с заданными минимальными порогами). </td> </tr> <tr> <td> average_b_cart (b_cart) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> average_bijvoet_mates () </td> <td> Учитывая аномальный массив, объедините аномальные пары и верните неаномальное среднее значение.</td> </tr> <tr> <td> average_u_cart (u_cart) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> best_cell ([angular_tolerance]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> bijvoet_ratios ([obs_type, Measurable_only, …]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> бункер () </td> <td> Вернуть ссылку на текущий разделитель разрешения (или None, если не определено). </td> </tr> <tr> <td> build_miller_set (anomalous_flag, d_min [, d_max]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> cc_anom (* args, ** kwds) </td> <td> Псевдоним для массива.half_dataset_anomalous_correlation () </td> </tr> <tr> <td> cc_one_half ([use_binning, n_trials, …]) </td> <td> Рассчитайте корреляцию между двумя произвольно назначенными пулами не объединенных данных («CC 1/2»). </td> </tr> <tr> <td> cell_equivalent_p1 () </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> centric_flags () </td> <td> Сгенерируйте логический массив Миллера, помечающий центральные отражения. </td> </tr> <tr> <td> change_basis (cb_op [, deg]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> change_of_basis_op_to_best_cell ([…]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> change_of_basis_op_to_inverse_hand () </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> change_of_basis_op_to_minimum_cell () </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> change_of_basis_op_to_niggli_cell ([…]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> change_of_basis_op_to_primitive_setting () </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> change_of_basis_op_to_reference_setting () </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> change_symmetry ([space_group_symbol, …]) </td> <td> Инкапсулирует все операции, необходимые для преобразования исходных данных в другую симметрию (например, </td> </tr> <tr> <td> clear_binner () </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> комбайн (прочее [, scale, scale_for_lones]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> common_set (other [, assert_is_similar_symmetry]) </td> <td> Сопоставьте индексы в текущем наборе и другом наборе и верните набор (или массив), содержащий только те отражения, которые присутствуют в обоих. </td> </tr> <tr> <td> common_sets (другие [,…]) </td> <td> Подобно common_set (other), но возвращает кортеж, содержащий совпадающие копии обоих наборов (или массивов). </td> </tr> <tr> <td> complete_array ([d_min_tolerance, d_min, …]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> complete_set ([d_min_tolerance, d_min, …]) </td> <td> Сгенерируйте полный набор индексов Миллера, ожидаемых для текущей симметрии, за исключением систематических отсутствий. </td> </tr> <tr> <td> complete_with (other [, scale, replace_phases]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> complete_with_bin_average ([Reflection_per_bin]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> полнота ([use_binning, d_min_tolerance,…]) </td> <td> Рассчитайте (дробную) полноту массива относительно теоретического полного набора, либо в целом, либо в ячейках разрешения. </td> </tr> <tr> <td> concatenate (other [, assert_is_similar_symmetry]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> конъюгат () </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> convert_to_non_anomalous_if_ratio_pairs_lone_less_than (…) </td> <td> Преобразуйте аномальный массив в неаномальный, если количество пар Bijvoet слишком мало по сравнению с количеством одиноких товарищей Bijvoet.</td> </tr> <tr> <td> копия () </td> <td> Создайте новый объект массива, используя ссылки на внутренние объекты. </td> </tr> <tr> <td> корреляция (other [, use_binning, …]) </td> <td> Вычислить коэффициент корреляции между двумя массивами (глобальными или группированными). </td> </tr> <tr> <td> count_and_fraction_in_bins (data_value_to_count) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> crystal_gridding ([разрешение_фактор, d_min, …]) </td> <td> Рассчитайте сетку в реальном пространстве для БПФ с учетом симметрии кристалла массива, d_min и желаемого расстояния, зависящего от разрешения.</td> </tr> <tr> <td> crystal_symmetry () </td> <td> Получить кристалл симметрии мельничного набора </td> </tr> <tr> <td> crystal_symmetry_is_compatible_with_symmetry_from_file ([…]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> custom_copy ([miller_set, data, sigmas, …]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> d_max_min () </td> <td> Пределы низкого и высокого разрешения. </td> </tr> <tr> <td> d_min () </td> <td> Предел высокого разрешения. </td> </tr> <tr> <td> d_min_along_a_b_c_star () </td> <td> Возвращает эффективные пределы разрешения по осям обратного пространства.</td> </tr> <tr> <td> d_spacings () </td> <td> Сгенерировать двойной массив Миллера, содержащий разрешение d каждого индекса. </td> </tr> <tr> <td> d_star_cubed () </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> d_star_sq () </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> данные () </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> data_at_first_index (miller_index) </td> <td> Возвращает значение данных первого индекса, соответствующего <cite> miller_index </cite>. </td> </tr> <tr> <td> debye_waller_factors ([u_iso, b_iso, u_cart,…]) </td> <td> Учитывая изотропное или анизотропное смещение или B-фактор, вычислите масштабные коэффициенты, зависящие от разрешения, соответствующие индексам. </td> </tr> <tr> <td> deep_copy () </td> <td> Клонируйте массив, делая копии всех внутренних объектов массива. </td> </tr> <tr> <td> delete_index (hkl) </td> <td> Удалить все отражения с указанным индексом Миллера. </td> </tr> <tr> <td> delete_indices (другое) </td> <td> Удалите множественные отражения, как указано индексами Миллера другого набора.</td> </tr> <tr> <td> detwin_data (twin_law, alpha) </td> <td> Данные Detwin с использованием известной двойной дроби, возвращающие массив с тем же исходным типом данных. </td> </tr> <tr> <td> direct_space_asu () </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> direct_sumpting_at_point (site_frac [, sigma]) </td> <td> Вычисляет точное значение карты в указанной дробной координате с использованием прямого суммирования Фурье. </td> </tr> <tr> <td> disagreeable_reflections (f_calc_sq [, …]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> discard_sigmas () </td> <td> Создайте копию массива без сигм.</td> </tr> <tr> <td> double_step_filtration ([complete_set, …]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> исключить_sys_absent ([только интеграл, журнал, …]) </td> <td> Удалить все отражения, которые должны систематически отсутствовать в текущей пространственной группе. </td> </tr> <tr> <td> ellipsoidal_resolutions_and_indices_by_sigma ([…]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> ellipsoidal_truncation_by_sigma ([sigma_cutoff]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> enforce_positive_amplitude ([i_sig_level]) </td> <td> Принимает массив интенсивностей (включая негативы) и выдает амплитуды.</td> </tr> <tr> <td> enforce_positive_sigmas () </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> эпсилон () </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> expand_to_p1 ([phase_deg, return_iselection]) </td> <td> Создайте эквивалентный набор данных P1. </td> </tr> <tr> <td> expand_to_p1_iselection ([build_iselection]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> export_as_cns_hkl (объект_файла [, имя_файла, …]) </td> <td> Запишите отражения в файл формата CNS. </td> </tr> <tr> <td> export_as_scalepack_unmerged ([файл_объект,…]) </td> <td> Запись данных в формате unmerged scalepack. </td> </tr> <tr> <td> export_as_shelx_hklf ([file_object, …]) </td> <td> Записать отражения в файл .hkl в формате SHELX. </td> </tr> <tr> <td> f_as_f_sq ([алгоритм]) </td> <td> Преобразует амплитуды (и соответствующие сигмы, если они есть) в интенсивности. </td> </tr> <tr> <td> f_obs_f_calc_fan_outlier_selection (f_calc [, …]) </td> <td> Предварительные условия (явно не проверены): self — это массив амплитуд, f_calc — комплексный массив или массив амплитуд.2 (или неопределенный тип наблюдения), возвращают эквивалентные амплитуды. </td> </tr> <tr> <td> fft_map ([разрешение_фактор, d_min, …]) </td> <td> Вычислите БПФ для массива, предполагая, что данные являются комплексными числами двойной точности. </td> </tr> <tr> <td> first_index (miller_index) </td> <td> Возвращает первый индекс элемента, соответствующего <cite> miller_index </cite>. </td> </tr> <tr> <td> french_wilson (** kwds) </td> <td> Выполните обработку интенсивностей рентгеновского излучения по Френчу-Вильсону, чтобы оценить «истинные» интенсивности, заменив очень слабые и / или отрицательные значения, и извлеките квадратный корень для получения амплитуд.</td> </tr> <tr> <td> from_cif ([file_object, file_path, …]) </td> <td> Метод класса для построения массива из файла CIF (или дескриптора файла). </td> </tr> <tr> <td> generate_bijvoet_mates () </td> <td> Если массив еще не является аномальным, разверните его, чтобы сгенерировать аномальные пары (без изменения данных). </td> </tr> <tr> <td> generate_r_free_flags ([дробь, max_free, …]) </td> <td> Создайте массив флагов без R для текущего набора, сохраняя вместе аномальные пары. </td> </tr> <tr> <td> generate_r_free_flags_basic ([дробь,…]) </td> <td> Генерировать флаги без R без учета симметрии решетки (не рекомендуется). </td> </tr> <tr> <td> generate_r_free_flags_on_lattice_symmetry ([…]) </td> <td> Сгенерируйте флаги без R путем преобразования в максимально возможную симметрию решетки (независимо от симметрии интенсивности), создания флагов и расширения обратно до исходной симметрии. </td> </tr> <tr> <td> сетка ([d_min, resolution_factor, step, …]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> half_dataset_anomalous_correlation ([use_binning]) </td> <td> Рассчитайте корреляцию аномальных различий двух случайно назначенных полунаборов данных (начиная с не объединенных данных).</td> </tr> <tr> <td> has_twinning ([d_min]) </td> <td> Удобный метод идентификации двойных данных. </td> </tr> <tr> <td> полусфера_центрика (плюс_или_минус) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> полушария_центрика () </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> hoppe_gassmann_modification (средний_масштаб, …) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> i_over_sig_i ([use_binning, return_fail]) </td> <td> <I / sigma_I> </td> </tr> <tr> <td> index_span () </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> индексов () </td> <td> Вернуть ссылку на внутренний массив индексов.</td> </tr> <tr> <td> информация () </td> <td> Вернуть связанный информационный объект или None, если не определено. </td> </tr> <tr> <td> интенсивности () </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> обратная_ручка () </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> is_bool_array () </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> is_compatible_unit_cell () </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> is_complex_array () </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> is_hendrickson_lattman_array () </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> is_in_asu () </td> <td> Укажите, полностью ли массив содержится в асимметричном блоке обратного пространства (ASU).</td> </tr> <tr> <td> is_integer_array () </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> is_patterson_symmetry () </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> is_real_array () </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> is_similar_symmetry (other [, …]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> is_string_array () </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> is_unique_set_under_symmetry () </td> <td> Определите, являются ли индексы в наборе уникальными по симметрии. </td> </tr> <tr> <td> is_unmerged_intensity_array () </td> <td> Определите, содержит ли массив несвязанные экспериментальные наблюдения или нет.</td> </tr> <tr> <td> is_xray_amplitude_array () </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> is_xray_data_array () </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> is_xray_intensity_array () </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> is_xray_reconstructed_amplitude_array () </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> join_symmetry (other_symmetry [, force, …]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> local_standard_deviation_map (радиус [, …]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> log_binning ([…]) </td> <td> Создайте интервалы разрешения в логарифмической шкале. </td> </tr> <tr> <td> lone_set (other [, assert_is_similar_symmetry]) </td> <td> Сопоставьте индексы в текущем наборе и другом наборе и верните набор (или массив), содержащий отражения, которые присутствуют только в текущем наборе. </td> </tr> <tr> <td> lone_sets (other [, assert_is_similar_symmetry]) </td> <td> Подобно lone_set (other), но возвращает кортеж, содержащий отражения, уникальные для каждого набора (или массива). </td> </tr> <tr> <td> map_correlation (другое) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> map_to_asu ([градус]) </td> <td> Преобразует все индексы, чтобы они лежали в канонической асимметричной единице для текущей пространственной группы (при сохранении аномального флага).</td> </tr> <tr> <td> match_bijvoet_mates ([…]) </td> <td> Group Bijvoet сопоставляет (или сопоставляет Friedel) вместе, возвращая объект, который позволяет перечисление по совпадающим парам и / или одиночным элементам. </td> </tr> <tr> <td> match_indices (other [, …]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> соответствующий_набор (другой, заменитель_данных [, …]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> среднее ([use_binning, use_multiplicities, …]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> mean_of_intensity_divided_by_epsilon ([.2 / эпсилон> </td> </tr> <tr> <td> mean_phase_error (phase_source) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> mean_sq ([use_binning, use_multiplicities]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> mean_weighted_phase_error (phase_source) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> измеримость ([use_binning, cutoff, return_fail]) </td> <td> Доля отражений, для которых </td> </tr> <tr> <td> merge_equivalents ([алгоритм, …]) </td> <td> Для неуникального массива объедините отражения, связанные с симметрией (с сохранением флага аномалии).</td> </tr> <tr> <td> miller_indices_as_pdb_file ([имя_файла, …]) </td> <td> Запишите индексы Миллера как псевдо-воды для визуализации. </td> </tr> <tr> <td> miller_set (индексы, anomalous_flag) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> min_f_over_sigma ([return_none_if_zero_sigmas]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> min_max_d_star_sq () </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> min_max_indices () </td> <td> Возврат диапазона индексов h, k, l </td> </tr> <tr> <td> минимум_ячейка () </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> minimum_wavelength_based_on_d_min ([допуск]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> кратностей () </td> <td> Сгенерируйте массив Миллера (с целочисленными данными), указывающий кратность каждого уникального отражения.</td> </tr> <tr> <td> мультимасштаб (другой [, Reflection_per_bin]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> n_bijvoet_pairs () </td> <td> Вернуть количество пар Bijvoet. </td> </tr> <tr> <td> niggli_cell ([relative_epsilon, iteration_limit]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> норма () </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> normalized_amplitude (asu_contents [, …]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> наблюдение_тип () </td> <td> Вернуть (экспериментальный) тип данных, если он определен.</td> </tr> <tr> <td> patterson_map ([разрешение_фактор, d_min, …]) </td> <td> Рассчитайте нефазированную карту Паттерсона. </td> </tr> <tr> <td> patterson_symmetry () </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> permute_d_range (d_max, d_min) </td> <td> Произвольное перемешивание отражений в пределах заданного диапазона разрешения. </td> </tr> <tr> <td> phase_entropy ([exponentiate, …]) </td> <td> Получите фазовую энтропию, измеренную в единицах энтропии с основанием 360 (основание 2 для центрик). </td> </tr> <tr> <td> phase_integrals ([n_steps, Integrator]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> phase_transfer (phase_source [, эпсилон, град,…]) </td> <td> Объединяет фазы phase_source с собственными данными, если они реальны (сохраняя знак собственных данных), или с собственными амплитудами, если они сложны. </td> </tr> <tr> <td> phased_translation_function_coeff (… [, fom]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> фаз (°) </td> <td> Для сложного массива вернуть массив его фаз (по умолчанию в радианах). </td> </tr> <tr> <td> primitive_setting () </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> quasi_normalize_structure_factors ([d_star_power]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> quasi_normalized_as_normalized () </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> r1_factor (другой [, scale_factor,…]) </td> <td> Получите коэффициент R1 по этой формуле </td> </tr> <tr> <td> r_anom () </td> <td> Рассчитайте R_anom, который измеряет согласие между товарищами Фриделя. </td> </tr> <tr> <td> r_free_flags_accumulation () </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> random_phases_compatible_with_phase_restrictions ([градус]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> randomize_amplitude_and_phase (… [, …]) </td> <td> Добавить случайную ошибку к отражениям. </td> </tr> <tr> <td> randomize_phases () </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> отражение_интенсивность_симметрия () </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> remove_cone (дробный процент [, вершина,…]) </td> <td> Удалите отражения, соответствующие форме конуса в обратном пространстве с вершиной в начале координат. </td> </tr> <tr> <td> remove_patterson_origin_peak () </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> remove_systematic_absences ([отрицать]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> разрешение_фильтра ([d_max, d_min, negate]) </td> <td> Выберите подмножество в указанном диапазоне разрешения. </td> </tr> <tr> <td> выбор_фильтра_разрешения ([d_max, d_min]) </td> <td> Получить выделение (гиб.bool array), соответствующий указанному диапазону разрешения. </td> </tr> <tr> <td> разрешение_диапазон () </td> <td> Синоним d_max_min (). </td> </tr> <tr> <td> среднеквадратичное значение ([use_binning, use_multiplicities]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> rms_filter (cutoff_factor [, use_binning, …]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> масштаб (другое [, зависит от разрешения]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> scale_factor (f_calc [, weights, …]) </td> <td> Аналитическое выражение для масштабного коэффициента наименьших квадратов.2 (2.0 для несдвоенных данных, 1.5 для сдвоенных данных) </td> </tr> <tr> <td> select (selection [, negate, anomalous_flag]) </td> <td> Выберите подмассив. </td> </tr> <tr> <td> select_acentric () </td> <td> Выберите только ацентрические отражения. </td> </tr> <tr> <td> select_centric () </td> <td> Выберите только центральные отражения. </td> </tr> <tr> <td> select_indices (индексы [, …]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> select_sys_absent ([integ_only]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> набор ([crystal_symmetry, index,…]) </td> <td> Вернуть базовый объект cctbx.miller.set для массива. </td> </tr> <tr> <td> set_info (информация) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> set_observation_type (тип наблюдения) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> set_observation_type_xray_amplitude () </td> <td> Отметьте массив как амплитуду рентгеновского излучения (F). </td> </tr> <tr> <td> set_observation_type_xray_intensity () </td> <td> Отметьте массив как интенсивность рентгеновского излучения (I). </td> </tr> <tr> <td> set_sigmas (сигма) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> setup_binner ([d_max, d_min, auto_binning,…]) </td> <td> Создать объект-биннер внутреннего разрешения; требуется для работы многих других методов. </td> </tr> <tr> <td> setup_binner_counting_sorted ([d_max, d_min, …]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> setup_binner_d_star_sq_step ([auto_binning, …]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> shelxl_extinction_correction (x, длина волны) </td> <td> Параметр экстинкции x, где Fc умножается на: </td> </tr> <tr> <td> show_all_possible_systematic_absences ([out, …]) </td> <td> Для каждой возможной пространственной группы, разделяющей одну и ту же базовую симметрию интенсивности, покажите список возможных систематически отсутствующих отражений и соответствующих I / sigmaI.</td> </tr> <tr> <td> show_array ([f, prefix, deg]) </td> <td> Список индексов и данных Миллера </td> </tr> <tr> <td> show_completeness ([Reflection_per_bin, out]) </td> <td> Отобразите полноту в разрешениях. </td> </tr> <tr> <td> show_comprehensive_summary ([f, префикс]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> show_disagreeable_reflections (f_calc_sq [, …]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> show_mean_data_over_sigma_along_a_b_c_star () </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> show_r_free_flags_info ([n_bins,…]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> show_summary ([f, prefix]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> sigma_at_first_index (miller_index) </td> <td> Возвращает значение сигмы первого индекса, соответствующего <cite> miller_index </cite>. </td> </tr> <tr> <td> sigma_filter (cutoff_factor [, negate]) </td> <td> Вернуть копию массива, отфильтрованного для удаления отражений, значение которых меньше cutoff_factor * sigma (или наоборот, если negate = True). </td> </tr> <tr> <td> сигма () </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> sigmas_are_sensible ([critical_ratio, epsilon]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> sin_theta_over_lambda_sq () </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> размер () </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> срез ([ось, axis_index, slice_index,…]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> sort ([by_value, reverse]) </td> <td> Изменить порядок отражений по разрешению или индексу Миллера. </td> </tr> <tr> <td> sort_permutation ([by_value, reverse]) </td> <td> Создайте массив выбора (объект flex.size_t), чтобы изменить порядок массива по разрешению, индексу Миллера, значениям данных или абсолютным значениям данных. </td> </tr> <tr> <td> space_group () </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> space_group_info () </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> special_position_settings ([…]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> статистическое_среднее ([use_binning]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> structure_factors_from_map (карта [, …]) </td> <td> Запустите БПФ на карте реального пространства, чтобы вычислить структурные факторы, соответствующие текущему набору индексов Миллера. </td> </tr> <tr> <td> structure_factors_from_scatterers (xray_structure) </td> <td> Вычислить структурные коэффициенты для объекта cctbx.xray.structure, соответствующего текущему набору индексов Миллера. </td> </tr> <tr> <td> subtract_continuous_allowed_origin_shifts (…) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> сумма ([use_binning, use_multiplicities, квадрат]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> sum_sq ([use_binning, use_multiplicities]) </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> simry_agreement_factor (op [, …]) </td> <td> Фактор phi_ {sym}, количественно определяющий, инвариантны ли комплексные структурные факторы относительно данного оператора симметрии, как используется в Superflip. </td> </tr> <tr> <td> sys_absent_flags ([integ_only]) </td> <td> Сгенерируйте логический массив Миллера, помечающий те отражения, которые систематически отсутствуют при текущей симметрии.</td> </tr> <tr> <td> twin_data (twin_law, альфа) </td> <td> Примените к данным закон близнецов, возвращая массив того же исходного типа. </td> </tr> <tr> <td> two_theta (длина волны [, град]) </td> <td> Сгенерируйте двойной массив Миллера, содержащий угол рассеяния каждого индекса. </td> </tr> <tr> <td> unique_under_symmetry () </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> unique_under_symmetry_selection () </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> unit_cell () </td> <td> </td> </tr> <tr> <td> use_binner_of (другое) </td> <td> Используйте точный биннер другого набора, который должен иметь идентичные индексы. 2> (0.785 для несдвоенных, 0,885 для сдвоенных данных) </td> </tr> </table> <h2><span class="ez-toc-section" id="PDF_DLD-1"> (PDF) Метронидазол снижает жизнеспособность линии клеток колоректального рака DLD-1 </span></h2> <p> СНО, HeLa (полученный из рака шейки матки) и человеческие клетки костного мозга </p> <p> реагировали аналогичным образом на повышение концентрации — </p> <p> тонн MTZ и нитрофуразона в Средняя. Концентрация МТЗ </p> <p>, которая ингибировала колониеобразующую способность на </p> <p> 50%, составляла 10 мМ. Этот результат показывает, что для выживания клетки </p> <p> после воздействия высокой концентрации лекарственного средства ее значение </p> <p> необходимо уменьшить ниже 1 мМ, чтобы избежать остаточной токсичности.</p> <p> После 8 часов инкубации клеток яичника китайского хомячка </p> <p> в 29 мМ MTZ абсолютная эффективность посева </p> <p> оставалась относительно постоянной в присутствии воздуха (80-40%). Напротив, </p> <p> в условиях гипоксии эффективность посева </p> <p> клеток упала до 1% после 6 часов инкубации в 29 мМ </p> <p> MTZ. </p> <p> 28 </p> <p> MTZ и его гидроксиметаболит (MTZOH) составляют </p> <p> фунтов, которые способны вызывать повреждения в макромолекулах мак-</p> <p>, таких как ДНК, что является основным механизмом действия </p> <p> у бактерий.Было показано, что MTZ внутриклеточно активируется восстановлением, а токсический эффект восстановленных промежуточных продуктов </p> <p> связывается с ДНК, что приводит к потере спиральной структуры, разрыву цепи и нарушению функции ДНК. </p> <p> 29 </p> <p> Наши результаты по включению 3 [H] -тимидина в ДНК </p> <p> показывают, что MTZ не вызывал каких-либо значительных изменений в </p> <p> за все время экспозиции. Различия между выживаемостью клеток и биосинтезом ДНК </p> <p> можно объяснить как защиту от гибели клеток </p> <p> и немедленную компенсацию, представленную как включение мидина </p> <p>.</p> <p> Поскольку нитрогетероциклы ингибируют включение </p> <p> [3H] -тимидина клетками L-929 (клетки мышиных фибробластов), выращенных в аэробных условиях, Olive </p> <p> 30 </p> <p> выбранных трех из </p> <p>, включая MTZ , для подробного изучения механизма </p> <p> ингибирования синтеза ДНК. Инкубация с MTZ в течение </p> <p> в течение 1 часа в аэробных условиях вызвала заметное ингибирование </p> <p> включения ДНК-предшественника.Не было значительных эффектов </p> <p> на повреждение ДНК, удлинение или выживаемость клеток. После </p> <p> 4-часовой инкубации в анаэробных условиях все конечные </p> <p> точек указали на повреждение L-клеток. Скорость включения </p> <p> [3H] -тимидина не увеличивалась после лечения препаратом в течение </p> <p> по крайней мере 4 часа. </p> <p> 30 </p> <p> Эти результаты аналогичны нашему наблюдению </p> <p> через 24 часа. Вероятно, таким временем наблюдения является время </p> <p> после того, как лекарство уже повлияло на ДНК, и более длительное воздействие </p> <p> не имеет значения, поскольку пролиферация клеток остается неизменной.</p> <p> И МТЗ, и МТЗОН способны увеличивать пролиферацию клеток, хотя этот механизм до конца не изучен. Bahr </p> <p> и Ullmann </p> <p> 31 </p> <p> провели исследование иммуномодулирующих свойств МТЗ и его метаболитов. МТЗ и его дрокси-метаболит hy-</p> <p> усиливали митогенную стимуляцию </p> <p> лимфоцитов мыши. Максимальное усиление было в том же диапазоне концентраций </p> <p> (32 и 64 мкг / мл) и привело к </p> <p> a 7.4-кратное увеличение для MTZ и 40,5-кратное (гидроксиметил-</p> <p> таболит) увеличение (3H) -тимидина по сравнению с </p> <p> с контролем. </p> <p> 31 </p> <p> Кроме того, Мене </p> <p> ´ndez et al. </p> <p> 29 </p> <p> показал </p> <p>, что MTZOH способен индуцировать экспрессию P53, который ранее был предложен в качестве биомаркера канцерогенов </p> <p> city. </p> <p> 29 </p> <p> Исследования функциональности P53 в генотоксичности </p> <p> MTZ и MTZOH привели авторов к интересным выводам.</p> <p> Клеточную пролиферацию определяли на нескольких клеточных линиях, включая клетки карциномы шейки матки человека (HeLa) и клеточные линии карциномы толстой кишки </p> <p> (RKO и RKO-E6). Они наблюдали увеличение пролиферации клеток на </p> <p> во всех клеточных линиях, обработанных MTZ, на </p> <p> независимо от их функциональности P53; тогда как MTZOH только </p> <p> индуцировал повышенную пролиферацию в клеточных линиях с аномальным </p> <p> mal P53. </p> <p> 29 </p> <p> В настоящей работе показаны апоптотические и некротические ре-</p> <p> споны на стимулы МТЗ.Апоптоз характеризуется </p> <p> морфологическими изменениями ядра и цитоплазмы. Это включает сжатие клетки, увеличение проницаемости мембраны </p> <p>, конденсацию хроматина и экстернализацию плазматической мембраны </p> <p> (PS). </p> <p> 32 </p> <p> Инкубация с ИП использовалась для исследования целостности мембраны </p> <p> в клетках, подвергающихся апоптозу, поскольку ИП может проникать только в </p> <p> клеток с измененной плазматической мембраной и давать красное флуоресцентное вещество-</p> <p> центов.Этот краситель используется вместе с аннексином V, который связывает </p> <p> PS на плазматической мембране во время апоптоза. Данные метрии проточной цито-</p> <p> показали повышенную проницаемость клеток в результате обработки MTZ </p> <p>. Результаты были статистически значимыми за все периоды ex-</p> <p>. Связывание аннексина V было самым высоким в клетках </p> <p>, обработанных 250 мкг / мл MTZ, особенно после 72 </p> <p> часов. Следует отметить, что также наблюдались некоторые статистические изменения в связывании PI по сравнению с контролем.Значительное увеличение количества некротических клеток на </p> <p> было отмечено через 24 часа </p> <p> при концентрациях MTZ 10, 50 и 250 мкг / мл и через 48 </p> <p> часов при самых низких концентрациях (0,1, 1 мкг / мл). Самый низкий процент выраженных некрозов </p> <p> наблюдался через 48 часов в 10 lg / </p> <p> мл MTZ; в то время как через 72 часа процент некротических клеток </p> <p> был статистически значимо ниже при концентрациях MTZ-</p> <p> 0,1, 1, 50 и 250 мкг / мл по сравнению с клетками </p> <p> без препарата.Клетки, обработанные MTZ, после окрашивания </p> <p> акридиновым оранжевым показали характерные апоптотические особенности </p> <p>, такие как усадка и конденсация хроматина, что подтверждает </p> <p> наших результатов анализа проточной цитометрии. Эти результаты </p> <p> согласуются с данными, полученными с помощью теста МТТ, показывающего жизнеспособность клеток </p> <p>, что согласуется с утверждением о том, что потеря </p> <p> жизнеспособности клеток часто измеряется как потеря целостности мембраны </p> <p>. К сожалению, в литературе </p> <p> отсутствуют данные, посвященные влиянию MTZ на апоптотический процесс в клеточных линиях </p> <p>.Однако было показано, что MTZ вызывает гибель pro </p> <p> граммов клеток у простейшего паразита Blastocystis </p> <p> hominis. Препарат используется в клинических условиях для лечения инфекций, вызываемых этим кишечным паразитом </p> <p>. Авторы продемонстрировали характерные особенности запрограммированной гибели клеток B. hominis после воздействия </p> <p> 5 · 10 </p> <p> -7 </p> <p> М МТЗ. Данные световой микроскопии показали </p> <p> сморщивание и потемнение цитоплазмы у B. hominis, </p> <p>, что подтверждено данными проточной цитометрии.Кроме того, электронные микрофотографии </p> <p> обработанного МТЗ паразита </p> <p> также показали ультраструктурные характеристики апоптоза. </p> <p> 33 </p> <p> В заключение, MTZ снижает жизнеспособность клеток DLD-1, что </p> <p> согласуется с апоптотическим анализом. </p> <p> Благодарности </p> <p> Работа поддержана грантом № 113-94582 LM от </p> <p> Государственного комитета по научным исследованиям, Варшава, земля Po-</p> <p>. Работа поддержана проектом «Studiuje», ba- </p> <p> dam, komercjalizuje »- программа wsparcia doktoranto </p> <p> ´wUMB.’’ </p> <p> Заявление о раскрытии информации </p> <p> Финансовые конфликты отсутствуют. </p> <p> Ссылки </p> <p> 1. Фаилли А., Консолини Р., Легитимо А. и др. Задача культивирования клеток колоректальной опухоли человека </p> <p>: создание модели культуры клеток </p> <p> путем сравнения различных методов логических подходов. Тумори 2009; 95: 343. </p> <p> МЕТРОНИДАЗОЛ И КОЛОРЕКТАЛЬНЫЙ РАК 621 </p> <h2><span class="ez-toc-section" id="i-58"> Резюме одобрения | Клинические исследования рака </span></h2> <h3><span class="ez-toc-section" id="i-59"> Реферат </span></h3> <p> <em> Назначение: </em> Доцетаксел, таксан, ранее одобренный для лечения рака груди и немелкоклеточного рака легких, был одобрен Управлением по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США 19 мая 2004 г. для использования в комбинации с преднизоном для лечения метастатический андрогеннезависимый (гормонорезистентный) рак простаты.Цель этого резюме — просмотреть базу данных, подтверждающую это утверждение. </p> <p> <em> Дизайн эксперимента: </em> В рандомизированном глобальном исследовании с участием 1006 пациентов сравнивали два режима приема доцетаксела с митоксантроном + преднизон следующим образом: MTZ каждые 3 недели, митоксантрон 12 мг / м2 каждые 21 день + преднизон 5 мг два раза в день в течение всего 10 циклов; TXT каждые 3 недели, доцетаксел 75 мг / м <sup> 2 </sup> каждые 21 день + преднизон 5 мг два раза в день, всего 10 циклов; и TXT qw, доцетаксел 30 мг / м <sup> 2 </sup> дни 1, 8, 15, 22 и 29 каждые 6 недель + преднизон 5 мг два раза в день, всего 5 циклов.</p> <p> <em> Результаты: </em> Было показано статистически значимое преимущество общей выживаемости для группы TXT каждые 3 недели по сравнению с MTZ каждые 3 недели (медиана выживаемости 18,9 месяцев <em> против </em> 16,5 месяцев, <em> P </em> = 0,0094). Не было показано общего преимущества в выживаемости для TXT qw по сравнению с MTZ каждые 3 недели. Наиболее часто встречающиеся нежелательные явления включали анемию, нейтропению, инфекцию, тошноту, сенсорную невропатию, задержку жидкости, алопецию, изменения ногтей, диарею и утомляемость. </p> <p> <em> Выводы: </em> В этом отчете описывается обзор Управления по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов, подтверждающий это первое одобрение комбинированной терапии гормонорезистентного рака простаты, основанное на демонстрации преимущества в отношении выживаемости.</p> <h3><span class="ez-toc-section" id="i-60"> ВВЕДЕНИЕ </span></h3> <p> Доцетаксел (Taxotere, Aventis Pharmaceuticals, Bridgewater, NJ) представляет собой противоопухолевый агент, который действует, разрушая сеть микротрубочек в клетках, которая необходима для митотических и межфазных клеточных функций. Доцетаксел связывается со свободным тубулином и способствует сборке тубулина в стабильные микротрубочки. Пучки микротрубочек без нормальной функции образуются, и митоз подавляется. Доцетаксел был ранее одобрен Управлением по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов (FDA) США для лечения местнораспространенного или метастатического рака груди после антрациклиновой терапии, местнораспространенного или метастатического немелкоклеточного рака легкого после предшествующей химиотерапии на основе платины и для использования в комбинации с цисплатином при недавно диагностированном местнораспространенном или метастатическом немелкоклеточном раке легкого.</p> <p> После развития метастатического гормонорезистентного заболевания рак простаты неизлечим, со средней выживаемостью от 9 до 12 месяцев (1 , 2) . Исторически сложилось так, что ни один препарат или комбинированный режим не показали преимущества в выживаемости в этих условиях. В 1996 году митоксантрон, вводимый в сочетании с преднизоном, был одобрен FDA для паллиативного лечения метастатического или местнораспространенного заболевания, прогрессирующего при стандартной гормональной терапии. Это одобрение было основано на результатах рандомизированного исследования, в котором сравнивали митоксантрон плюс преднизон с одним преднизоном.В этом исследовании был рандомизирован в общей сложности 161 пациент, в котором в качестве первичной конечной точки использовался паллиативный ответ (3 , 4) . Второе рандомизированное испытание митоксантрона и гидрокортизона <em> по сравнению с одним только гидрокортизоном </em>, проведенное Группой B по раку и лейкемии, предоставило подтверждающие доказательства паллиативного эффекта (4) . </p> <p> Доцетаксел был оценен в одноэтапных исследованиях гормонорезистентного рака простаты либо в виде однократной дозы каждые 3 недели, либо в режиме еженедельного приема. Снижение уровня простат-специфического антигена (ПСА) и рентгенологические ответы у пациентов с двумерно измеряемыми поражениями (5, 6, 7, 8, 9) .</p> <p> TAX327, глобальное многоцентровое исследование, было разработано для оценки двух схем приема доцетаксела с преднизоном по сравнению с контрольной группой митоксантрон + преднизон. Дизайн и результаты этого исследования изложены ниже. </p> <h3><span class="ez-toc-section" id="i-61"> ПЛАН ЛЕЧЕНИЯ </span></h3> <p> Пациенты были рандомизированы для получения одного из трех видов лечения следующим образом: </p> <p> План лечения также представлен на рис. 1⇓. . </p> Рис.1. <p> Схема лечения. </p> <h4><span class="ez-toc-section" id="_3"> МТЗ каждые 3н.</span></h4> <p> Митоксантрон 12 мг / м <sup> 2 </sup> внутривенно (день 1) в виде 30-минутной инфузии каждые 21 день плюс преднизон 5 мг перорально два раза в день в течение 10 циклов. Преднизолон можно было продолжить после завершения 10 курсов. </p> <h4><span class="ez-toc-section" id="TXT_3"> TXT каждые 3 нед. </span></h4> <p> Доцетаксел 75 мг / м <sup> 2 </sup> внутривенно (день 1) в виде 1-часовой инфузии каждые 21 день плюс преднизон 5 мг перорально два раза в день в течение 10 циклов. Преднизолон можно было продолжить после завершения 10 курсов.Профилактический дексаметазон 8 мг должен был вводиться перорально за 12 часов, 3 часа и 1 час до приема доцетаксела. </p> <h4><span class="ez-toc-section" id="TXT_qw"> TXT qw. </span></h4> <p> Доцетаксел 30 мг / м <sup> 2 </sup> внутривенно в виде 30-минутной инфузии в дни 1, 8, 15, 22 и 29 каждые 6 недель плюс преднизон 5 мг перорально два раза в день в течение 5 циклов. Преднизолон можно было продолжить после завершения 5 курсов. Дексаметазон 8 мг вводили перорально за 1 час до инфузии доцетаксела. </p> <h3><span class="ez-toc-section" id="i-62"> НАСЕЛЕНИЕ ПАЦИЕНТА / ДЕМОГРАФИЯ </span></h3> <p> Основными критериями включения, указанными в протоколе, были гистологически или цитологически подтвержденная аденокарцинома простаты, метастатическое заболевание, не поддающееся лечению или невосприимчивое к гормональной терапии (кастрация путем орхиэктомии и / или андрогенная блокада), а также статус эффективности по Карновски ≥60.За исключением монотерапии эстрамустином, предварительная химиотерапия не разрешалась. Перед рандомизацией лечение бисфосфонатами пришлось прекратить. Пациенты с симптоматической периферической нейропатией ≥2 степени (общие критерии токсичности Национального института рака, версия 2.0), с известным поражением головного мозга или лептоменингеального отдела или предшествующей лучевой терапией более 25% костного мозга были исключены. </p> <p> Возраст, раса, статус работоспособности по Карновски на исходном уровне, стадия, исходный уровень ПСА и оценка Глисона перечислены в разбивке по трем группам исследования в таблице 1⇓ .Кажется, что они равномерно распределены по группам лечения. Приблизительно от 84 до 89% пациентов, включенных в каждую группу лечения, имели исходный уровень ПСА ≥20. Все пациенты ранее получали гормональную терапию и / или операцию для гормонального контроля. Примерно половина всех пациентов в каждом сеансе лечения ранее получали лучевую терапию, и около 20% пациентов ранее получали эстрамустин. </p> Таблица 1 <p> Исходные характеристики пациента </p> <h3><span class="ez-toc-section" id="i-63"> ЭФФЕКТИВНОСТЬ </span></h3> <p> Первичной конечной точкой эффективности была выживаемость, определяемая как время от рандомизации до даты смерти от любой причины.Первичный анализ проводился на популяции, собирающейся лечиться, состоящей из всех рандомизированных пациентов. Датой окончания исследования для первичного анализа было 24 марта 2003 г., дата, когда спонсор получил уведомление о 535-м событии. К тому времени в общей сложности произошло 557 событий. Все субъекты, о которых было известно, что они живы на дату окончания, подвергались цензуре либо в дату последней оценки, либо в дату окончания, если последний контакт имел место впоследствии. </p> <p> Три одновременных сравнения общей выживаемости были выполнены с модифицированной поправкой Бонферрони для контроля множественности (10) ; TXT q 3 недели <em> по сравнению с </em> контрольным MTZ каждые 3 недели, TXT q w <em> по сравнению с </em> контрольным MTZ каждые 3 недели или две объединенные группы лечения доцетакселом <em> против </em> контроля.Предлагаемый номинальный уровень значимости для каждого сравнения с MTZ q3w следующий: Комбинированные группы TXT, 0,04; TXT каждые 3 недели, 0,0175; и TXT q w, 0,0175. Первичный анализ считался положительным, если хотя бы одно из трех скорректированных сравнений лог-ранговых тестов было меньше заранее определенного номинального уровня значимости для этого сравнения. </p> <p> Стратифицированный лог-ранговый тест (стратифицированный по исходной боли и состоянию работоспособности по Карновски) был проспективно определен в качестве основного средства определения того, увеличивают ли TXT q 3 нед и / или TXT q w общую выживаемость по сравнению с MTZ каждые 3 нед.</p> <p> Общая выживаемость была значительно выше в группе TXT каждые 3 недели по сравнению с группой MTZ каждые 3 недели (медиана выживаемости 18,9 месяцев <em> против </em> 16,50 месяцев, <em> P </em> = 0,0094). Общая выживаемость также была значительно выше для комбинированных групп TXT по сравнению с группой MTZ каждые 3 недели. Общая выживаемость в группе доцетаксела один раз в неделю не отличалась статистически значимо от таковой в группе MTZ каждые 3 недели. Результаты сравнения TXT q 3w с MTZ q 3w сведены в Таблицу 2⇓. , а кривая выживаемости Каплана-Мейера для этого сравнения изображена на рис.2⇓ . </p> Рис.2. <p> Общая выживаемость K-M кривая TXTq3w <em> по сравнению с </em> MTZ. </p> Таблица 2 <p> Сравнение общей выживаемости TXT q3w и MTZ q3w </p> <p> Вторичные конечные точки включали скорость и продолжительность болевого ответа, скорость и продолжительность ответа ПСА, ответ опухоли, время до прогрессирования боли, время до прогрессирования ПСА и время до прогрессирования опухоли. FDA посчитало эти вторичные конечные точки предварительными и не подтверждающими маркетинговое заявление по следующим причинам: (<em> a </em>) не было заранее определенного плана корректировки для множественности или порядка вторичных конечных точек; (<em> b </em>) только часть включенных пациентов могла быть оценена по любой из этих вторичных конечных точек; и (<em> c </em>) большая часть пациентов подвергалась цензуре в анализах на время до прогрессирования и продолжительность ответа.</p> <h3><span class="ez-toc-section" id="i-64"> БЕЗОПАСНОСТЬ </span></h3> <p> Интенсивность дозы доцетаксела была несколько ниже при еженедельной схеме приема доцетаксела (96% от запланированной относительной интенсивности дозы, диапазон от 62 до 115%) <em> по сравнению с </em> при схеме каждые 3 недели (98% от запланированной относительной интенсивности дозы, от 51 до 107%) . Эти небольшие различия вряд ли могут объяснить разницу, обнаруженную в эффективности между двумя схемами доцетаксела. </p> <p> Хотя> 90% пациентов, включенных в программу TAX327, имели по крайней мере одно нежелательное явление, возникающее при лечении, серьезные нежелательные явления у отдельных пациентов регистрировались реже.Отдельные серьезные или опасные для жизни нежелательные явления включали инфекцию, анемию, нейтропению, невропатию, тошноту, рвоту, диарею и сердечную дисфункцию левого желудочка. Клинически значимые все возникающие нежелательные явления степени и 3/4 степени, наблюдаемые в группах TXTq3w и MTZ, представлены в таблице 3⇓ . Хотя аллергические реакции (всех степеней) действительно чаще возникали в группе TXTq3w, события 3 или 4 степени наблюдались у <1% пациентов. </p> Таблица 3 <p> Клинически важные побочные эффекты, возникающие при лечении </p> <p> Нейтропения была наиболее часто наблюдаемой цитопенией 3/4 степени, возникающей у 32% пациентов в группе TXT каждые 3 недели и у 22% пациентов в группе MTZ.Периферический отек и увеличение веса были основными признаками задержки жидкости; Тяжелые или опасные для жизни явления задержки жидкости были редкими и наблюдались у <1% пациентов в трех группах лечения. События сердечной дисфункции левого желудочка всех степеней чаще встречались в группе MTZ каждые 3 недели по сравнению с TXT каждые 3 недели (22,1% <em> против </em> 9,6%), что согласуется с известной кардиотоксичностью митоксантрона, и события 3/4 степени встречались у 1,2% пациентов. на МТЗ каждые 3 мес и 0,3% на TXT каждые 3 мес. </p> <p> Частота смертей в течение 30 дней после последней инфузии препарата была равномерно распределена по лечению: 3.3% для TXT каждые 3 мес, 3,3% для TXT каждые 3 мес и 2,7% для MTZ каждые 3 мес. Большинство из них были связаны со злокачественными заболеваниями или «другими» причинами. Из смертей, произошедших в течение 30 дней после последней инфузии, одна смерть от группы TXT каждые 3 недели и две из группы MTZ каждые 3 недели были связаны с токсичностью препарата. </p> <h3><span class="ez-toc-section" id="i-65"> ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ ЛЕКАРСТВЕННЫХ СРЕДСТВ </span></h3> <p> Поскольку преднизон является известным индуктором CYP3A4 и 3A5 (11) , два фермента, участвующих в метаболизме доцетаксела, (12) спонсор исследовал возможное влияние преднизона на клиренс доцетаксела, когда оба препарата применялись в комбинации.Фармакокинетика доцетаксела оценивалась на подгруппе пациентов, включенных в TAX327. В общей сложности у 25 пациентов, включенных в группу TXT каждые 3 недели, и у 15 пациентов из группы TXT каждые три недели были взяты образцы крови для определения фармакокинетики доцетаксела с сопутствующим преднизоном и без него. Концентрации доцетаксела в плазме измеряли с помощью утвержденного метода жидкостной хроматографии / масс-спектроскопии (13). . Данные о концентрации в плазме / времени анализировали с помощью ранее разработанной модели нелинейной смешанной фармакокинетики населения (14 , 15) .Не наблюдалось значительных различий между средними значениями клиренса доцетаксела, когда доцетаксел вводился отдельно (день 1) или с преднизоном (день 22) с любой дозой / графиком доцетаксела. Хотя пиковые концентрации доцетаксела были выше у пациентов, получавших ТХТ каждые 3 недели, чем у пациентов, получавших ТХТ каждые 3 недели, небольшой размер выборки пациентов с оценкой фармакокинетики не позволяет коррелировать пиковые концентрации доцетаксела с результатами эффективности. </p> <h3><span class="ez-toc-section" id="i-66"> ОБСУЖДЕНИЕ </span></h3> <p> Хотя несколько схем с одним агентом и комбинацией ранее показали противоопухолевую активность при метастатическом гормонорезистентном раке простаты, а митоксантрон / преднизон продемонстрировали паллиативный эффект, ни один из них не показал улучшения выживаемости в этих условиях.Результаты TAX327 показывают преимущество в выживаемости доцетаксела, вводимого каждые 3 недели, плюс преднизолон в этих условиях. </p> <p> Показанное преимущество выживаемости было отмечено для схемы приема каждые 3 недели и не наблюдалось при еженедельной схеме приема доцетаксела. Как обсуждалось выше, небольшая разница в относительной интенсивности дозы между двумя группами доцетаксела вряд ли может дать адекватное объяснение этому исходу. Одна из гипотез состоит в том, что пиковые уровни (Cmax), достигаемые на относительно более прерывистой основе, могут иметь большее значение для биологической активности, чем общее воздействие (площадь под кривой) в этих условиях.Однако небольшой размер выборки подмножества TAX327, для которой были собраны и проанализированы данные фармакокинетики, не позволяет нам сделать какие-либо выводы в этом отношении. </p> <p> Предварительные результаты рандомизированного исследования, сравнивающего доцетаксел плюс эстрамустин с митоксантроном и преднизоном, проведенного Юго-западной онкологической группой (SWOG9916), также, по-видимому, показывают улучшение выживаемости для комбинированного режима на основе доцетаксела при лечении гормонорезистентного рака простаты.Среднее преимущество в выживаемости ~ 2 месяца наблюдалось в группе доцетаксел / эстрамустин по сравнению со стандартной группой в этом исследовании, в которое было включено 770 пациентов (16, 17, 18). . </p> <p> Результаты, представленные в данном документе, служат обоснованием для исследования использования доцетаксела в менее продвинутой и менее подвергнутой предварительному лечению популяции пациентов с раком простаты. Эти результаты также требуют дополнительных исследований новых агентов у пациентов с гормонорезистентным раком простаты, у которых заболевание прогрессирует после лечения доцетакселом.</p> <h3><span class="ez-toc-section" id="i-67"> ВЫВОДЫ </span></h3> <p> 19 мая 2004 г. FDA одобрило использование доцетаксела в комбинации с преднизоном для лечения метастатического гормонорезистентного рака простаты на основании преимущества в выживаемости, продемонстрированного по сравнению с митоксантроном и преднизоном в глобальном многоцентровом клиническом исследовании. Рекомендуемая доза доцетаксела составляет 75 мг / м <sup> 2 </sup> каждые 3 недели в виде 1-часовой инфузии. Преднизон 5 мг перорально 2 раза в сутки применяют непрерывно. Это первое одобрение режима химиотерапии для лечения метастатического гормонорезистентного рака простаты, основанное на демонстрации преимущества в отношении выживаемости.</p> <h3><span class="ez-toc-section" id="i-68"> Сноски </span></h3> <ul> <li> <p> <strong> Запросы на перепечатку: </strong> Рамзи Н. Дагер, Управление по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США, HFD-150, 5600 Fishers Lane, Rockville, Maryland 20857. Телефон: (301) 827-1543; Факс: (301) 594-0499; Электронная почта: dagherr {at} cder.fda.gov </p> </li> </ul> <ul> <li xmlns:hwp="http://schema.highwire.org/Journal" hwp:start="2004-07-15"> Получено 15 июля 2004 г. </li> <li xmlns:hwp="http://schema.highwire.org/Journal" hwp:start="2004-07-30"> Исправление получено 30 июля 2004 г. </li> <li xmlns:hwp="http://schema.highwire.org/Journal" hwp:start="2004-08-05"> Принято 5 августа 2004 г. </li> </ul> <h3><span class="ez-toc-section" id="i-69"> Ссылки </span></h3> <ol> <li> ↵ <p> <cite> Pienta KJ, Sandler H, Javidan J, Sanda MG.Рак простаты Pazdur R Coia LR Hoskins WJ Wagman LD eds. . Ведение рака: мультидисциплинарный подход 7-е изд. 2003361-82. Онкологическая группа Нью-Йорк </cite> </p> </li> <li> ↵ <p> <cite> Райан С.Дж., Смолл Э.Дж. Успехи в борьбе с раком простаты. Курр Опин Онкол 2004; 16: 242-6. </cite> </p> </li> <li> ↵ <p> Пятьдесят первое совещание Консультативного комитета по онкологическим препаратам FDA; Гейтерсбург, штат Мэриленд. 11 сентября 1996 г. </p> </li> <li> ↵ <p> <cite> Tannock IF, Osoba D, Stockler MR, et al. Химиотерапия митоксантроном плюс преднизон или только преднизон для симптоматического гормонорезистентного рака простаты: канадское рандомизированное исследование с паллиативными конечными точками.Дж. Клин Онкол 1996; 14: 1756-64. </cite> </p> </li> <li> ↵ <p> <cite> Пикус Дж., Шульц М. Доцетаксел в качестве монотерапии при лечении гормонорезистентного рака простаты: предварительные результаты. Семин Онкол 1999; 26 (5 доп.): 14-8. </cite> </p> </li> <li> ↵ <p> <cite> Фридланд Д., Коэн Дж., Миллер Р., мл. И др. Испытание фазы II доцетаксела при гормонорезистентном раке простаты: корреляция противоопухолевого эффекта с фосфорилированием Bcl-2. Семин Онкол 1999; 26 (5 доп.): 19-23.</cite> </p> </li> <li> ↵ <p> <cite> Beer TM, Pierce WC, Lowe BA, et al. Исследование фазы II еженедельного приема таксотера при симптоматическом андроген-независимом раке простаты. Энн Онкол 2001; 12: 1273-79. </cite> </p> </li> <li> ↵ <p> <cite> Петриоли Р., Поццессере Д., Мессинезе С. и др. Еженедельные низкие дозы Таксотера у пациентов с прогрессирующим гормонорезистентным раком простаты, ранее подвергавшимися химиотерапии. Онкология (Базель) 2003; 64: 300-5. </cite> </p> </li> <li> ↵ <p> <cite> Берри В., Дахил С., Грегурич М.А. и др. Испытание фазы II однократного еженедельного введения Таксотера при резистентной к гормонам симптоматической метастатической карциноме простаты.Семин Онкол 2001; 28 (15 Прил.): 8-15. </cite> </p> </li> <li> ↵ <p> <cite> Хохберг Ю. Более точная процедура Бонферрони для множественных тестов значимости. Биометрика 1988; 75: 800-2. </cite> </p> </li> <li> ↵ <p> <cite> Pichard L, Fabre I, Daujat M, et al. Влияние кортикостероидов на экспрессию цитохромов P450 и на активность оксидазы циклоспорина А в первичных культурах гепатоцитов человека. Молекулярная Фарм 1992; 41: 1047-55. </cite> </p> </li> <li> ↵ <p> <cite> Marre F, Sanderink GJ, de Sousa G, et al. Биотрансформация доцетаксела (Taxotere) в печени in vitro: участие подсемейства CYP3A у людей.Cancer Res 1996; 56: 1296-302. </cite> </p> </li> <li> ↵ <p> <cite> Wang LZ, Goh BC, Grigg ME, et al. Метод быстрой и чувствительной жидкостной хроматографии / тандемной масс-спектрометрии для определения доцетаксела в плазме человека. Rapid Commun Mass Spectrom 2003; 17: 1548-52. </cite> </p> </li> <li> ↵ <p> <cite> Бруно Р., Хилле Д., Рива А. и др. Популяционная фармакокинетика / фармакодинамика (PK / PD) доцетаксела в исследованиях фазы 2 у субъектов с раком.Дж. Клин Онкол 1998; 16: 187-96. </cite> </p> </li> <li> ↵ <p> <cite> Bruno R, Vivier N, Veyrat-Follet C, Montay G, Rhodes GR. Популяционная фармакокинетика и фармакокинетико-фармакодинамические отношения для доцетаксела. Исследование новых лекарств 2001; 19: 163-9. </cite> </p> </li> <li> ↵ <p> <cite> Hussain M, Petrylak D, Fisher E, Tangen C, Crawford D. Доцетаксел и эстрамустин в сравнении с митоксантроном и преднизоном при гормонорезистентном раке простаты: научная основа и дизайн исследования 9916 Юго-западной онкологической группы.Семин Онкол 1999; 26 (5 Дополнение 17): 55-60. </cite> </p> </li> <li> ↵ <p> <cite> Petrylak DP, Tangen C, Hussain M, et al. SWOG 99–16: рандомизированное исследование фазы III доцетаксела / эстрамустина по сравнению с митоксантроном / преднизоном у мужчин с андрогеннезависимым раком простаты [аннотация 3, пленарное заседание]. Am Soc Clin Oncol Proc 2004 ;: </cite> </p> </li> <li> ↵ <p> <cite> Петрылак ДП. . Изучение конечных точек в исследовании SWOG Docetaxel 2004 Семинар по конечным точкам рака простаты Bethesda, Мэриленд, 22 июня </cite> </p> </li> </ol> <h2><span class="ez-toc-section" id="_BLEND"> Приложения программного обеспечения BLEND к кристаллографическим данным из мембранных белков </span></h2> <p> Результаты, полученные при запуске <em> BLEND </em> в режиме <em> синтеза </em>, как было сказано ранее, можно быстро просмотреть, просмотрев MERGING_STATISTICS.информационный файл. Журналы со всех <em> POINTLESS </em> и <em> AIMLESS </em> задания, связанные с каждым масштабированием и объединением, также сохраняются в каталоге «merged_files» и, следовательно, доступны, если требуются конкретные детали. Если некоторые из новых наборов данных показывают достаточную полноту, разрешение и удовлетворительное качество данных, как описано в R <sub> mes </sub> и R <sub> pim </sub>, то связанные масштабированные и объединенные файлы MTZ в том же каталоге можно использовать для фазирования и построения модели.Однако в тех случаях, когда вышеуказанные критерии не выполняются, необходимо будет создать новые наборы данных, которые не представлены узлами дендрограммы, используя <em> BLEND </em> в режиме <em> комбинации </em>. На этом этапе также очень полезно визуализировать связи дендрограммы и связанную статистику слияния в режиме <em> BLEND graphics </em> mode. Практично иметь полноту, разрешение R <sub> измер. </sub> и CC <sub> 1/2 </sub>, визуально связанную с каждым узлом дендрограммы, чтобы легко можно было судить о совершенстве конкретных комбинаций наборов данных.Тем не менее, получившаяся аннотированная дендрограмма выглядела бы загроможденной числами, большинство из которых, вероятно, было бы нечитаемым. По этой причине в <em> BLEND </em> было сочтено удобным ввести режим <em> graphics </em>, производящий только части аннотированной дендрограммы, фокусируясь на определенных кластерах. Графические файлы в формате PNG и PS создаются и сохраняются в каталоге, называемом «графика», каждый раз, когда выполняется запуск в режиме <em> graphics </em>. В командной строке единственными обязательными полями являются конкретный номер кластера и количество уровней из указанного кластера, которые пользователь хотел бы визуализировать.Чем больше количество кластеров, тем более упакованной будет аннотированная дендрограмма. </p> <p> Другой режим, описанный в этом разделе, режим комбинации <em> </em>, необходим для всех группировок, не представленных в дендрограмме. Хотя группировка, предложенная <em> BLEND </em>, с использованием параметров ячеек, как правило, обеспечивает оптимальные наборы данных с точки зрения изоморфизма и статистики слияния, все же существует множество факторов (качество отдельных наборов данных, недостаточный охват обратного пространства и т. Д.), что препятствует тому, чтобы такая группировка была наилучшей из возможных (Foadi et al. 2013). Поэтому идеально, если пользователю разрешено пробовать разные комбинации наборов данных, альтернативные тем, которые представлены кластерами. Это основная причина, по которой режим <em> комбинации </em> был создан в <em> BLEND </em>. Все файлы и статистика, производимые <em> BLEND </em> в режиме <em> комбинации </em>, последовательно сохраняются в каталоге, называемом «комбинированные_файлы». </p> <h4><span class="ez-toc-section" id="971_TehA"> 9.7.1 TehA </span></h4> <p> В данных TehA кластер 60 является единственным с приемлемой полнотой, однако его качество, по крайней мере, с точки зрения разрешения и R <sub> mes </sub>, невысокое.Можно спросить, есть ли ложные индивидуальные наборы данных, часть кластера 60, ответственные за неверную статистику. Это можно легко исследовать, запустив <em> BLEND </em> в графическом режиме <em> </em>, сосредоточив внимание на кластере 60 и требуя достаточно большого количества уровней кластера. Синтаксическая команда для этого: </p> <p> <p> blend -g D 60 5 </p> </p> где («-g») означает выполнение в режиме <em> графики </em> аннотированной дендрограммы с фокусом на кластере 60 на 5 уровнях слияния.Буква «D» в синтаксической команде в настоящее время является буквой по умолчанию (предполагается, что другие типы графиков будут добавлены в будущие версии <em> СМЕСЬ </em>. Для этих других типов после «-g» графического режима будут буквы, отличные от «D»). Результирующая аннотированная дендрограмма представлена ​​на рис. 9.5. Рис. 9.5 <p> Аннотированная дендрограмма, созданная BLEND в графическом режиме вокруг кластера 60, с 5 уровнями аннотации («blend -g D 60 5») </p> <p> Это достаточно ясно из рис.9.5 видно, что кластер 49 (небольшая ветвь слева) является основной причиной ухудшения качества данных в кластере 60. Кластер 49 состоял из наборов данных 41, 46, 52 и 56. </p> <p> Чтобы проверить, не вызывает ли какой-либо из этих наборов данных качество данных ухудшалось, <em> BLEND </em> выполнялся в режиме <em> комбинации </em>, начиная с кластера 49 и вычитая один набор данных за раз, используя специальный синтаксис, разработанный для этой цели (см. документацию <em> BLEND </em> на http: // www.ccp4.ac.uk/html/blend.html) </p> <p> <p> blend -c [49] [[41]] <bkeys.dat </p> <p> blend -c [49] [[46]] <bkeys.dat </p> <p> blend -c [49] [[52]] <bkeys .dat </p> <p> blend -c [49] [[56]] <bkeys.dat </p> </p> Результаты этих 4 прогонов показаны в первых 4 строках таблицы 9.5. Таблица 9.5 <p> Общая статистика, полученная при выполнении BLEND в комбинированном режиме для случая TehA </p> <p> Из данных, показанных в таблице 9.5, ясно, что набор данных 46 является ложным.Кроме того, из аннотированной дендрограммы на рис. 9.5 также видно, что набор данных 45 также ухудшает качество статистики. Хотя кластер 45 имеет разумное значение R <sub> Meas </sub>, равное 0,092, оно перескакивает до высокого значения 0,325, когда добавление набора данных 45 превращает кластер 45 в кластер 54. Таким образом, статистика была пересчитана для кластера 60 без наборов данных 45 и 46 следующим образом. команда </p> <p> Результаты этого запуска показаны в пятой строке таблицы 9.5. Наблюдаемое улучшение бесспорно.Также было замечено, что без наборов данных 45 и 46 разрешение можно было бы увеличить до 2,2 Å (строка 6 в таблице 9.5). Карты электронной плотности, полученные с использованием только что описанных данных, ограниченные до 2,3 Å для сравнения с данными для одиночного криоохлаждаемого кристалла, показаны в Axford et al. (2015). </p> <h4><span class="ez-toc-section" id="972_h2R"> 9.7.2 h2R </span></h4> <p> Три полезных и наглядных сводки из статистики, произведенной <em> BLEND </em> в режиме синтеза <em> </em> (см. Раздел 9.6), были получены в режиме <em> graphics </em> с помощью следующих трех командных строк, </p>, где три выбранных кластера (13, 14 и 15) были кластерами с приемлемыми наибольшими значениями параметра aLCV, как объяснено в Разд.9.6. Полученные три графика показаны на рис. 9.6 (подробности выполнения в графическом режиме см. В документации <em> BLEND </em> — http://www.ccp4.ac.uk/html/blend.html). Рис. 9.6 <p> Аннотированные деревья со статистикой для кластеров 13 (<strong> a </strong>), 14 (<strong> b </strong>) и 15 (<strong> c </strong>), полученные с помощью BLEND <em> в режиме синтеза </em> для данных h2R </p> Ни одна из статистических данных не была удовлетворительной, но некоторые из расчетных значений разрешения вместе с параметром CC <sub> 1/2 </sub> были довольно высокими и, безусловно, могли быть улучшены.Низкие значения aLCV и относительно хорошее разрешение для многих групп контрастируют с плохими значениями статистики слияния (R <sub> измер. </sub>, R <sub> pim </sub>). Обычно это происходит из-за ситуаций, когда не достигается полная сходимость в процессе масштабирования. В исследовании h2R это в основном было вызвано плохим дифрагирующим качеством изображений или радиационным повреждением, присутствующим в наборах данных. С помощью аннотированных деревьев, показанных на рис. 9.6, и запуска <em> BLEND </em> в режиме <em> комбинации </em>, можно попробовать фильтрацию наборов данных для улучшения статистики, аналогично тому, как это было сделано для случая исследования TehA.Однако здесь был опробован другой подход из-за некачественных данных, в основном из-за последствий радиационного поражения. Следовательно, для каждого набора данных, формирующего данный кластер, изображения, собранные к концу развертки вращения, были исключены, так что значения R <sub> Meas </sub> и, в частности, R <sub> pim </sub> уменьшились, в то время как полнота не могла опускаться ниже заданного порогового значения. В <em> BLEND </em> это можно сделать автоматически, используя вариант комбинации <em> режима </em>, «-cP», где «P» означает «обрезка».Другими словами, во время каждого цикла определенные части изображений удаляются из набора данных с наивысшим средним значением R <sub>, объединить </sub>, пока не будет достигнута целевая полнота (по умолчанию 95%) или максимальное количество циклов. Циклы сокращения также останавливаются, если в конечном итоге оказывается, что весь набор данных полностью удален; Фактически, эта опция может быть реализована по-другому в режиме простой комбинации, отфильтровывая указанный набор данных. После завершения цикла <em> BLEND </em> выбирает окончательные результаты для цикла с наименьшим <sub> pim </sub> RR.Когда вариант с сокращением комбинации <em> режима </em> применяется к кластерам 13, 14 и 15, статистика в целом, кажется, улучшается. Подробности показаны в таблице 9.6, где показано сравнение результатов для режима </em> синтеза <em> и комбинированного режима </em> <em>. Таблица 9.6 Статистика <p> для кластеров 13, 14, 15 в случае h2R до и после удаления изображений с вариантом обрезки комбинации <em> режима </em> в <em> BLEND </em> («−cP») </p> Возможно, самый интересный результат, касающийся обработка этих данных представляет собой увеличение окончательного разрешения, что иллюстрируется улучшенными кривыми CC <sub> 1/2 </sub> (см. </div><!-- .entry-content --> <footer class="entry-footer"><div class="cat-tags-links"><div class="cat-links">Рубрика: <span class="screen-reader-text">Рубрика:</span><a href="https://biysk-tv.ru/category/raznoe-2" rel="category tag">Разное</a></div></div></footer> <!-- .entry-footer --> </article><!-- #post-## --> <nav class="navigation post-navigation" aria-label="Записи"> <h2 class="screen-reader-text">Навигация по записям</h2> <div class="nav-links"><div class="nav-previous"><a href="https://biysk-tv.ru/raznoe-2/kak-oboznachaetsya-zazemlenie-na-sxeme-kak-oboznachaetsya-mesto-zazemleniya-oborudovaniya.html" rel="prev">« Как обозначается заземление на схеме: Как обозначается место заземления оборудования?</a></div><div class="nav-next"><a href="https://biysk-tv.ru/raznoe-2/obshhaya-emkost-s-chetyrex-posledovatelno-soedinennyx-kondensatorov-4-posledovatelnoe-i-parallelnoe-soedinenie-kondensatorov-12-kondensatory-chast1.html" rel="next">Общая емкость с четырех последовательно соединенных конденсаторов: 4. Последовательное и параллельное соединение конденсаторов | 12. Конденсаторы | Часть1 »</a></div></div> </nav> <div class="related-posts"> <h3>Читайте также</h3> <div id="related-post-1" class="related-post"> <h2 class="entry-title"> <a href="https://biysk-tv.ru/raznoe-2/gluxozazemlennaya-i-izolirovannaya-nejtral-otlichiya-rezhimy-raboty-nejtrali-v-elektroustanovkax-i-elektricheskix-setyax.html" rel="bookmark" title="Глухозаземленная и изолированная нейтраль отличия: Режимы работы нейтрали в электроустановках и электрических сетях">Глухозаземленная и изолированная нейтраль отличия: Режимы работы нейтрали в электроустановках и электрических сетях</a> </h2> </div><!-- .related-post --> <div id="related-post-2" class="related-post"> <h2 class="entry-title"> <a href="https://biysk-tv.ru/raznoe-2/chto-takoe-drebezg-kontaktov-drebezg-kontaktov-i-kak-s-nim-borotsya.html" rel="bookmark" title="Что такое дребезг контактов: Дребезг контактов, и как с ним бороться">Что такое дребезг контактов: Дребезг контактов, и как с ним бороться</a> </h2> </div><!-- .related-post --> <div id="related-post-3" class="related-post"> <h2 class="entry-title"> <a href="https://biysk-tv.ru/raznoe-2/relejnaya-zashhita-transformatora-relejnaya-zashhita-silovyx-transformatorov.html" rel="bookmark" title="Релейная защита трансформатора: Релейная защита силовых трансформаторов">Релейная защита трансформатора: Релейная защита силовых трансформаторов</a> </h2> </div><!-- .related-post --> </div><!-- .related-posts --> <div id="comments" class="comments-area"> <div id="respond" class="comment-respond"> <h3 id="reply-title" class="comment-reply-title">Добавить комментарий <small><a rel="nofollow" id="cancel-comment-reply-link" href="/raznoe-2/tokovaya-otsechka-i-mtz-v-chem-raznica-tokovaya-otsechka-i-maksimalnaya-tokovaya-zashhita.html#respond" style="display:none;">Отменить ответ</a></small></h3><form action="https://biysk-tv.ru/wp-comments-post.php" method="post" id="commentform" class="comment-form" novalidate><p class="comment-notes"><span id="email-notes">Ваш адрес email не будет опубликован.</span> <span class="required-field-message" aria-hidden="true">Обязательные поля помечены <span class="required" aria-hidden="true">*</span></span></p><p class="comment-form-comment"><label for="comment">Комментарий <span class="required" aria-hidden="true">*</span></label> <textarea id="comment" name="comment" cols="45" rows="8" maxlength="65525" required></textarea></p><p class="comment-form-author"><label for="author">Имя <span class="required" aria-hidden="true">*</span></label> <input id="author" name="author" type="text" value="" size="30" maxlength="245" required /></p> <p class="comment-form-email"><label for="email">Email <span class="required" aria-hidden="true">*</span></label> <input id="email" name="email" type="email" value="" size="30" maxlength="100" aria-describedby="email-notes" required /></p> <p class="comment-form-url"><label for="url">Сайт</label> <input id="url" name="url" type="url" value="" size="30" maxlength="200" /></p> <p class="form-submit"><input name="submit" type="submit" id="submit" class="submit" value="Отправить комментарий" /> <input type='hidden' name='comment_post_ID' value='20060' id='comment_post_ID' /> <input type='hidden' name='comment_parent' id='comment_parent' value='0' /> </p></form> </div><!-- #respond --> </div><!-- #comments --> </main><!-- #main --> </div><!-- #primary --> <aside id="secondary" class="widget-area sidebar" role="complementary" aria-label="Сайдбар блога" itemscope itemtype="http://schema.org/WPSideBar"> <div id="search-2" class="widget widget_search"><form role="search" method="get" class="search-form" action="https://biysk-tv.ru/"> <label> <span class="screen-reader-text">Найти:</span> <input type="search" class="search-field" placeholder="Поиск…" value="" name="s" /> </label> <input type="submit" class="search-submit" value="Поиск" /> </form></div><div id="custom_html-4" class="widget_text widget widget_custom_html"><div class="textwidget custom-html-widget"><ins class="adsbygoogle" style="display:inline-block;width:100%;height:600px" data-ad-client="ca-pub-1812626643144578" data-ad-slot="6847132033" ></ins> <script> (adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({}); </script></div></div><div id="nav_menu-4" class="widget widget_nav_menu"><h2 class="widget-title">Рубрики</h2><div class="menu-2-container"><ul id="menu-2" class="menu"><li id="menu-item-5378" class="menu-item menu-item-type-taxonomy menu-item-object-category menu-item-5378"><a href="https://biysk-tv.ru/category/antenn-2" itemprop="url">Антенна</a></li> <li id="menu-item-5379" class="menu-item menu-item-type-taxonomy menu-item-object-category menu-item-5379"><a href="https://biysk-tv.ru/category/nastrojka" itemprop="url">Настройка</a></li> <li id="menu-item-5380" class="menu-item menu-item-type-taxonomy menu-item-object-category menu-item-5380"><a href="https://biysk-tv.ru/category/podklyuchen-2" itemprop="url">Подключение</a></li> <li id="menu-item-5381" class="menu-item menu-item-type-taxonomy menu-item-object-category menu-item-5381"><a href="https://biysk-tv.ru/category/raznoe" itemprop="url">Радиолюбителям</a></li> <li id="menu-item-5383" class="menu-item menu-item-type-taxonomy menu-item-object-category menu-item-5383"><a href="https://biysk-tv.ru/category/remont" itemprop="url">Ремонт</a></li> <li id="menu-item-5384" class="menu-item menu-item-type-taxonomy menu-item-object-category menu-item-5384"><a href="https://biysk-tv.ru/category/resiver-2" itemprop="url">Ресивер</a></li> <li id="menu-item-5385" class="menu-item menu-item-type-taxonomy menu-item-object-category menu-item-5385"><a href="https://biysk-tv.ru/category/svoimi-rukami" itemprop="url">Своими руками</a></li> <li id="menu-item-5386" class="menu-item menu-item-type-taxonomy menu-item-object-category menu-item-5386"><a href="https://biysk-tv.ru/category/usilitel" itemprop="url">Усилитель</a></li> <li id="menu-item-5387" class="menu-item menu-item-type-taxonomy menu-item-object-category menu-item-5387"><a href="https://biysk-tv.ru/category/ustanovk-2" itemprop="url">Установка</a></li> <li id="menu-item-5382" class="menu-item menu-item-type-taxonomy menu-item-object-category current-post-ancestor current-menu-parent current-post-parent menu-item-5382"><a href="https://biysk-tv.ru/category/raznoe-2" itemprop="url">Разное</a></li> </ul></div></div><div id="custom_html-2" class="widget_text widget widget_custom_html"><div class="textwidget custom-html-widget"><style>iframe,object{width:100%;height:480px}img{max-width:100%}</style><script type="text/javascript">jQuery(document).ready(function($){$('.mylink').replaceWith(function(){return'<a href="'+$(this).attr('data-url')+'" title="'+$(this).attr('title')+'">'+$(this).html()+'</a>'})});new Image().src="//counter.yadro.ru/hit?r"+escape(document.referrer)+((typeof(screen)=="undefined")?"":";s"+screen.width+"*"+screen.height+"*"+(screen.colorDepth?screen.colorDepth:screen.pixelDepth))+";u"+escape(document.URL)+";h"+escape(document.title.substring(0,150))+";"+Math.random();</script></div></div><div id="custom_html-3" class="widget_text widget widget_custom_html"><div class="textwidget custom-html-widget"></div></div></aside><!-- #secondary --> </div><!-- #content --> <footer id="colophon" class="site-footer" role="contentinfo" itemscope itemtype="http://schema.org/WPFooter"> <div class="footer-content"> <div class="container"> <div class="site-info"> <div class="footer-image"> <img src="https://biysk-tv.ru/wp-content/themes/mudra/img/logo-sub.gif" alt="footer logo"> </div> <div class="left-info"> © 2019 Мир антенн. Все права защищены. </div> <div class="sitemap"> <a href="/sitemap.xml" class="c_sitemap">Карта сайта</a> </div> </div><!-- .site-info --> </div><!-- .container --> </div><!-- .footer-content --> </footer><!-- #colophon --> </div><!-- #page --> <a href="#" class="back-to-top"><span class="top-arrow"><i class="fa fa-chevron-up" aria-hidden="true"></i></span></a> <style type="text/css"> .archive #nav-above, .archive #nav-below, .search #nav-above, .search #nav-below, .blog #nav-below, .blog #nav-above, .navigation.paging-navigation, .navigation.pagination, .pagination.paging-pagination, .pagination.pagination, .pagination.loop-pagination, .bicubic-nav-link, #page-nav, .camp-paging, #reposter_nav-pages, .unity-post-pagination, .wordpost_content .nav_post_link,.page-link, .page-links,#comments .navigation, #comment-nav-above, #comment-nav-below, #nav-single, .navigation.comment-navigation, comment-pagination { display: none !important; } .single-gallery .pagination.gllrpr_pagination { display: block !important; } </style> <link rel='stylesheet' id='pgntn_stylesheet-css' href='https://biysk-tv.ru/wp-content/plugins/pagination/css/nav-style.css?ver=6.0.1' type='text/css' media='all' /> <script type='text/javascript' src='https://biysk-tv.ru/wp-content/themes/mudra/assets/js/superfish.min.js?ver=1.7.10' id='superfish-js'></script> <script type='text/javascript' src='https://biysk-tv.ru/wp-includes/js/hoverIntent.min.js?ver=1.10.2' id='hoverIntent-js'></script> <script type='text/javascript' src='https://biysk-tv.ru/wp-content/themes/mudra/assets/js/jquery.slicknav.min.js?ver=1.0.10' id='slicknav-js'></script> <script type='text/javascript' src='https://biysk-tv.ru/wp-content/themes/mudra/assets/js/mudra.js?ver=1.0.6' id='mudra-script-js'></script> <script type='text/javascript' src='https://biysk-tv.ru/wp-content/themes/mudra/assets/js/sticky_scroll_up.js?ver=1.0.6' id='mudra-sticky-js'></script> <script type='text/javascript' src='https://biysk-tv.ru/wp-content/themes/mudra/assets/js/modernizr.min.js?ver=2.6.3' id='modernizr-js'></script> <script type='text/javascript' src='https://biysk-tv.ru/wp-content/themes/mudra/assets/js/html5shiv.min.js?ver=3.7.3' id='html5shiv-js'></script> <script type='text/javascript' src='https://biysk-tv.ru/wp-includes/js/comment-reply.min.js?ver=6.0.1' id='comment-reply-js'></script> <script type='text/javascript' id='q2w3_fixed_widget-js-extra'> /* <![CDATA[ */ var q2w3_sidebar_options = [{"sidebar":"primary","margin_top":10,"margin_bottom":0,"stop_id":"","screen_max_width":0,"screen_max_height":0,"width_inherit":false,"refresh_interval":1500,"window_load_hook":false,"disable_mo_api":false,"widgets":["custom_html-3"]}]; /* ]]> */ </script> <script type='text/javascript' src='https://biysk-tv.ru/wp-content/plugins/q2w3-fixed-widget/js/q2w3-fixed-widget.min.js?ver=5.1.9' id='q2w3_fixed_widget-js'></script> <script type='text/javascript' src='https://biysk-tv.ru/wp-content/plugins/easy-table-of-contents/vendor/smooth-scroll/jquery.smooth-scroll.min.js?ver=1.5.5' id='jquery-smooth-scroll-js'></script> <script type='text/javascript' src='https://biysk-tv.ru/wp-content/plugins/easy-table-of-contents/vendor/js-cookie/js.cookie.min.js?ver=2.0.3' id='js-cookie-js'></script> <script type='text/javascript' src='https://biysk-tv.ru/wp-content/plugins/easy-table-of-contents/vendor/sticky-kit/jquery.sticky-kit.min.js?ver=1.9.2' id='jquery-sticky-kit-js'></script> <script type='text/javascript' src='https://biysk-tv.ru/wp-content/plugins/easy-table-of-contents/vendor/waypoints/jquery.waypoints.min.js?ver=1.9.2' id='jquery-waypoints-js'></script> <script type='text/javascript' id='ez-toc-js-js-extra'> /* <![CDATA[ */ var ezTOC = {"smooth_scroll":"1","visibility_hide_by_default":"","width":"auto","scroll_offset":"30"}; /* ]]> */ </script> <script type='text/javascript' src='https://biysk-tv.ru/wp-content/plugins/easy-table-of-contents/assets/js/front.min.js?ver=1.7' id='ez-toc-js-js'></script> </body> </html>